--- title: "网络图在iPathwayGuide里面怎么自由探索？" author: "omicsolution" account: "omicsolution" published_at: "2021-10-21T19:24:43+08:00" captured_at: "2026-08-24T11:50:15.994062+08:00" source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MTI5NDAzNg==&mid=100002762&idx=1&sn=6a053bdef90bcf923798e558d7af978f&chksm=6a5dd9715d2a5067088cd2b82aac3082ebf5d5fb0b4af8416828428def25d1002420ecb2e679#rd" --- # 网络图在iPathwayGuide里面怎么自由探索？ 看一组对话。 客户： 这个网络，我想换几个基因做一下。 销售： 老师，麻烦您写一下具体的需求，我跟我们技术讨论一下。 技术： 需求怎么老是变来变去？你到底跟客户沟通清楚了没有？排期吧。 是不是很熟悉。 很多人有一个烦恼：如何才能不麻烦别人（分析师+项目管理+销售来回传话来催）的前提下，自己调整分析网络？ 听好了，方法就是用iPathwayGuide。点击下方视频，三分钟就可以学会制作网络。 --- 1 、网络布局 不管你是GO、通路分析，还是已经做完一批单独的网络分析，网络图形将自动显示，当然除了自动显示，还可以有不同的布局方式。 ![图片 1](images/001.jpg) 网络图概览 都有哪些布局方式呢？ “Subnetworks”：基因之间如果有一个或多个相互作用，这些作用将基因连接形成簇，簇就是（subnetworks），所有相互作用形成的线会保留。选择Subnetworks是对簇进行展示。 ![图片 2](images/002.png) subnetworks “Mechanisms”在基因相互作用网络中，冗余边被消除(如果同一两个节点之间同类相互作用有好几条线，Mechanisms则只显示一条线)。 ![图片 3](images/003.jpg) Mechanisms “Hub Genes”将具有更多连接的基因放在靠近图形中心的位置。所有相互作用形成的线会保留。 ![图片 4](images/004.png) Hub Genes “Gatekeepers”重点是找基因簇之间的“守门人”。因为当信息传递的时候，从一个基因簇进入另外一个基因簇得通过某些基因，它们可以阻止信号流入。这些基因是“守门人”的角色。 ![图片 5](images/005.png) Gatekeepers “Interactions”使相互作用基因的差异表达的比较变得容易。查看相互作用的基因是否具有类似的差异表达水平。节点从12点开始顺时排序，按照log2 FC的绝对值排序。 ![图片 6](images/006.png) Interactions “Regulators”强调基因调控的层级。 ![图片 7](images/007.png) Regulators 还可以调整么？可以。 --- 2 、网络调整 图形可以调整为： ![图片 8](images/008.png) “Hide isolated nodes”去除未连接的节点 “Show Coherent Cascades”以强调与已知基因相互作用一致的差异表达模式（有关更多详细信息，请参阅通路分析模块。） “Lock Zoom”以启用/禁用图形内的缩放 “Show Legend”将图例添加到图形中。 --- 3 、如何保存 保存图标允许用户保存图形和所有参数设置。通过 “Reload saved network”操作，可以轻松加载曾经保存的图形。 ![图片 9](images/009.png) 我们建议您在保存网络之前确认图形具有正确的参数设置，并单击“Build Network”（如下）。 下载图标（向下箭头）允许用户下载三种格式（Cytoscape、PNG 和 SVG）的图形。 ![图片 10](images/010.png) 单击“i”图标可查看图形中当前显示的基因数量和相互作用数量。 ![图片 11](images/011.png) 在图形的左上角： 使用罗盘图标在图形上向左、向右、向上或向下导航。 使用对角箭头图标将图形居中。 使用滑块或直接单击滑块图形上的 + 和 – 图标放大和缩小 --- 4 、One more thing 其他更为灵活的功能还有哪些？ - 单击一个基因以选择该基因 - Shift 并单击多个基因或 shift 并移动鼠标以选择多个基因 - 右键单击所选基因以“选择所有节点（select all nodes）”、“选择邻居（select neighbors）”、“锁定所选（lock selected）”、“解锁所选（unlock selected）”、“隐藏（hide）”、“隐藏所选（hide selected）”或“仅显示所选（show selected only） - 右键单击未选择的基因以“选择邻居（select neighbors）”、“隐藏（hide）”或“隐藏选定的（hide selected） - --- 是不是觉得功能很多需要自己动手摸索呢？ 欢迎跟我们联系，顺便带上你的组学数据。 若有任何疑问，欢迎邮件或来电咨询： marketing@omicsolution.com support@omicsolution.com +86-18221381405