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title: "布鲁克的4D蛋白质组数据分析难不难？"
author: "沈诚频"
account: "沈诚频"
published_at: "2019-11-15T17:37:49+08:00"
captured_at: "2026-08-24T11:50:18.358697+08:00"
source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MTI5NDAzNg==&mid=100000505&idx=1&sn=8c3e4521c96d422569a8a50287cbbcb1&chksm=6a5dd0425d2a595426e05de750d9d9c208a4efc9ca54e29909801a962d745ce43daa39d238c6#rd"
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# 布鲁克的4D蛋白质组数据分析难不难？
现在最火热的质谱名词不外乎FAIMS和4D TIMS。在我们没拿到FAIMS数据前，先给大家演示下布鲁克的4D TIMS数据分析吧。

自从离子淌度加入了质谱数据分析的维度后，数据分析好不好做就成了我们关注的一个焦点。那真相到底如何呢？最近我们的PEAKS软件更新支持离子淌度数据分析，并上线了多人高通量数据分析版本Peaks Online，让我们来看看用Peaks Online分析TIMS的数据流程。

下面（图1）是Ion Mobility数据，明显比常规的质谱数据（图2）多了个数据维度，数据量大大增加。在较少的时间内可以获取到更多的离子信息。随之而来的是数据变大，维度变多后，结果分析难度是否也增加了呢？今天我们找了一些例子给大家演示下。

![图片 1](images/001.jpg)

图1 ion mobility数据可视化

![图片 2](images/002.jpg)

图2 常规质谱数据可视化

数据来源：

来自于Mattias Mann的文章：

![图片 3](images/003.png)

文章地址：
https://www.mcponline.org/content/17/12/2534.long

数据地址：
http://www.ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD010012

我们选择了其中3套数据进行测试：1. 深度覆盖数据集，2小时梯度，分48个fractionation；2. 非标定量测试，10个HELA样品掺入大肠杆菌，分为5个掺入梯度，每个两次重复；3. 不同梯度、上样量的HELA测试；

软件准备首先我们来了解下测试平台PEAKS ONLINE

![图片 4](images/004.jpg)

该软件特别针对大规模数据、多用户通过网页直接访问机房里的服务器进行搜库提交分析。用户学习成本低，只需一台高性能服务器，可以服务实验室所有人。

关于PEAKS ONLINE的更多信息可以点击原文链接了解。

硬件准备然后我们测试用的硬件平台为

双路志强Platinum 8280；512GB 内存，其余配置忽略。该平台五位数人民币就能搞定，不用觉得有多高大上（大船版本志强真香）。人人都能拥有。

![图片 5](images/005.jpg)

图3 硬件配置展示

关于硬件采购、配置的更多信息也可以点击原文链接了解。

ok 万事俱备，让我们以mann的分级鉴定hela的数据为例开始分析吧！

第一步：登陆PEAKS ONLINE

打开谷歌浏览器，输入相应服务器地址，登陆PEAKS ONLINE

![图片 6](images/006.png)

图4 登陆网页

第二步：建立任务

新建项目并在新页面中输入想起的任务名字即可，比如我输入的就是PXD010012

![图片 7](images/007.jpg)

图5 新建项目

第三步：告诉PEAKS你要分析啥

我们已经事先从PRIDE上下载并解压缩了MANN的数据，所以这里只用选就可以啦。

![图片 8](images/008.jpg)

图6 设置样品

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点击REMOTE，切换到服务器上的数据目录；

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点击2、3下鼠标切换到MANN的PXD010012,HELA_FRACTIONS_RAW目录，点击select all；

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点击create a new sample for selected files按钮；

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最后确认下activation method是CID，instrument是timsTOF，就可以next啦。

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这套数据我们只需要进行定性，所以选择workflow里的identification即可

第四步：搜库参数设置

1. 第一次使用我们需要设定下基本参数，之后就可以保存模板一直用啦

![图片 9](images/009.png)

图7 搜库参数

MS1/MS2容差，酶切，漏切，数据库，固定可变修饰，FDR1%。完事。

如果是做标记和非标记定量，则仅仅需要额外选择定量方式，样品分组即可。

![图片 10](images/010.png)

图8 定量设计

第五步：提交分析，等待

只要点击submit，所有任务都是在服务器上运行，你这边网页可以关闭，电脑可以关机都不会影响结果。稍等几个小时后就能查看分析结果。

由以上几步操作可以看出，4D TIMS的数据分析和其他数据完全一致，没有任何额外的处理步骤和分析难度，对此有顾虑的小伙伴可以放心啦。

![图片 11](images/011.png)

分别点击相应名称就可以轻松在手机流量器、电脑、平板，任何能够联网到服务器的地方，不管是车站、码头还是厕所查看、过滤、导出你的结果。

这是Peaks Online独一无二的魅力所在。

第六步：查看结果

结果浏览和查看具体操作不在此非常详细的展开，以下做个简介，大家就能直观的知道分析起来的难度有多低啦。

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结果总结

展示各个样品定性的总体情况、FDR、质量偏差、修饰、漏切等，结果好坏一目了然

分级定性的结果

![图片 12](images/012.jpg)

图9.1 分级定性结果总结

微量上样的多样品结果总结

![图片 13](images/013.jpg)

图9.2 微量样品检测总结

非标定量

![图片 14](images/014.jpg)

图9.3 非标定量结果总结

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蛋白视图

展示各个蛋白的定性、定量结果，序列覆盖，信号强度

![图片 15](images/015.jpg)

图10 蛋白结果界面

3. 肽段视图

展示肽段水平的所有结果

![图片 16](images/016.jpg)

图11 肽段结果界面

4. 定量视图

定量结果不直观？不存在的

![图片 17](images/017.jpg)

图12 定量结果界面

当然如果你想体验更加深入、详细的定量分析，敬请留意我们后续介绍的PEAKS STUDIO深度挖掘数据流程介绍

5. 导出

导出界面就更简单啦，点点点，DOWNLOAD就完事了。

![图片 18](images/018.png)

图13 结果导出界面

第七部分：总结

分析任一套最新的4D蛋白质组学数据其实也就这么简单，难点其实是在后续结果的统计、注释和挖掘上，这点我们也考虑到啦，我们近期会陆续更新悟空平台的介绍和培训教程。

如果小伙伴们希望进一步学习了解或者想在线体验、查看分析结果，可以与我们联系，只需要一个账号密码就能够轻松在线学习、查看大规模蛋白质组学分析的结果了。

最后，我们可以看出虽然布鲁克的4D 蛋白质组数据包含的信息量非常丰富，但在PEAKS ONLINE上进行分析依然游刃有余，检索数百上千万张谱图仅需几个小时完成。同时数据分析流程简单易操作，没有任何额外需要设置的参数。轻松得到定性、定量表格。后续分析直接对接易算开发的生信流程。1天之内完成从搜库到生信的整个分析步骤。

下一个数据分析测试我们将根据手头的数据情况选择FAIMS, DIAPASEF或者更多目前热点分析给大家进行介绍。敬请期待。

如果对极速蛋白质组检测的全套解决方案（前处理->液相->质谱->搜库->生信）感兴趣的话，立刻向我们了解吧。

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