1、蛋白鉴定表格proteins

表头内容

详细说明

Protein Group

纯用于排序的编号，区分不同蛋白用，无实际生物学意义。其中 Group 数字一样的蛋白代表序列相似度非常高的一组蛋白

Protein ID

纯用于排序的编号，区分不同蛋白用，无实际生物学意义。

Accession

表示蛋白质来源数据库中的编号，用于追溯蛋白序列信息，其内容取决于所采用的数据库类型

-10lgP

按照包含肽段的-10lgP及其打分排名进行加权后加和，该值不具体代表置信度水平，值越大表明该蛋白包含的可信肽段越多

Coverage (%)

蛋白序列覆盖度，即蛋白鉴定到的氨基酸数目与蛋白总氨基酸数目的比值

Coverage (%) X

样本X中蛋白序列覆盖度，即蛋白鉴定到的氨基酸数目与蛋白总氨基酸数目的比值

Area X

样本X蛋白表达丰度

#Peptides

鉴定蛋白包含的总肽段的数目

#Unique

鉴定蛋白包含的特异性肽段的数目

#Spec X

鉴定蛋白对应的总匹配谱图数

PTM

蛋白可能存在的翻译后修饰

Avg. Mass

蛋白质平均分子量

Description

蛋白来源数据库的蛋白背景详细描述







2、蛋白-肽段鉴定表格protein-peptide

表头内容

详细说明

Protein Group

纯用于排序的编号，区分不同蛋白用，无实际生物学意义。其中 Group 数字一样的蛋白代表序列相似度非常高的一组蛋白

Protein ID

纯用于排序的编号，区分不同蛋白用，无实际生物学意义。

Protein Accession

表示蛋白质来源数据库中的编号，用于追溯蛋白序列信息，其内容取决于所采用的数据库类型

Peptide

肽段的氨基酸序列

Unique

显示该肽段是否作为蛋白group特异性肽段，Y表示是，N表示否

-10lgP

肽段的可信度，值越大表明肽段谱图匹配结果越好

Mass

肽段的分子量

Length

肽段的长度

ppm

质谱检测到的分子量与数据库理论分子量的质量偏差

m/z

肽段质荷比

z

电荷数

RT

肽段保留时间

Area X

样本X中肽段丰度

#Feature

该肽段的总特征峰个数

#Feature X

该肽段在样本X中的特征峰个数

Start

该肽段在其所属蛋白序列上的起点位置

End

该肽段在其所属蛋白序列上的终点位置

PTM

肽段可能存在的翻译后修饰

AScore

修饰位点置信度，一般高于13认为可信度较高（如无特殊关注的修饰位点，此列可忽略）


3、肽段鉴定表格 peptide

表头内容

详细说明

Peptide

肽段的氨基酸序列

-10lgP

肽段的可信度，值越大表明肽段谱图匹配结果越好

Mass

肽段的分子量

Length

肽段的长度

ppm

质谱检测到的分子量与数据库理论分子量的质量偏差， 一般在10ppm以内

m/z

肽段质荷比

RT

肽段保留时间

Area X

样本X中肽段丰度

#Feature

该肽段对应的特征峰数目

#Feature X

该肽段在样本X中的特征峰个数

Accession

该肽段所属蛋白的蛋白accession号， 该列为空则表格该肽段匹配上的是污染库， 这种肽段无需关注

PTM

该肽段可能存在的翻译后修饰

AScore

修饰位点置信度，一般高于13认为可信度较高（如无特殊关注的修饰位点，此列可忽略）

Found By

该肽段鉴定是PTM开放式检索得到， 或者是DB search搜库得到


4、denovo 表头说明

表头内容

详细说明

Fraction

该数值表示数据在peaks软件中分析时候的通道， 可忽略， 无实际意义

Source File

原始数据名称

Feature

该肽段对应的特征峰编号，无实际生物学意义

Peptide

denovo的肽段序列

Scan

肽段对应谱图的scan编号

Denovo Score

肽段的得分

ALC (%)

de novo肽段的平均置信度,得分越高表示肽段的可信度越高

length

肽段的长度

m/z

肽段质荷比

z

电荷数

RT

肽段保留时间

Predict RT

电荷数

Area

样本中肽段丰度

Mass

肽段的分子量

ppm

质谱检测到的分子量与理论分子量的质量偏差

PTM

肽段可能存在的翻译后修饰

local confidence (%)

肽段中每个氨基酸的置信度，得分越高表示该位点氨基酸的可信度就越高

mode

质谱碎裂模式， HCD为高能碰撞碎裂模式， ETD为电子转移解离碎裂模式