一文直达 | 易算直播间7-8月干货汇总

导读：

过去一个月，易算生物连续做了几场直播，而且获得大家的热情反馈。易算生物多年来专注于临床蛋白质组及翻译后修饰方案开发。通过线上直播--这种交互式学习的形式，实时解答用户和同行在蛋白组学、质谱技术、生物标志物等研究中目前以及将来会产生的问题。

为什么我们要办直播？蛋白组学项目，既是科研工程，同时也是一项“脆弱”的工程，需要精心“呵护”，而且平衡了取样、实验、分析各个环节的因素才能避免前功尽弃。因此，从直播中，获取专家的经验非常重要。

看完直播你可以怎么做？ 经过直播的分享交流，尤其是大家认真求索，给予很多热情反馈，也让我们受益良多，更期待在未来继续和大家分享交流。小编为大家整理了近期各位专家的报告精华，整理到了一起，方便查找，供大家参考学习，因此，1）强烈建议收藏本文；2）把学到的工具用到自己课题中；3）多看几遍你研究领域的报告，尤其是问题解答的环节。

1、2022/07/21 (星期四) 15：00~17：30

7月21日下午3:00，易算生物邀请到了中国医学科学院基础医学研究所郭正光副研究员，来聊他的学术新成果：与结肠癌诊断和转移有关的无创尿液蛋白标志物。

这篇文章最近刚刚发表在国际著名期刊《Nature Communications》上，利用高通量蛋白质组学和免疫学技术, 在尿液中发现了更为灵敏的结直肠癌早期诊断、转移风险预测的尿液蛋白标志物组合，可以作为目前临床上诊断、筛查方法的有效补充。

继续阅读：两万字直播精华 | 与结肠癌诊断和转移有关的无创尿液蛋白标志物 |7月21日下午3点| 郭正光副研究员 VS 王玲 直播回顾

2、2022/08/18（星期四）10：00~12：20

我们请来刘晓慧老师--复旦大学生物医学研究院高级工程师亲临直播间，与你一起聊聊基于质谱技术的高效血清蛋白质标志物筛选策略。

利用此策略，刘老师团队构建了一个全面的疾病潜在血清蛋白质标志物数据库（SPCBB），使得以往研究信息得以积累，让目标标志物验证更全面；并且提出了DeepPRM靶向验证策略，利用深度学习来调整和优化质谱数据，针对SPCBB的蛋白质，预测其特征肽段可检出性和保留时间，极大程度上降低了传统靶向蛋白质验证中的标准肽段合成成本，提高了效率，筛选到了高灵敏度和特异性的血清蛋白标志物，以预测疾病的风险分层。

继续阅读：直播回放 | EMBO Molecular Medicine | PRM+机器学习挖掘质谱血清蛋白质标志物 刘晓慧老师

3、2022/08/18（星期四）14：00~17：30

从实际数据出发，利用EMBO Molecular Medicine这一篇文章数据，由易算生物技术团队的产品应用经理王晓庆、以及生物信息工程师刘和斌为您还原从原始数据到找到标志物组合的处理过程。

您将会看到如何快速高效完成大队列PRM验证，如何使用DeepPRM这套工具实现靶向蛋白的特征肽段可检出性和保留时间的预测过程， 以及如何利用机器学习的算法对靶向定量数据实现从差异蛋白筛选、候选特征选择和模型构建的具体过程，以找到准确度最高的分子标志物组合。划重点：当你只有真正执行过质谱数据的实际操作，你才可能真正理解它的意义。

继续阅读：直播回放|PRM案例实操-DeepPRM与SpectroDive强强联合

4、2022/08/26（星期五）14：00~15：30

DIA（data independent acquisition，数据非依赖性采集）技术发展已近十年，得到广泛应用也有5年左右时间。更具性能优势的DIA定量方法替代传统的LFQ和TMT/iTRAQ标记定量一直受到业界关注。这场报告，你会收获易算生物CEO沈诚频博士的多年经验，尤其是如何打破这三面技术高墙：DIA的深度、DIA的通量及速度、DIA的定量准确性。

DIA的优点有哪些？足够准、足够快、足够深。 然而，DIA技术发展早期给人带来的固有印象便是实验繁琐，需要建库，数据解读复杂等问题，这也限制了该技术的应用。但是近五年，随着质谱性能的提升和机器学习算法的引入，DIA技术实现了飞跃式发展，成为了质谱定量的主流方法。

本讲座为大家介绍了DIA技术原理，以及几种定量方法的对比。并且，全面介绍了最新的Spectronaut16进行DIA定量的全新流程和优异效果。希望可以为您的实验室技术升级消除障碍。

划重点：单纯修改质谱参数，能不能直接实现足够准、足够快、足够深？有前提。整个实验环节一环套一环。好比木桶原理，能放多少水（最佳性能）由最薄弱的那一环（技术短板）决定。因此你需要关注整个实验里面，可能会遇到哪些坎，而可能的解决路径又有哪些，这些会在讲座中普及。

继续阅读：直播回放（上） | 基于质谱的菌群分析、宏蛋白质组及DIA机器学习技术应用研讨会 | 易算生物CEO沈诚频博士

5、2022/08/26（星期五）15：40~17：20

易算生物直播间为大家特别邀请到了乔亮老师--复旦大学化学系研究员，带来主题为基于质谱的菌群分析、宏蛋白质组及DIA机器学习技术应用的精彩内容。

内容都是干货，比如对于DIA机器学习技术这个话题，针对数据非依赖采集定量蛋白质组数据分析需求，乔亮老师课题组早在2020年就已经利用深度机器学习算法开发了从肽段或蛋白质序列构建谱图库的工具-deepDIA，实现了不依赖于DDA的DIA数据直接分析。使用deepDIA构建专用于实验室或项目的特定预测模型，预测生成高质量的二级谱图和保留时间，效果接近DDA方法构建的谱图库。并且建立了预测肽段在质谱中的可检测性的模型，通过筛选可检测性达到一定阈值的肽段来构建谱图库以实现更精准的蛋白质定性定量。

而对于后修饰蛋白质组，课题组将以肽段为中心的DIA分析的概念扩展到完整糖肽分析，开发了基于二维错误发现率（FDR）和糖型推断算法为肽段和糖链提供全面质控的DIA分析工具-GproDIA，实现了更准确的糖肽鉴定。 

继续阅读：直播回放（下） | 基于质谱的菌群分析、宏蛋白质组及DIA机器学习技术应用研讨会 | 复旦乔亮研究员

6、2022/08/30（星期二）14：00~17：30

蛋白质糖基化修饰作为最复杂的翻译后修饰之一，不仅增加了蛋白质的多样性，也对其功能发挥起着重要作用。由于糖基化的复杂性，糖蛋白质组学研究是生命组学中极具挑战性的工作之一，其大规模精准解析存在很大挑战。

我们有幸邀请到来自复旦大学生物医学研究院的曹纬倩副研究员亲临直播间，与你一起聊聊位点特异性糖基化蛋白质组解析策略及应用研究。

你知道吗？基于蛋白质组学的位点特异性糖基化解析技术是标志物寻找的新途径。这场报告，会让你从样本处理、 糖肽富集技术、 质谱鉴定 、谱图解析，再到标志物寻找的整体方案有新的认识。无论你拥有大通量的样本，还是小通量、需要快速定量的样本，都可以从今天的讲座中找到适合自己的新技术。

继续阅读：直播回放 | 位点特异性糖基化蛋白质组解析策略及GlycAP完整糖肽分析平台

7、2022/08/31（星期三）14：00~17：30

本次直播，我们有幸邀请到布鲁克公司蛋白质组学应用主管杜潇贤，带来4D-蛋白质组学平台全流程介绍。本次直播将带您了解4D-蛋白质组技术原理及优势，基于timsTOF质谱的dia-PASEF及prm-PASEF模式数据采集实现，同时掌握数据查看技能。

可能很多人不知道，prm-PASEF技术相较于传统PRM技术，因为有了更多一维度的分离，可以更高效的排除干扰离子，同时由于PASEF技术的加持离子利用率更高，扫描速度更快，在相同的梯度下可监测更多的目标离子。这也同时意味着我们数据分析的工作量增加了数倍，而SpectoDive 11的发布无疑是场及时雨，SD 11全面支持离子淌度数据的分析流程（包括FAIMS-PRM和prm-PASEF），支持绝对定量分析流程。在接下来的视频中您可以跟随我们一起亲身体验SD 11对于靶向数据分析的高效和便捷。由易算生物技术团队的产品应用经理王晓庆带来她的最新培训。

继续阅读：直播回放 | 4D-蛋白质组技术研讨及SpectroDive 11更新介绍

预告：接下来的直播， 会围绕着临床数据如何与蛋白质组结合，以及磷酸化蛋白质组技术的最新应用进行讨论。 敬请关注我们的直播海报！ 

最后，感谢大家对于直播话题的关注！