官方发布Spectronaut directDIA+算法的鉴定深度和定量准确性
3月27日，Biognosys在美国HUPO 2024上官方发布了Spectronaut 18.5 directDIA+TM算法的性能评估，结果显示该工作流程大大提高了蛋白质组覆盖的深度和准确性。此次对Spectronaut 18.5 vs DIA-NN 1.8.1做了全面比较，Spectronaut 18.5能够鉴定出更多的肽段母离子（precursor），并且蛋白定量准确性更优，尤其是对微小比例差异的蛋白变化识别更准确。
我们具体来看下实验方案和结果：
样本：两组不同比例的混合物种样本（A_vs_B），如下图所示
质谱：timsTOF HT
梯度：7、21、40分钟
软件：比较Spectronaut 18.5 vs DIA-NN 1.8.1
搜库模式：library free检索
参数：相同的蛋白质数据库和FDR设置。其余设置为每个软件的默认设置。
纵坐标：两组样本A和B。横坐标：蛋白浓度百分比。颜色：四个物种，人（蓝色）、秀丽隐杆线虫（红色）、酿酒酵母（绿色）、大肠杆菌（黄色）以及buffer（灰色）。A和B物种蛋白差异倍数：大肠杆菌＞酵母＞线虫
结果1：Spectronaut_vs_DIA-NN的鉴定数量比较
肽段母离子鉴定数量（左）：Spectronaut优于DIA-NN，在所有测试梯度中Spectronaut均鉴定到更多的肽段母离子。
蛋白鉴定数量（右）：Spectronaut和DIA-NN性能相似。
在不同梯度下，两个软件的肽段母离子和蛋白鉴定数量比较
（红色为Spectronaut 18.5，蓝色为DIA-NN 18.1）
结果2：Spectronaut_vs_DIA-NN的定量准确性比较
计算A_vs_B的差异蛋白，对差异蛋白进行ROC分析，评估定量差异对两组样品的区分能力。从下图可以看出，所有测试梯度下，使用Spectronaut 18.5搜库的定量数据更能区分两组样品。
在不同梯度下，两个软件的差异定量数据ROC分析
（红色为Spectronaut 18.5，蓝色为DIA-NN 18.1）
结果3：Spectronaut_vs_DIA-NN的微小差异识别能力
l对不同比例物种蛋白的真实识别进行更深入的统计，结果发现，在所有测试梯度下，Spectronaut比DIA-NN识别出更多的蛋白，尤其对微小比例差异的秀丽隐杆线虫蛋白（A_vs_B FC=1.3）正确识别的更多。
l两种软件的识别能力均随着梯度的增加而增大，Spectronaut始终比DIA-NN多15%、28%和28%。
在不同梯度下，两个软件对不同物种蛋白的识别能力
（红色为Spectronaut 18.5，蓝色为DIA-NN 18.1）
如果您正在或者计划从事DIA定量蛋白质组研究，Spectronaut是最官方、综合性能最优的解决方案，该软件是由DIA技术开创者Ruedi教授专门开发，支持全面的搜库类型：传统谱图库DIA检索、DDA非依赖库的directDIA检索以及DDA+DIA合并建库的hybridDIA检索，如果您感兴趣的话，欢迎与我们联系！
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