质谱原始数据中的污染物信息篇

    在质谱原始数据中来查找污染物的常用方法：

1. 从质谱的TIC图上直接找出污染物。一些污染物在质谱中产生的谱峰具有一定的特征性，例如PEG污染，在TIC图中可以看到，一系列分子量间隔约44的峰。如果样品中混有CHAPS的残留，一般在液相梯度临近结束时，能够看到明显的614+ 峰。

Omicsolution给大家提供了bckgrnd_ion.pdf和peg_table.pdf 分别列举了常见的背景离子和PEG污染离子信息。

文档链接：http://www.omicsolution.com/wp-content/uploads/2017/07/bckgrnd_ion.pdf

                 http://www.omicsolution.com/wp-content/uploads/2017/07/peg_table.pdf 

2. 借助软件工具查看，例如加拿大BSI公司的PEAKS软件，其中LC/MS View的功能，可以热图形式显示LC /MS的信号或者特征峰的分布。下载链接:

http://www.omicsolution.com/wp-content/uploads/2017/08/peaksstudio_85_20170804_setup_x64.zip

     a .安装后打开，如果您是未购买PEAKS的用户，只需要点击 ：

          Use PEAKS as a viewer即可。

    b. 导入数据：
        主界面上点击 File- New Project

Project Name 根据需要随意起名；Project Location为分析结果文件存放位置；点击Add data files选择质谱原始数据，如：Thermo RAW；Sciex WIFF等，一次可以加入任意多个数据。点击finish。

等到loading完毕，1号区域的饼型会变成实心绿色，然后可以双击打开这个数据的谱图，点击二号区域LC/MS即可看到上图右侧的TIC二维图，由于我们只需要查看污染情况，点击3号区域取消勾选MS/MS spectra，然后调整4号区域滑块，调整谱图显示对比度，一般如thermo orbitrap系列数据调整到1E6-1E7左右即可看到较为明显的谱峰分布。图中横坐标为m/z，纵坐标为retention time，每一个独立黑色点即为一条肽段。我们可以用鼠标滚轮缩放查看更细节的信息。如上图，我们可以看到非常明显的从rt 0~60min的连续线条，这些即为环境分子污染。其中多为装修材料中挥发出来的硅烷材料，如果这些信号非常强的话，那么相近分子量的多肽信号肯定受到干扰而难以得到准确检测。详细分子量对应何种污染物参考bckgrnd_ion.pdf。

上图红圈标记的信号即为PEG污染，严重时也会使得柱压上升，出峰不正常。并且导致定性、定量结果不准确。

      本方法同样也可以大致观察LC出峰是否连续稳定、LC分离是否均一等问题。

      当然PEAKS Studio作为强大的蛋白质组学综合数据分析平台能做的事情远不如此，访问网页https://www.omicsolution.com/index.php/peaks/peaksfeatures/  了解其全面功能，如果这些功能对您的科研有帮助的话可以联系我们详细咨询。