· directDIA 2.0 - 替代DDA建库流程，直接DIA定性/定量的DirectDIA算法灵敏度接近DDA分级

· 离子淌度支持 - 全面兼容离子淌度质谱数据(TimsTof, FAIMS, HDMSE)

· SNE 组合 - SNE结果文件目前可以自由组合，从而支持上万个样品的分布式计算和合并分析

· 加强版深度学习 - 深度学习算法改进全面加强了Pulsar搜索引擎、建库过程中的iRT矫正和假阳性评估的效果

· 新增可视化功能 - 离子淌度、LFQbench和蛋白序列覆盖度相关可视化功能

我们对DIA分析的固有印象是建立在首先做个DDA分级谱图库，在跑DIA分析来完成一套完整的定量分析。小样本量或者缺乏分级设备的实验室对此顾虑重重。Spectronaut作为首个推出DirectDIA分析功能的商业化软件，仅需采集单针DIA和fasta文件即可完成分析。当然，由于鉴定量比常规DDA非标定量以及建库DIA分析尚有较大差距，并未能完全替代DDA。

不过自2017年第一版推出后，我们的脚步从未停歇。今天推出的Spectronaut 14 （directDIA 2.0）极大地提升了深度学习效果。其结果比Spectronaut13可以提升25%的蛋白鉴定量，使其序列覆盖度非常接近DDA分级建库的效果。因此替代常规DDA-LFQ，部分替代分级DDA建库流程的时机已经到来。易算生物将在后续陆续更新相关详细测试结果供诸位用户参考采纳。

测试数据集信息：

共测试了13套数据：

其中7套文献数据

11套用了深度分级的DDA谱图库

样品类型包括:

5个细胞系

4种体液

4种组织

平均每个谱图库包含28个DDA检测

平均每个DIA实验定量了29个样品

我们对directDIA 2.0的平均鉴定数和相应实验的机时耗费进行了一系列比较。directDIA 2.0实现了相对于分级DDA建库98%的蛋白鉴定量，同时能够鉴定到更多的Precursor并减少一半的质谱采集时间。该结果显示，如果您想实现和以前差不多的分析结果，那就不用再构建谱图库了。

timsTOF Pro™ (Bruker), FAIMS Pro™ (Thermo Scientific),和Synapt G2-Si HDMSE (Waters)全都不在话下

最近离子淌度功能越来越受到重视和欢迎，其独特的第四维分离功能能够大大提升分析深度。Spectronaut14目前已完整支持Bruker’s dia-PASEF和Thermo FAIMS技术，无论从建库到directDIA分析都轻松面对。

针对DIA-PASEF数据，Spectronaut14目前已经可以直接从PASEF或者dia-PASEF中直接构建谱图库或directDIA分析。对于靶向性dia-PASEF数据分析，Spectronaut推出全新高精度离子淌度分析流程，具体细节后续我们会陆续放出。同时建库时间相对Spectronaut13减半。

三个物种不同比例混合，并以人蛋白作为背景进行定量分析。我们在timsTOF Pro 上用dia-PASEF模式采集100分钟梯度。DirectDIA分析得到7434个蛋白Group。同时上图展示了我们的定量准确性。

我们大大改进了对FAIMS Pro™ 数据的支持。FAIMD的DIA方法通常有两种策略: 单电压补偿(CV) 和多电压补偿multi CV。两种方法目前都已完整支持。Pulsar算法也可以针对FAIMS DIA和DDA构建兼容的谱图库

3次Hela重复DIA检测，Thermo Orbitrap Exploris 480采集120分钟梯度, 不加FAIMS和3电压方式的结果对比。数据分析采用了DDA/DIA混合谱图库。[Muntel, 2019]

实现10000个以上DIA数据定量采用FAIMS 方法后，可以提升14%的修饰肽段鉴定量和34%的蛋白Group数量。

海量数据的DIA分析会占用极大量的内存和处理时间，Spectronaut14目前支持多个SNE文件独立分析再组合的功能，并对数据一致性进行精确控制，方便用户随时查看分析结果。分析10000个以上DIA样本不再困难。