文献解说直播回放--PRM靶向蛋白组，临床一期试验

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直播回放

易算生物项目部

易算生物第四期文献解说系列直播讲座，选题为“PRM靶向蛋白组助力临床一期试验”。此次解说文献是2023年11月在线发布在《Nature medicine》的题为“IRAK4 degrader in hidradenitis suppurativa and atopic dermatitis: a phase 1 trial”的文章。这篇文章主要目的是评估IRAK4降解剂KT-474的安全性和耐受性，次要目标是研究药物的药动学、药效学以及在脓包性汗腺炎（HS）和特应性皮炎（AD）患者中的临床活性。文章中通过PRM靶向蛋白组精确测量药物KT-474治疗前后，血液和皮肤样本中靶标IRAK4的水平变化，评估药物对靶标的降解效果，并指导患者用药剂量。

在105名健康志愿者(HVs)中，KT-474先单剂量给药，然后连续给药14 d，在21例患者组成的开放标签队列中连续给药28 d。在HV队列中，通过PTM靶向蛋白组分析IRAK4降解，结果发现600 ~ 1,600 mg单剂量给药后血液中的IRAK4平均降幅≥93%，50 ~ 200 mg 连续14日给药后平均降幅≥95%。在患者队列中，IRAK4在血液中实现了类似的降解，并且在皮肤活检中，给药后的IRAK4水平降低到与健康志愿者基线水平相似。在给药后的患者血液和皮肤中，与疾病相关的炎症生物标志物显著减少，并与皮肤病变和症状的改善相关。

对于大队列的临床样品，易算生物开发了完整的PRM靶向蛋白质组的上下游配套产品和分析方案，助力药物一期试验的药代学和药效学等研究。

首先，我们利用最前沿的蛋白提取策略，代理或开发了易肽、PreOmics iST和Biognosys多种试剂盒，针对组织和血液等不同样品实现快速高效提取蛋白，结合易肽和PreOn蛋白自动化前处理工作站，实现大规模样本制备智能化。
此外，针对谱图库当中没有的蛋白，也可以通过易算DeepPRM平台来找蛋白，该平台基于谱图深度学习进行肽段质谱表现预测，突破如抗体技术等对物种的局限，具有更广泛和灵活的应用空间。
对于PRM的数据分析，我们代理了Biognosys开发的SpectroDive软件，该软件拥有目前最智能化的谱峰提取算法，并能够实现大规模样品的自动化分析，而且SpectroDive软件相比其他PRM分析软件来说操作尤为简单：

其内置了Pulsar引擎，支持DBsearch来构建谱图库，算法核心与Spectronaut共用一套算法，不需要外部引擎建库；
内置了机器学习算法，自动实现iRT高精度矫正，不需计算器辅助；
可自动高效创建panel，向导式的指导参数调整，不需要自行寻找想要修改的参数；
结果展示界面直观，支持一键式导出每个离子的XIC、MS1/MS2质谱图以及统计结果，不需要额外下载插件。

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上海易算生物科技有限公司，专注于利用LC-MS/MS和生物信息学技术，为客户提供高质量的研究方案。我们与国内顶尖的蛋白质组实验室紧密合作，开发最新的蛋白质组相关技术和产品。从DIA、PRM分析产品、单细胞及极微量蛋白质前处理，低丰度蛋白深度挖掘，糖蛋白质组，宏蛋白质组整体方案实验室落地方案等，易算均有国际前沿水平并在高分杂志上发表成果的技术产品。易算自研EasyPept AUTO自动化工作站能够将步骤复杂的质谱样本前处理流程，简化为一键式操作，实现对微量临床样本蛋白质组的智能化、高通量、高重复性分析，有效解决了手工效率低、蛋白质提取损失大、富集流程不理想、所需样本量大等问题。

在数据分析和国际软件方面，我们自主研发了EasyDIA综合数据处理平台，对液相系统、质谱仪器运行状态、定性结果、定量结果等多个方面进行质控，集成了质谱定量数据分析过程中所用的统计方法，支持分析结果的交互式或静态式的展示与下载功能，有利于支撑大队列的高效运转。我们还引入了国外先进的软件和产品，包括来自瑞士Biognosys公司、德国Bruker公司、德国PreOmics公司和澳大利亚IonOpticks公司等，为国内科研机构提供先进可靠的实验及软件解决方案。