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title: "悟空云2020年11月更新日志"
author: "omicsolution"
account: "omicsolution"
published_at: "2020-12-01T19:39:36+08:00"
captured_at: "2026-08-26T17:50:54.773244+08:00"
source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s/R8CiydEF83MQKh4sFTmB3g"
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# 悟空云2020年11月更新日志
1.新增第二版画火山图模块（相比较第一版，这里的阈值界线为曲线，相比较直线，曲线是经过校正得到，具体可参考文献：DOI, 10.1002/pmic.201600132.用户可以通过调节经验系数和置信区间对曲线进行调整。）：

2.新增差异分析limma模块（该模块主要使用limma函数包进行differential expression analysis）：

![图片 1](images/001.png)

![图片 2](images/002.png)

3.新增两表格关联模块（此模块可方便用户根据一个表格的内容，从另外一个表格中提取出对应的信息）：

![图片 3](images/003.png)

4.优化从整个fasta文件中批量提取蛋白质的序列模块（新增统计序列氨基酸的个数结果，方便用户参看整合）：

![图片 4](images/004.png)

5.优化假设检验模块（优化多组时求倍数变化组别识别出错的问题）：

![图片 5](images/005.png)

6.优化变异系数计算模块（优化下载变异系数分布图时报错的问题）：

7.优化画带圈的散点图模块（修复勾掉置信椭圆参数时依然显示置信椭圆的问题）：

![图片 6](images/006.png)

8.优化String网络分析模块（由于官网更新，相关旧链接不能使用，更新后可正常分析作图）：

![图片 7](images/007.png)

目前基于悟空平台开发的分析工具已发表以下文章：

NAguideR模块：

(2020) Shisheng Wang , Wenxue Li, Liqiang Hu, Jingqiu Cheng, Hao Yang, Yansheng Liu, NAguideR: performing and prioritizing missing value imputations for consistent bottom-up proteomic analyses, Nucleic Acids Research, gkaa498. (IF: 11).

motifeR模块：

(2019) Shisheng Wang , Yue Cai, Jingqiu Cheng, Wenxue Li, Yansheng Liu and Hao Yang. motifeR: An Integrated Web Software for Identification and Visualization of Protein Post‐Translational Modification Motifs. Proteomics: 201900245. (IF: 3).

pseudoQC模块：

(2019) Shisheng Wang and Hao Yang. pseudoQC: A Regression‐Based Simulation Software for Correction and Normalization of Complex Metabolomics and Proteomics Datasets. Proteomics: 1900264. (IF: 3).

MetaboGroupS模块：

(2018) Shisheng Wang , ..., and Meng Gong. MetaboGroupS: A Group Entropy-Based Web Platform for Evaluating Normalization Methods in Blood Metabolomics Data from Maintenance Hemodialysis Patients. Anal Chem 90, 11124-11130. (IF: 6).

MixProTool模块：

(2018) Shisheng Wang , ..., and Hao Yang. MixProTool: A Powerful and Comprehensive Web Tool for Analyzing and Visualizing Multigroup Proteomics Data. Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology 25, 1123-1127. (IF: 1).

![图片 8](images/008.png)

同时悟空平台整合上百个分析模块，包括且远不止以下功能

![图片 9](images/009.png)

而围绕上游质谱数据解析和下游组学应用，易算近期也发表了多篇文章：

(2020)Yi Yang, ..., and Liang Qiao In silico spectral libraries by deep learning facilitate data-independent acquisition proteomics. Nature Communications

https://doi.org/10.1038/s41467-019-13866-z (IF:13)

(2020）Shuping Long, ..., Liang Qiao Metaproteomics characterizes human gut microbiome function in colorectal cancer. npj Biofilms and Microbiomes

https://doi.org/10.1038/s41522-020-0123-4 (IF: 18)

(2020) Rutan Zhang, ..., Liang Qiao Proteomic and Metabolic Elucidation of Solar-Powered Biomanufacturing by Bio-Abiotic Hybrid System.

https://doi.org/10.1016/j.chempr.2019.11.002 (IF:5)

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