你好!本期悟空云,主题是 关联规则分析(Association Rules)
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在组学研究中,差异分析通常用于寻找单个分子在不同组之间是否发生变化,相关分析用于判断两个连续变量是否同步变化。
但很多研究问题关心的是另一类关系:在同一批样本中,哪些蛋白、代谢物、修饰状态和临床特征经常一起出现?
例如,部分患者可能同时出现蛋白A高表达、蛋白B低表达和药物耐受;另一些样本可能同时出现某几个磷酸化位点升高和某条通路激活。
关联规则分析可以从大量可能的组合中,筛出反复出现的特征组合。
分析时,先把蛋白高低表达、修饰有无、疾病状态或临床分型转成0和1,再寻找“A和B出现时,C也经常出现”的组合。结果通常结合支持度、置信度和提升度筛选。
注意:关联规则表示共同出现,不代表因果关系。
本期视频介绍二值矩阵的准备、支持度和置信度等参数设置,以及项目频率图、规则散点图、矩阵点图和项目关系图的查看方法。
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分析共筛出20个相关蛋白。其中ANXA7、ITIH4、MRPS17和AGRN同时与病历、CT表现和血液检查中的相关信息发生联系。后续网络分析将若干酪氨酸激酶列为候选靶点,并提出多激酶抑制剂ponatinib作为候选药物。细胞实验显示,ponatinib能够部分抑制TGF-β诱导的纤维化相关上皮间质转化信号。
https://academic.oup.com/bib/article/27/2/bbag153/8653673
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