流式分选细胞的定量蛋白质组。你就这么随便做了？
在做相对常规的样品的定量蛋白质组学时，经验丰富的研究者基本上都能瞄一眼结果就能判断是否ok。不过参考对象比较少的样品就不那么容易判断了。比如近期拿到一套流式分选的某类型几千个细胞的结果，如下图，30个样品定量蛋白在4800-6000个PG左右。
当然，经验丰富的人可能还会细究下其他指标，比如每个样品大概定量到了40000条多肽，组内CV大约是30%，缺失值比例大概在20%多等。然后TIC看看，好像也没啥问题。
和hela标品之类的比较是稍微差点，但毕竟这个是实际样品，又是流式分选的微量样品，有点差距也是正常的。
实事求是的说，拿给我看的时候其实我也觉得没啥大问题，这位客户的色谱体系、数据分析也都是用了我司方案了，质谱也是用了给力得很的timsTOF Pro了，我也不好强行自己打自己脸吧。
然后呢临近过年，闲着也是闲着，要不把前处理换成我司的方案试试？在我一顿忽悠后（其实我也忘了我咋忽悠的了），客户试提取几个样品，又嫌麻烦，就全重提了一遍，过年期间色谱质谱等完全不变就是一顿猛测，下机后一看，真的试试就逝世了。
放一起对比下：
上图柱形图是前后定量Protein Group数量对比（蓝色为传统方法提取，橙色为我司方案），提升幅度在30~70%不等，折线图是前后每个样品缺失值比例（灰色为传统方法，黄色为我司方案），减少30~80%不等，而下图则是定量肽段数量对比，更是提升了100%有余（全部按照precursor，PG 1%FDR质控）,CV则从30%多降低到不到20%。
只能说没有对比就没有伤害，原来流式分选微量细胞也可以做的和常规实验结果类似，真的是实践出真知，下次再有人问我，我又有可以吹的素材了。不过可怜的客户其他类似的实验都默默的在准备的做了。
不知道或许即将要做类似实验的读者您呢？
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