基于SpectroDive的SureQuant方法编辑及数据分析
基于Orbitrap的PRM定量方法以其高选择性、高灵敏度、强抗干扰被广泛应用。但为了避免保留时间偏差大出现漏检必须设置较大的检测窗口，因此PRM明显的缺陷就是通量低。
SureQuant---全新的高通量靶向定量方法，首先通过低分辨快速二级扫描对浓度相对较高的重标肽段进行二级碎裂，匹配成功的肽段才会触发一个累积时间更长，分辨率更高的针对内源性肽段的二级碎裂扫描。该方法不需要优化保留时间的同时大大提高了检测的通量，解决了传统PRM方法的通量局限。而联合SpectroDive软件，使得方法编辑和数据分析更加简便。
一个完整的SureQuant分析流程需要：
Step1：创建panel，导出Survey scan方法
Step2：发现式扫描（Survery scan）: 对所有的重标肽段做DDA扫描
Step3：方法编辑（Method Edition）：将Survey scan数据导入SpectroDive分析，获取重标肽段列表和其响应阈值，编辑SureQuant方法
Step4：SureQuant扫描
Step5：数据分析：将SureQuant数据导入SpectroDive分析，导出结果
Step1 Panel创建，Survey Run方法编辑
Panel包含我们所要分析的目标肽段的母-子离子对（Transition）信息，用于后续的数据分析和方法编辑，其来源：
1.公共资源直接下载，如商品化试剂盒或者文献资料提供；
2.从头创建
来源1 的Panel，可以直接通过SpectroDive的prepare视图直接导入（Prepare→Import New Panel，支持.tsv或者.csv数据格式），Panel的内容必须包含如下信息：
来源2 的Panel，可通过重标肽的pool，基于DDA/DIA模式采集的LC-MS/MS数据通过SpectroDive的数据库检索生成一个谱图库（Library），通过Library构建Panel，基于SpectroDive的建库和Panel创建参见往期视频：
注：选择信号响应最佳的母离子，每个母离子挑选>6个碎片离子，Panel的采集模式要选择PRM
Prepare → Panel面板：选中上述步骤中创建的重标肽Panel → Export Method面板：Vendor选择Thermo；Instrument（根据实际情况选择，本教程以Lumos为例，因此选择Fusion Series）；Software version选择SureQuant Survey；Scheduling选择Unschedule → Export Method即可导出方法：
Step2. Survey Scan采集
Full Scan采用高分辨率120K，Mass list中导入上述步骤SpectroDive导出的列表，二级扫描采用7.5K低分辨快速扫描，关键参数设置以Lumos为例，如下：
Step3. Survey Scan采集
将上述步骤采集的原始数据导入SpectroDive进行分析，步骤如下：
Analysis → Se tup a targeted analysis → 选中Survey scan采集的数据 → 点击Assign panel → 选中step1中创建的重标肽panel → skip to last → finish。
待分析完成后，在Analysis视图下项目名称的位置右键 → SureQuant → Export SureQuant Method即可导出SureQuant采集方法：
导出的方法分别保存在两个文件夹，分别对应TargetMass的list以及TargetMass Trigger的list，其中TargetMass list的响应阈值默认设置为肽段响应的1%（该参数的设定在Settings → Global → SureQuant），达到该阈值的肽段才会触发检测。TargetMass Trigger list中Group ID为目标肽段母离子的m/z。
Step4. SureQuant采集
Ø首先设置一级全扫的参数：分辨率120K
ØTargeted Mass：在化合物列表里导入Step3中在Dive里导出的重标肽段列表和其响应阈值
ØddMS2：如果一级全扫描中检测到了列表中的重标肽段，并且响应值大于设定阈值，随即会触发一个快速的二级扫描，分辨率为7.5K
ØTargeted Mass Trigger：导入Step3中在Dive里导出的Target Mass Trigger列表如果二级碎片匹配个数大于5个，就认为检测到了这个肽段的重标肽段
ØddMS2：如果检测到的重标肽段就会触发一个针对于内源性肽段的扫描，累积时间更长，分辨率更高，设为60K
Step5. SureQuant采集
数据分析的前提是要有一个Panel以此来进行数据的提取，Step1中我们已经创建好了重标肽的panel，基于SpectroDive我们可以以此来创建一个spike in 的panel用来分析SureQuant数据。生成spike in panel的流程如下：
Prepare → 选中对应的重标肽Panel → 右键→ Generate modified panel → next → next → next → Apply new labeling → spike in → 添加一个label free 通道并勾选 → next → finish即可生成一个spike in panel
Panel生成之后就可以进行SureQuant数据分析了，流程如下：
Analysis → Setup a targeted analysis → 选中SureQuant采集的数据 → 点击Assign panel → 选中上述步骤中创建的Spike in panel → Condition setup → finish即可得到定量结果：
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