--- title: "质谱实验质量控制之原始数据中的污染物信息" author: "Omicsolution" account: "Omicsolution" published_at: "2021-02-06T10:39:36+08:00" captured_at: "2026-08-24T11:50:18.952822+08:00" source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MTI5NDAzNg==&mid=100000117&idx=1&sn=2b71d7a42654e4f36874b416373a61e2&chksm=6a5dd3ce5d2a5ad8506e79230b0f2d92f740177a269d579280987424faca314ec0eb6cffc08e#rd" --- # 质谱实验质量控制之原始数据中的污染物信息 在质谱实验的质控专题的上一期内容中，阐明了质谱实验污染的来源，包括：生物来源的污染；试剂、耗材中属于化学来源的污染；实验室环境来源的污染。 质控专题共分三期内容： 1. 质谱污染的来源与防控篇 2. 质谱原始数据中的污染物信息篇 3. 质谱数据质控篇——Quic软件介绍 在了解了质谱污染物可能的来源后，我们可能在整个实验室的质控上有一些的改善，但是当污染出现的时候，我们应能够从质谱给我们的信息中，找到污染物的种类，进而抽丝剥茧找出引起污染的原因。本期内容我们进入质控专题的第二篇，从原始数据中寻找污染物的踪迹。 本期内容 质谱原始数据中的污染物信息篇 在质谱原始数据中来查找污染物的常用方法： 1. 从质谱的TIC图上直接找出污染物。一些污染物在质谱中产生的谱峰具有一定的特征性，例如PEG污染，在TIC图中可以看到，一系列分子量间隔约44的峰。如果样品中混有CHAPS的残留，一般在液相梯度临近结束时，能够看到明显的614+ 峰。 Omicsolution给大家提供了bckgrnd_ion.pdf和peg_table.pdf 分别列举了常见的背景离子和PEG污染离子信息。 文档链接：http://www.omicsolution.com/wp-content/uploads/2017/07/bckgrnd_ion.pdf http://www.omicsolution.com/wp-content/uploads/2017/07/peg_table.pdf 2.借助软件工具查看，例如加拿大BSI公司的PEAKS软件，其中LC/MS View的功能，可以热图形式显示LC /MS的信号或者特征峰的分布。下载链接: http://www.omicsolution.com/wp-content/uploads/2017/08/peaksstudio_85_20170804_setup_x64.zip a .安装后打开，如果您是未购买PEAKS的用户，只需要点击 ： ![图片 1](images/001.jpg) Use PEAKS as a viewer即可。 b.导入数据： 主界面上点击 File- New Project ![图片 2](images/002.jpg) Project Name 根据需要随意起名；Project Location为分析结果文件存放位置；点击Add data files选择质谱原始数据，如：Thermo RAW；Sciex WIFF等，一次可以加入任意多个数据。点击finish。 ![图片 3](images/003.jpg) 等到loading完毕，1号区域的饼型会变成实心绿色，然后可以双击打开这个数据的谱图，点击二号区域LC/MS即可看到上图右侧的TIC二维图，由于我们只需要查看污染情况，点击3号区域取消勾选MS/MS spectra，然后调整4号区域滑块，调整谱图显示对比度，一般如thermo orbitrap系列数据调整到1E6-1E7左右即可看到较为明显的谱峰分布。图中横坐标为m/z，纵坐标为retention time，每一个独立黑色点即为一条肽段。我们可以用鼠标滚轮缩放查看更细节的信息。如上图，我们可以看到非常明显的从rt 0~60min的连续线条，这些即为环境分子污染。其中多为装修材料中挥发出来的硅烷材料，如果这些信号非常强的话，那么相近分子量的多肽信号肯定受到干扰而难以得到准确检测。详细分子量对应何种污染物参考bckgrnd_ion.pdf。 ![图片 4](images/004.jpg) 上图红圈标记的信号即为PEG污染，严重时也会使得柱压上升，出峰不正常。并且导致定性、定量结果不准确。 本方法同样也可以大致观察LC出峰是否连续稳定、LC分离是否均一等问题。 当然PEAKS Studio作为强大的蛋白质组学综合数据分析平台能做的事情远不如此，访问网页https://www.omicsolution.com/index.php/peaks/peaksfeatures/ 了解其全面功能，如果这些功能对您的科研有帮助的话可以联系我们详细咨询。 通过学习本期内容，我们可以在拿到实验原始数据后，在分析开始之前，对实验的质量进行初步判断，也能够通过污染物种类的确定，来改善自己的实验体系。 下期预告： 质谱实验数据质量的好坏，依赖于色谱质谱系统的稳定性，对于如何判断色谱质谱系统的运行状态，我们通过下期“质谱数据的质控篇”来给大家具体介绍。 ![图片 5](images/005.jpg) match OmicSolution Omicsolution致力于蛋白质组学新技术、新方法在中国的推广和实践。我们团队成员拥有超过10年的蛋白质组学信息技术、仪器技术和实验技术经验。与赛默飞世尔蛋白质组学团队紧密合作，为国内蛋白质组学实验室快速吸收、发展国际先进软硬件技术保驾护航。 同时我们拥有行业最先进的Thermo Scientific™ Q Exactive™质谱仪，Orbitrap Fusion™ Tribrid™质谱仪等分析平台，可满足客户的不同需求。 目前我们的团队成员来自于复旦大学蛋白质组学中心、中科院上海生命科学研究院等院校机构，从2005年起就从事蛋白质组学及信息学研究，我们的技术团队经验丰富、创新进取，紧跟学术界最新发展。 更多蛋白质组学技术信息请参阅我们的官方网站： www.omicsolution.com 若有任何疑问，欢迎邮件或来电咨询： marketing@omicsolution.com support@omicsolution.com 4008-350-900 +86-18516591405 ![图片 6](images/006.jpg) ![图片 7](images/007.jpg) 长按指纹 > 识别图中二维码 > 添加关注 版权所有：OmicSolution