科研小记者:同学您好,我是“易算生物”前方小记者,关于蛋白质组学实验前处理您遇到的最大问题是什么呀?
同学A:制备麻烦,实验周期长
同学B:繁琐
科研小记者:但据我了解目前市场上有快速前处理试剂盒
同学C:贵
科研小记者:那巧了,针对这些问题我们研发了一款快速前处理制备试剂盒,操作简便,性价比高,2-3小时即能完成实验,最重要的是重复性也很好,有兴趣跟随我一起了解一下吗?
同学A/B/C:那太好了
科研小记者:那就让我们一起走进“易肽”,探索该前处理制备试剂盒的奥秘!
样品制备是蛋白质组学实验最重要的步骤之一,合适的前处理过程是实验成功的关键。易肽快速前处理制备试剂盒旨在以较少的样品制备步骤和较短的操作时间以获得最佳的实验结果,特别适合蛋白质组学大队列样本的制备。该试剂盒提供蛋白制备包括蛋白变性、还原烷基化、蛋白酶解以及肽段脱盐过程的相关试剂,方便快捷,操作简洁。经过大量实验论证重复性好,而且与市场上类似试剂盒相比性价比更高。试剂盒可处理1-30μg蛋白(OSFP0001),数百-10000个细胞(OSFP0004)以及10-100μg蛋白(P.O.00027),既能解决常规蛋白质组学的制备问题又能处理少量、珍贵的样本,从蛋白提取到质谱上机前的步骤3h之内即可完成,大大缩短实验周期。
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iST试剂盒我们早有介绍,这次让我们把处理样品量往微量探索吧!
具体实验流程如下:
该试剂盒的流程与常规前处理过程相比步骤更少,样品转移次数少,损失小同时处理时间大大缩短,重点是实验效果更好。为了验证试剂盒的适用样本类型及效果,我们测试了细胞、动物组织、植物组织、血清/浆、石蜡切片等多种类型的样本(两种规格试剂盒),具体操作如下:
1 蛋白提取
a. 对于细胞样本,按照细胞沉淀样品加入适量试剂 0(建议细胞量不要超过1E6。参考体积比,细胞沉淀:试剂0约 1:5)涡旋混匀,200μl枪头反复吹打15-20次,置于冰上裂解10min;
注:样品出现粘稠时使用超声波细胞破碎仪冰上超声2 min (25-30Hz ,每10s停10s)或者金属浴95℃加热10min;
对于组织样本,取适量组织样品(得率较高的组织最低可以1mg起始)加入试剂0(按1:8的比例加入试剂0,即25mg组织加入200μl试剂0),高通量组织研磨仪震荡研磨3次,置于冰上裂解10min;
对于血液样本,可直接取0.5μl血液样本进行2 步骤a的操作;
b. 4℃,12000g 离心 20min,取上清;
c. 上清进行BCA 蛋白定量;
d. 根据定量结果,建议取1-30μg 蛋白样品进行后续操作。
2 蛋白酶解
a. 步骤5.1 d中得到的蛋白溶液(建议总体积不超过20μl),补加试剂A 20 μl,吹打混匀;
b. 加入1.2μl试剂B混匀后95℃加热5min(95℃,1000rpm);
c. 加热结束待样品恢复至室温后,分别加入2 μl试剂C及5μl试剂D,混匀,37℃酶解1-2h;
d. 酶解结束后加入3 μl试剂E,混匀,终止酶解反应,此时会有沉淀出现,20000g离心1min后吸取上清待后续脱盐。
3 肽段脱盐
a. 脱盐柱活化:100μl甲醇加入到脱盐柱中,700g离心1min;
b. 脱盐柱去杂质:100μl Condition buffer(70%ACN+0.2%TFA)加入到脱盐柱中,700g离心1min;
c. 脱盐柱平衡:100μl Wash buffer(0.2%TFA)加入到脱盐柱中,700g离心1min;
d. 加载样本:将样本(1-30μg/1-100μg)全部加载到脱盐柱中,700g离心1min,重复操作一次;(样本可以抽干后用Resuspend buffer-1%TFA复溶再除盐,也可使用20%TFA调pH<3后直接加载样本)
e. 脱盐柱清洗:100μl Wash buffer加入到脱盐柱中,700g离心1min,重复操作一次;
f. 样本洗脱:30μl Elution buffer(90%ACN+0.2%TFA)加入到脱盐柱中,700g离心1min,洗脱两次,最终样本体积为60μl;
g. 真空冷冻离心浓缩仪浓缩样本;
4 质谱上机
采用Orbitrap Fusion Lumos 90min 梯度,directDIA进行数据采集
5 结果分析
实验是最有利的答案,否则就是空口无凭,那结果如何呢?
易肽OSFP0001可以实现比FASP、丙酮沉淀更快更好的的前处理效果,关键是成本也相当之低!
为了测试样品制备的重复性,我们分别请了一个实验新手H和经验丰富的实验员T,分别采用293T(下图1,2)和小鼠肺组织(下图3)进行重复性测试,每人三次技术重复。间隔7天测试日间重复性,结果如下图:
根据以上结果我们发现该试剂盒可以处理基本所有类型的样本,重复性好,操作简便,实验周期短,可为大家节省比较多的时间,开心做实验。
同学B:太棒了,那以后可以节省好几倍的时间来学习了,顺便还可以腾出点时间健健身。对了,效果这么好,这个试剂盒可以处理极微量的样本吗?最近做流式分选出来一些细胞,过程之艰辛都无法描述,常规的处理方法担心处理到最后空无一物,迟迟没敢下手。。。。
科研小助手:那你算问对人了,今天新鲜出炉的结果,还热乎着呢,秀给你看看:
流式分选的Hela和拟南芥细胞,TimsToF Pro一小时梯度采集的DDA数据,怎么样?
同学B:Amazing!这是怎么做到的?
科研小助手:采用易肽的极微量样品前处理制备试剂盒(OSFP0004)你也可以做到。实验流程简单的不要不要的:
1. 收集100-1000个细胞,置于PBS中(注意PBS体积不能过大,越少越好,尽量控制在1μl以下),置于试剂盒专用样品收集管;
2. 加入1.5μl试剂A,95℃水浴10min,冰上裂解30min;
3. 加入5μl试剂B,避光反应20min;
4. 加入1.5μl试剂C,37℃酶解2小时;
5. 加入试剂D,37℃孵育30min;
6. 13000rpm离心取上清,冻干后即可复溶上机。
同学B:这比我做常规的样本提取还简单,这也太神奇了吧。我可以申请试用吗?
科研小助手:当然可以,扫描下方的二维码,完成调研问卷,我们会有专门的技术人员与您联系。
同学A:那如果我想做单细胞呢?
科研小助手:嗯,胃口不小啊,单细胞就没那么好做了,需要专门的前处理平台,我们的单细胞平台还在内部测试中,预计明年上半年发布,不过现在可以简单透露下,目前可以达到DIA单针2000-3000个蛋白水平,当然稳定性和效率尚在进一步优化中,敬请期待哦。
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