如果你想做通路分析，就用iPathwayGuide。
用通路分析算P值的工具有很多，但是通路中每个基因的作用、位置和关系都考虑进来的工具可不多。想想看，如果仅仅是将通路视为简单的基因集，而忽略了这些关键信息，你拿到的就是一堆没法解释的表格。
iPathwayGuide简称iPG，是一个基于 Web 的平台，找到与表型真正相关的通路。
想想看，一旦你利用到了各种基因或基因产物的位置（细胞内、细胞外或细胞膜中）、什么基因与什么其他基因相互作 用、每种相互作用的类型（激活、抑制、磷酸化等）)，信号传播的方向，这些通路图本来就蕴含的知识，你就没浪费。
注意：邮箱可接收已经分析好的demo数据
第一次用iPathwayGuide怎么做？分四步。
第一步：上传数据；第二步：设置参数；第三四步：结果查看和分享。哪怕你第一天接触基因表达数据，你也很容易上手。一旦得到分析结果，你可以增加多个收件人的电邮。没错，你能分享给任何人。想看看demo数据的人，请在我们后台留下你邮箱。
第一步：点击
打开数据载入页面：
在这个页面选择物种、上传的文件类型、选择要上传的文件。iPathwayGuide 支持对人类、小鼠和大鼠数据的分析，这些物种我们提供最佳注释。
第二步：设置参数
文件一旦上传，你需要定义基因列、表达变化（logFC）、差异表达P值所在的列。
接下来跳出下一个页面。除了数据的描述，你需要告诉iPG比较标签（比如caseVS control）logFC的阈值、Pvalue的阈值。
iPathwayGuide 一般认为你输入为 log2 格式，log2(0.6) 的默认阈值相当于实际大约1.5 倍变化。iPathwayGuide 假设基因变化增高或降低都是有用的，因此我们使用所选阈值的绝对值来识别 DE 基因。
第三步：按下
按钮将提交文件进行分析。每个对比通常需要10-15 分钟来分析。一旦完成，你可以分享给任何人。
想看到Demo数据结果吗？请留下您的邮箱吧。
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