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title: "一分钟解决三个问题 |iPathwayGuide软件|网络分析模块"
author: "通路向导"
account: "通路向导"
published_at: "2021-12-03T19:09:00+08:00"
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# 一分钟解决三个问题 |iPathwayGuide软件|网络分析模块
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你好，欢迎来到iPathwayGuide课堂。

请听题：有个小伙伴做完GO的BP富集分析，显著性P值排在最靠前的是“DNA damage response ,signal transduction by p53 class mediatorresulting in cell cycle arrest”,感到这个条目隐隐约约和他的研究方向相关。

接下来他应该继续关注什么？先想想你的答案。

这个短视频（在本文末尾）给你参考。如果你刚好有iPathwayGuide账号，可以按照他的方法过一遍；如果你没有账号也没关系，参考一下他的做法：

站在iPathwayGuide演示者的角度，当获得这个排名靠前的GO条目以后，他提了三个问题：

1、P53在DNAdamage response中起什么作用？

2、在他的实验中，哪些基因直接促进了凋亡？

3、药物如何作用这个生物过程？

这三个问题代表了三个维度：明星分子维度，下游影响维度，上游效应维度。当你突然一堆结果不知道提问题的时候，不妨参考一下这些维度来提问。回到我们的演示中来。

针对三个问题，演示者的解决方案是什么？

三个问题，一个解决方案：iPathwayGuide的“network”。

在这里他有三个动作。

第一个动作：选择GO条目，最靠前的“DNA damage response ,signal transduction by p53 class mediatorresulting in cell cycle arrest”

第二个动作：在“finetune the genes of interest”输入感兴趣的基因“TP53”

第三个动作：创建网络。

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首先第一个问题“P53在DNA damage response中起什么作用”的答案马上就出现了。演示者创建的是TP53与这个GO条目的关联（秒现网络），希望探索其关联。

一旦演示者选择突出展示“regulators”，TP53和这个GO条目中的差异表达蛋白的调控关系就会以网络的形式展示出来。你可以看到，TP53这个蛋白的上游是MDM2蛋白，而且在网络的旁边会有网络对应的差异表达值。

![图片 1](images/001.png)

这样你一个问题不就回答了么？

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紧接着看第二个问题：在他的实验中，哪些基因直接促进凋亡？

演示者在“Mechanismstype”一栏，选择BP，然后输入凋亡的英文，选择智能匹配的“凋亡过程”选项，再去点击“Build network”,来看看你都能看到什么？

![图片 2](images/002.png)

答案也在这个网络里面。

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紧接着，第三个问题：药物如何作用这个生物过程？不剧透，答案在2分零8秒。

欢迎跟我们联系，顺便带上你的组学数据。

好消息是，如果你希望分享结果给团队小伙伴，也请告诉我。这个愿望我们帮你来实现。

若有任何疑问，欢迎邮件或来电咨询：

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