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title: "单细胞蛋白4800，但我说这是150SPD呢？"
author: "scp"
account: "scp"
published_at: "2025-05-29T14:00:41+08:00"
captured_at: "2026-08-26T17:18:46.433195+08:00"
source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s/wn2rLmh4cjInaTm13BsQyA"
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# 单细胞蛋白4800，但我说这是150SPD呢？
![图片 1](images/001.png)

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## 📌2025年，是单细胞蛋白组学真正爆发的一年

年初两篇Nature Methods引爆领域热潮，Mann团队持续在空间蛋白质组学中突破边界。而我们也在不断探索——如何让单细胞蛋白组学从“实验室技术”真正走向“规模化应用”？

今天，我们要向您展示一个激动人心的进展：

👉 **基于timsTOF Ultra2平台，我们成功实现了150个单细胞/天（SPD）的高效检测方案**！

这不是简单的提速，而是迈向大规模研究和临床转化的关键一步。

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⚖️难题：速度 vs. 深度，鱼与熊掌能否兼得？

当前质谱仪器扫描速度不断提升，但为了追求更高的灵敏度，单细胞蛋白检测往往采用长梯度、低流速的方法，导致通量受限。

这就带来一个问题：

> **如果不能实现高通量检测，再深的数据也难以支撑实际应用。**

于是，我们开始了挑战：**如何在保持定量深度的同时，显著提升检测效率？**

答案就是：全流程优化 + 高通量方法构建。

![image.png](images/002.png)

前期方法优化确保标准品效果理想

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🔧技术亮点：三管齐下，打造高效流程

✅ 赛鹰高通量前处理系统

支持微量样本快速处理与直接上样，极大缩短实验周期。

“赛鹰”单细胞蛋白质组平台：实现单细胞精准捕获与高深度蛋白定量

免疫单细胞4000+，肿瘤单细胞5000+不好做？可能你就差易肽25Ultra了，凭空提升15%不再是梦

加速你的大队列DIA分析 进阶版

✅ 极高灵敏度单细胞质谱平台

采用omicSCP单细胞色谱柱，联用timsTOF Ultra2确保如此短的梯度下也能兼顾灵敏度与扫描速度。

✅ Spectronaut DirectDIA 分析引擎

无需建库即可实现精准定量，直接采用单针10个细胞参考样品即可进行机器学习。

![image.png](images/003.png)

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📊实验设计与样本信息

类型

内容

细胞类型

A549 HELA MCF7各64个分成两批制备

QC标品

稀释至

250pg K562，每25个样品插入一针QC

批次

2块前处理样品板分批处理（赛鹰最新高通量处理模块）

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📈核心数据表现：每个细胞平均定量近5000蛋白！

![image.png](images/004.png)

首先来自赛鹰高分辨显微镜监控结果确保实际采样均为单个细胞。

再来看看实际采集数据TIC图，可以看到是实打实的8分钟分离梯度，加上1.6分钟loading梯度合计150SPD。后续我们会继续尝试更高通量方法。

![image.png](images/005.png)

其次看下总体鉴定结果：

平均每个细胞Precursor

40,372 of 107,886

平均每个细胞Peptides

34,287 of 86,112

平均每个细胞Protein Groups

4,800

平均每个细胞Proteins

4,845

共检测到Precursor

104,703 of 107,886

共检测到Peptides

83,124 of 86,112

共检测到Protein Groups

6,762

共检测到Proteins

6,849

> **平均每细胞检测到近5000个蛋白，母离子高达4万+，真正实现“高通量+深覆盖”的双重优势。**

![image.png](images/006.png)

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📐运行时间与通量控制：每天稳定输出150个单细胞！

- 每个样本平均运行时间：约9.6分钟（含1.6分钟进样）

- 总样本数：约200个细胞

- 完成时间：仅需2天（前处理4小时 + 上样1.4天 + 数据分析0.5天）

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📊结果验证：聚类清晰、一致性好、批次无偏移！

- PCA结果显示不同细胞类型各自聚类明显，MCF7与其他两类差异更大

- QC样品高度重叠，说明系统稳定性极高

- 两批次前处理一致性良好，未做任何填充或校正

![图片 7](images/007.png)

7

🔭未来展望：迈向千级样本规模不再是梦！

那150SPD就是尽头了？当然不是，后续我们将陆续在最新一代质谱上测试更优化的色谱质谱方法，在短期内300SPD也并非难事。而随着ASMS中几款顶流单细胞质谱和Spectronaut20即将迎来的升级，我们相信：

> **单次单细胞实验（或空间组学）在10天内完成上千甚至数千个样品的采集与定量，已不再是遥不可及的梦想。**

服务热线：17863958584

邮 箱：sales@omicsolution.com