级联反应可以在iPathwayGuide里面看到吗？能。

级联反应（cascade）：在一系列连续事件中前面一种事件能激发后面一种事件的反应，其化学修饰为酶促反应以及放大效应。级联反应是当前的研究热点，可以寻找疾病的表型机制，可以寻找治疗靶点等。

基因A抑制基因B，进而激活基因C等。这些级联信息都在通路里面。

但是提到通路，人们都很容易想起基因，级联反应却被晾在一边。大部分人不提，不代表它不存在。 

例如，在你的数据集中，TUBB 激活 GEF-H1、Rho 和 ROCK；因此，如果 TUBB 被下调，预测它所激活的基因也会被下调。 在其他地方看不到的， 你可以在iPathwayGuide的级联中看到。

怎么看呢？默认情况下，iPathwayGuide通路图显示所选 KEGG 通路 (LogFC) 上每个基因的表达量变化，下图右上方第四项。“show coherent cascades”

如果你点击“show coherent cascades”这个按钮，会出现什么变化？看下图。马上在原来的KEGG图上，出现了红色的箭头，这些箭头，就是级联反应可视化。

iPathwayGuide 不仅能找到数据集中最重要的通路，而且还确定了最重要通路中扰动的来源---你得通过级联反应才能洞察到--通过看箭头。 

iPathwayGuide怎么算级联？ 

• 首先，软件会先去计算出每个基因的扰动值；

• 继而，寻找那些基因的扰动与其紧邻其上游的基因的扰动以及它们之间的信号类型（根据通路数据库的记录）相一致的情况。例如，如果通路指定基因 A 抑制基因 B 并且基因 A 被下调而基因 B 被上调，则该特定步骤与预期行为一致，因此基因 A 和 B 的扰动被称为相干；

• 这些相干扰动传播的长链你需要留意，它们可以成为解释你某个现象的可能的机制。 

找到的相干级联会用箭头展示。有了级联分析，再加上通路的更详细的背景（我在以后会提到）， 能够帮你解释变化 和计算出的扰动的实际机制。 

iPG能够对从微阵列、RNA-seq 或蛋白质组学技术获得的差异表达数据进行通路分析。能够分析以下格式的数据集：CuffDiff、 DESeq、JMPGenomics、GEO2R/Limma、SciexSWATH 和 nSolver，以及自定义制表符分隔的文本文件。

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