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title: "你真的了解你的抗体药么"
author: "Lj"
account: "Lj"
published_at: "2018-06-08T17:43:35+08:00"
captured_at: "2026-08-24T11:50:18.800941+08:00"
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# 你真的了解你的抗体药么
相信从事抗体药物质谱表征的同行们都清楚，现有的基于质谱技术的单克隆抗体药物表征分析工作，其传统思路即为首先在蛋白层面得到抗体的准确分子量，其中包括完整单抗的去糖/不去糖分析，还原单抗的轻重链去糖/不去糖分析，有时可能会涵盖某些通过特异性酶切所得到的抗体亚结构的分子量解析，而后在肽段层面上通过肽图（peptide mapping）得到抗体的氨基酸序列信息，N-糖基化修饰位点/占据比率信息，CDR区常见PTM修饰（氧化/脱酰胺化）信息，二硫键配对信息等等。然而，传统思路的固有局限性则在于，首先你得拿到你所要分析的抗体药物的理论氨基酸序列，且保证其准确性。

![图片 1](images/001.jpg)

换个角度讲，如果我们不清楚该抗体的理论氨基酸序列，或者说我们拿到的根本就是个错误的理论序列（例如，序列中某俩氨基酸位置颠倒，且样品中正确排序的抗体也以一定比例存在其中），此时，采用传统解决方案我们很可能推到出错误的结论。

究其根本原因，就在于传统的单克隆抗体药物表征解决方案建立在经典的蛋白质组学实验的思路之上：即采用合适的酶切得到酶解产物，经由LC-MS/MS分析、数据库检索，通过检索结果中肽段的存在从而证明该蛋白的存在。对于蛋白质组学研究来说，整套科学逻辑可以说是非常强大的，该流程极其适合于从高通量组学实验中获取海量的可信数据。然而，对于抗体药物研究来说，我们的实验对象是一个纯蛋白，研究者需要了解的是该蛋白从N端到C端正确排列的每一个氨基酸的信息。经典思路在很多情况下经不起推敲，例如：对于那些由于长度过短未得到保留或者是因为强度不够而未采集到其二级谱图信息的肽段，就没有切实的实验证据来证明存在；再有就是，在非常极端的情况下，如果一长串被鉴定到的肽段之间都没有overlap，我们很难去下判断说是这个蛋白的这段序列是符合理论排布的。

![图片 2](images/002.jpg)

那么，问题来了，在质谱技术日新月异的时代，在科学家们已经开始着眼将AI运用于数据处理的今天，能否采用一种更强大的技术手段，在完全无需知道理论氨基酸序列的情况下，直接解析得到抗体的一级结构呢？答案是肯定的。Bioinformatics Solutions Inc. (BSI)的PEAKS AB软件专为生物制药企业用户及抗体蛋白研究工作者提供了全新的表征策略，除了提供传统思路的已知蛋白序列确证，该软件可以在毋需提供参考序列的情况下实现未知蛋白的准确测序。用户进行LC-MS/MS分析后，将原始数据直接导入PEAKS AB软件，键入寥寥几个参数，包括母离子质量容差（precursor mass tolerance）、碎片离子容差（fragment ion mass tolerance）、翻译后修饰信息（PTM, 包含固定修饰和常见可变修饰，以及每个肽段所允许的最大修饰数目）。剩下的工作只需要等待，PEAKS AB能够给到你所想要的答案——真真正正从肽段水平拼接得到的最为真实可信的蛋白质一级结构信息！

![图片 3](images/003.jpg)

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