基于悟空云平台的KEGG数据库查看与富集分析

1. KEGG数据库查看模块

点开该模块，你就可以在其中输入你想查看的物种id号，注意需要是KEGG数据库支持的那种物种ID号：

该模块给出了目前KEGG数据库收录的通路信息，可以发现目前有562个基本的通路：

该模块还给出了相应的基因数据、蛋白质数据、代谢物数据，用户可以很方便查看目前KEGG数据库对你输入的物种都收集了哪些基因、蛋白质和代谢物。需要注意的是，这里既支持在线实时抓取数据，也支持浏览我们预先下载好的本地数据库（本地数据库的优点就是显示的速度很快，缺点就是可能不是最新的，不过一般也不会很旧）：

这些数据用户都可以很方便的下载到其本地，可以作为背景库用作后续的KEGG富集分析。

2. KEGG富集分析（自己上传背景库）

在“KEGG数据库查看”模块下面很容易就找到这个模块，这个模块就是为了用户自己上传背景库而开发的。其一，用户可以直接用“KEGG数据库查看”产生的结果作为背景库，其二用户也可以利用其他软件产生相应的背景库，只要背景库的数据形式跟我们平台所示的形式一致，即可上传到该模块来做富集分析。

打开该模块，用户就可以发现需要上传两个表格：一个就是你要富集的目标（基因、蛋白质、代谢物），只是这里需要上传KEGG数据库支持的ID号，比如基因的一般是Entrz ID号，蛋白质的是UniProt ID号，代谢物的是CPD号。另一个就是背景库。

上传完以后，平台很快就可以做完富集分析，看结果：

还会给出一些基本图形，当然用户也可以将富集结果下载下来，然后到悟空云平台的“可视化工具”中取独立画图，可以做出更自由的图形。感兴趣的话，都可以点击看看。

后期我们也会出相关的视频进行演示，大家也可以先点击使用试试，总体来讲，操作比较简单，容易上手。

后记：感谢KEGG数据库，以及Y叔的clusterProfiler函数包。也推荐去详细查看这两个强大的工具，并引用其相关文章。此外，模块仅限科研使用，严禁商业使用。