" INVITATION "
直播邀请
易算生物项目部
易算生物将于11月2日开启第二期文献解说系列直播讲座,此次选题为“靶向设计--纵向队列的血液蛋白组实验设计”。此次解说文献是2023年8月在线发布的题为“Targeted serum proteomics of longitudinal samples from newly diagnosed youth with type 1 diabetes distinguishes markers of disease and C-peptide trajectory”的文章。这篇文章主要目的是寻找1型糖尿病患者胰岛β细胞功能下降并识别干预需求和效果的标志物。
直播时间:11月2日中午12:00
腾讯会议:869 581 849
Part.01
PROTEOMICS
研究者试图找到与胰岛β细胞功能变化相关的血清标志物,这对于干预1型糖尿病提供一种非侵入性且易于应用的解决方案。文章选取85种先前与1型糖尿病相关的蛋白质,并在新诊断的患者中进行靶向蛋白质组检测,将这些蛋白质的水平与患者的空腹C肽水平(一种反映胰岛素分泌的指标)进行了相关性分析。通过血清中的蛋白质标志物有助于更早的发现1型糖尿病患者中β细胞的功能受损,并及时干预。
该篇文章在系统方法论、纵向分析、实验对照设计、非入侵性检测、关联等方面为科研工作者提供普世启发。
然而,在质谱靶向蛋白组的领域,当代靶向蛋白组分析常常面临诸多挑战。这些挑战主要源自于选择、合成和通过质谱分析(MS)进行多肽分析的复杂性。尤其是,由于缺乏关于多肽可检测性的先验知识,科学家在选择多肽或决定合成大量多肽时常常面临困难,且成本高昂。
Part.02
OMICSOLUTION
在精准医学时代背景下,血清/血浆蛋白组学需要更高的验证效率和可靠的数据稳定性。基于质谱的PRM(并行反应监测)靶向蛋白组学是目前验证的主流方法之一。
在这一背景下,易算生物开发的DeepPRM平台提供了一种创新的解决方案。我们的平台通过利用先进的深度学习算法,在质谱实验验证前进行模型预测和质量检测,从而提高了验证效率和准确性。这种前瞻性的技术不仅有效解决了成本和效率的问题,还为实现更精准的蛋白质组学分析打开了新的可能性。简而言之,易算生物的DeepPRM平台为当今蛋白质组学研究的挑战提供了切实可行的解决策略。
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上海易算生物科技有限公司,专注于利用LC-MS/MS和生物信息学技术,为客户提供高质量的研究方案。我们与国内顶尖的蛋白质组实验室紧密合作,开发最新的蛋白质组相关技术和产品。从DIA、PRM分析产品、单细胞及极微量蛋白质前处理,低丰度蛋白深度挖掘,糖蛋白质组,宏蛋白质组整体方案实验室落地方案等,易算均有国际前沿水平并在高分杂志上发表成果的技术产品。易算自研EasyPept AUTO自动化工作站能够将步骤复杂的质谱样本前处理流程,简化为一键式操作,实现对微量临床样本蛋白质组的智能化、高通量、高重复性分析,有效解决了手工效率低、蛋白质提取损失大、富集流程不理想、所需样本量大等问题。
在数据分析和国际软件方面,我们自主研发了EasyDIA综合数据处理平台,对液相系统、质谱仪器运行状态、定性结果、定量结果等多个方面进行质控,集成了质谱定量数据分析过程中所用的统计方法,支持分析结果的交互式或静态式的展示与下载功能,有利于支撑大队列的高效运转。我们还引入了国外先进的软件和产品,包括来自瑞士Biognosys公司、德国Bruker公司、德国PreOmics公司和澳大利亚IonOpticks公司等,为国内科研机构提供先进可靠的实验及软件解决方案。