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今日下午2点 | 位点特异性糖基化蛋白质组解析策略及GlycAP完整糖肽分析平台隆重发布



蛋白质糖基化修饰作为最复杂的翻译后修饰之一，不仅增加了蛋白质的多样性，也对其功能发挥起着重要作用。由于糖基化的复杂性，糖蛋白质组学研究是生命组学中极具挑战性的工作之一，其大规模精准解析存在很大挑战。


我们有幸邀请到来自复旦大学生物医学研究院的曹纬倩副研究员亲临直播间，与你一起聊聊位点特异性糖基化蛋白质组解析策略及应用研究。如果您错过了8月30日这期直播也不要着急，我们按照主题分类，为您精剪了回放视频，帮你了解最新的研究动态。

你知道吗？基于蛋白质组学的位点特异性糖基化解析技术是标志物寻找的新途径。这场报告，会让你从样本处理、 糖肽富集技术、 质谱鉴定 、谱图解析，再到标志物寻找的整体方案有新的认识。无论你拥有大通量的样本，还是小通量、需要快速定量的样本，都可以从今天的讲座中找到适合自己的新技术。



第一场讲座     位点特异性糖基化蛋白质组解析策略及应用研究


1、糖基化修饰的背景介绍


糖基化修饰广泛存在于自然界，包括身体脏器，模式生物甚至病毒的表面，都被鉴定存在大量的糖基化。糖基化修饰与许多病理过程直接相关，可作为重要的候选标志物，而且在美国FDA批准的肿瘤标志物中，绝大部分都是糖蛋白，比如OVA1（卵巢癌）、CA125（卵巢癌）、 HE4（卵巢癌）、CA19-9（胰腺癌）、AFP（肝癌）、PSA（前列腺癌）等。因此，规模化的解析糖蛋白对于发现新的诊断标志物以及治疗靶标有重要意义。


然而由于糖蛋白的宏观和微观不均一性，主要体现在同一个位点上有不同的糖链修饰，同一个蛋白上也会有不同的糖基化位点修饰，导致糖基化蛋白组复杂性增加。如何对糖基化蛋白组有效的鉴定解析是难题。


以往是什么方法？糖组和位点分别鉴定，优点是可以了解样本有哪些糖链组成，以及样本中，哪些蛋白、哪些位点发生糖基化修饰。但是这个方法的缺点是丢失位点特异性的糖基化信息。

因此曹纬倩老师团队专注于解析完整糖肽，以此获得位点特异性糖基化蛋白组解析。


视频内容请通过页面中的“核对公众号原文”观看。



如何完成特异性糖基化蛋白组解析？有三个主要步骤，分别是数据的产生、数据解析、数据挖掘。


2、数据产生-如何获得高质量糖肽谱图？从样本处理和质谱采集入手。


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3、数据解析-如何解析大规模糖肽谱图？依赖于高效的解析工具。


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4、数据挖掘-如何进一步挖掘解析结果？依赖于分析平台和数据库的建立。曹老师开发的这几个工具都可以免费在线使用，支持多个分析、查询、预测等功能。


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也许你又要问了。这些技术，可以联用到流程中吗？


接下来，除了各个技术，曹老师也介绍了几个技术联用的案例。


比如其中一篇，采用了高通量富集 + 质谱鉴定 + pGlyco3解析 + pGlycoQuant定量 + 数据挖掘，完成了对蛋白质组与位点特异性糖基化的定量，并实现了对不同转移潜能肝癌细胞系糖基化功能研究，对于多组学研究以及实验和分析流程优化很有借鉴意义。


5、会后精华讨论


也许你对这些问题的答案也很感兴趣----

  • 糖组分析能否也有类似pGlyco的方法？

  • O糖基化解析目前相对N来说有什么难点？

  • 我们都知道糖基化分布非常广泛，您展示了人，鼠，以及其它几种模式生物，pGlycoNovo平台会支持这些以外其它物种的解析吗？比如一些昆虫细胞，植物等等

  • pGlycoQuant 支持MBR，那么目前能支持多大的样本通量一起定量呢，速度如何？

  • ……


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嘉宾介绍


第二场讲座     完整糖肽分析平台：GlycAP介绍


敲黑板：这个分析平台由曹纬倩老师团队与易算共同开发完成。


平台目前包含主要的四个分析模块：定性分析，定量分析，功能分析和临床分析，另外还有完整糖肽质谱解析软件的推荐，糖基化蛋白质组相关的数据库链接，平台链接以及网站使用中的常见问题与解答；


每个模块由各类分析方法组成：

  • 定性分析包含基础的糖肽数量统计，motif分析，糖型分析与top20糖型数量的统计，每个糖位点的糖链数量统计以及每个糖蛋白的糖位点数量统计，与Uniprot的匹配情况；

  • 定量分析包含了PCA，OPLSDA等可视化方法，糖肽的热图聚类，以及差异的糖肽分析；

  • 功能分析上有MF，CC和BP的GO富集，KEGG富集以及PPI蛋白网络互作的分析；

  • 临床分析中对所有糖肽的ROC临床诊断标志物分析以及生存曲线分析等。

视频内容请通过页面中的“核对公众号原文”观看。

嘉宾介绍


刘和斌 |上海易算生物科技有限公司|生物信息工程师

  • 蛋白质组学流程自动化

  • 擅长数据可视化，机器学习，大数据分析

  • 参与deepDIA、 deepPRM  、GlycAP、 Easydia、DeeP 工具研发设计



最后，感谢您对本次直播的关注！ 


易算更多内容

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