--- title: "2024-一文抵达易算精选生信下游方案" author: "王玲" account: "王玲" published_at: "2025-04-09T11:36:48+08:00" captured_at: "2026-08-27T10:51:43.734594+08:00" source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MTI5NDAzNg==&mid=2247496008&idx=1&sn=eaabbca698b5347a1885fcf424ec5728&chksm=ea5e23f3dd29aae55376e4d7716cf82896e58a98770e18b151d94d3740f04896837526994e83#rd" --- # 2024-一文抵达易算精选生信下游方案 你好，我是玲姐，负责易算生物生信部门。2024年，易算生物实验部门进一步提升了定制化蛋白组学解决方案的技术实力。通过优化试剂盒、质谱技术及定量软件，满足了客户对高通量、高深度、大队列稳健性的需求。 继而为了继续满足下游生物信息学分析的高标准需求，我把之前零散的信息在这里做了汇集，方便朋友一起参考。分为以下三个板块： ![图片 1](images/001.png) 1、易算方案篇 玲姐这边不负责教代码，专注于思路规划。方案的形成是通过玲姐与客户的深入沟通后，再将设计的思路和图表传递给生信执行的同事进行落实。比如如何设置分组、哪些分析需要纳入、筛选蛋白的标准、以及可能需要产出的图表类型，这些细节都是一步步积累沉淀下来的。 - 2024易算空间蛋白组设计和分析方案 - 2024易算微生物宏蛋白质组全流程解决方案 - 2024易算定制分析方案：探索多样化蛋白组学解决策略 - 易算整理 | 2024 蛋白-磷酸化质谱蛋白组联合分析方案 - 易算整理 | 质谱蛋白组-临床指标联合生信分析类型盘点 - 易算整理 | 质谱蛋白组学研究必备：生信热图类型盘点 - 易算定制分析方案: 探索不同样本量下的蛋白组生物信息学解决策略 - DeePB血液深度蛋白质组检测方案[2023] - 案例课堂：磷酸化蛋白质组生信个性化分析 --- ![图片 2](images/002.png) 2、设计思路篇 在出方案时，玲姐会参考同行推荐的文献或根据个人兴趣进行文献搜集。与欢单纯地做知识的搬运工或一味宣传大咖不同，我们更在乎直接为用户带来实际收益。 血液 - 近三年Matthias Mann课题组在质谱体液蛋白组研究的启示 - Nat Commun | DIA联合PQ500与Spectronaut助力蛋白组临床大队列研究应用案例 - 跨平台合作：质谱、Olink与SomaScan在蛋白质组学研究中的联合策略 - 易算整理 | PQ500绝对定量如何计算【初探版】 - Nature 革命性血浆蛋白组+AI算法：衡量器官特异性衰老，预测未来健康趋势 药物、预后与治疗 - 【疗效标志物分析思路】血浆蛋白组学如何发现免疫治疗的疗效标志物 - Nature Biotechnology精选：蛋白质组图谱如何助力药物机制探索 - Nat Biotechnol｜通过研究不同剂量药物对蛋白表达的影响，解析药物如何在细胞中起作用 - 《Nature Medicine》：DIA+Spectronaut+PRM：发现并验证胰腺癌化疗敏感性的蛋白标志物 - LiP-Quant，用于识别药物靶点和结合位点，一种基于限制性酶解+质谱定量蛋白质组+机器学习的全流程方案 - 【IF 18.361】未来的生物标志物：LiP–MS引领帕金森病蛋白质组从结构到分子机制的探索 - 《Nature Medicine》：PROTAC、PreOmics iST与SpectroDive联合：IRAK4一期试验 - Cancer Discovery文献解读 | 如何用微量的方法，识别三阴性乳腺癌化疗耐药以及敏感相关的生物标志物 空间与单细胞 - 基于显微切割的空间蛋白组可以怎么切 - 易算整理 | 空间蛋白组揭示致命性皮肤病的新疗法 - 方案设计思路：如何利用空间蛋白组探究基因变异对细胞器功能的影响 - 《Nature Methods》肝细胞空间蛋白组研究：实验设计思路的深度解读 - 高分文章思路| Nat Methods 三百万张细胞图像揭示药物与基因编辑如何塑造细胞形态 - Nature Methods | 如何开展单细胞蛋白质组学实验和下游分析 - 灵敏度提高10倍| Matthias Mann 新流程助力单细胞蛋白质组获得对健康和疾病中细胞异质性的前所未有的洞察力 - 【方法解读】Nat Methods：如何选择最佳的空间聚类方法 - 揭秘大脑深处：蛋白质组学绘制人脑区域精细蛋白图谱 - 高分文章思路 | Nature Metabolism：人类脂肪生成的时空蛋白质组图谱 - Nat Commun文献解读 |空间蛋白质组学视角下的人脑肿瘤：LCM与质谱联合分析 - 单细胞分析的最佳实践|Nature Reviews Genetics带你走进细胞的空间世界 宏蛋白组 - 宏蛋白组学技术方案与实用策略盘点 - 易算团队整理 - 易算整理 | 环境宏蛋白组学研究实战：实验到数据处理的全流程解析【上】 - 易算整理 | 【中】环境宏蛋白组学研究实战：实验到数据处理的全流程解析 - 易算整理 | 【终】环境宏蛋白组学研究实战：实验到数据处理的全流程解析 多组学联合策略 - 多组学高分文章思路| Cancer Cell|乳腺癌基因组变异的共现与互斥对精准治疗的启示 - CPTAC多篇文献解读 | 多组学重新定义亚型特征 - Matthias Mann文献解读 | 蛋白质基因组学如何确定高风险疾病亚型 | Cancer cell - CPTAC蛋白质基因组学7篇文献汇总 | 肿瘤免疫图谱的评估 - 多篇文献解读 | 利用蛋白组和磷酸化等多组学数据识别治疗靶标、疗效和预后的生物标志物 - Science 子刊 | 结直肠癌研究 | 磷酸化蛋白质组学互补视角解析EGFR抑制剂的敏感与耐药相关标志物 - 研究新突破 | Nat Commun：光遗传学、磷酸蛋白质组学和Spectronaut揭示内皮细胞中Akt1信号传导的动态特征 - 疾病多组学分析的三个切入点：表型、基因组、环境 - 【蛋白基因组分析思路】 综合多组学方法展示早期结直肠癌的分子特征和分类 - Nat Commun|【WGCNA组织样本分析思路】关注脑蛋白组学研究：肌动蛋白纤维和损伤应答对阿尔茨海默病的保护作用 - Matthias Mann综述文章精读：人工智能如何用于蛋白质组学和生物标志物的新发现 - Cell解读 | CPTAC肺腺癌 | 与 KRAS、EGFR 和 ALK 驱动事件相关的治疗机会 - Cell文献解读|CPTAC| 多组学研究带来胰腺导管腺癌治疗的新机会 - Cell分析解读||蛋白质组学寻找早期肺腺癌的异质性和标志物（下） - Cell分析解读||蛋白质组学寻找早期肺腺癌的异质性和标志物（上） - Cell文章解读|肠癌研究再次突破，发现肿瘤状态转化和免疫相互作用的新模式 - Blood最新封面 | 解读+思维导图 | 单细胞及多组学揭示补体C1Q促进急性骨髓性白血病（AML）的髓外浸润（EMI）和复发 - Cancer Cell |如何利用多组学提高对肿瘤异质性的理解 - 为什么癌症精准治疗需要蛋白质组学？ - CKG|怎么利用临床知识图谱，将蛋白质组学数据整合到临床决策 ![图片 3](images/003.png) 3、易算生信工具文章 正因为有如此优秀的客户选择了我们，并给予了合作机会，才能让这些创新工具被更多人看见和使用。易算的核心优势在于研发，而背后驱动力来自我们在工作中遇到的各种挑战，比如常规工具运行缓慢、准确性不够理想、鉴定深度不足等问题。这些问题促使我们不断进行测试和改进，力求优化工具的性能。我们也希望通过合作，让这些经过打磨的工具惠及更多用户。 - 糖肽分析突破数据库壁垒，曹纬倩、曾文锋最新Nature Commun：pGlycoNovo重磅上线 - 乔亮组新进展：基于深度学习提高DDA MS1鉴定能力 - 龙年第三篇【Microbiome】复旦乔亮、澳洲国立林宇与易算团队联合推出ConDiGA：基于宏基因组精准构建宏蛋白组序列库 - 【Cell Rep】易算共一作：蛋白代谢+机器学习发现肝细胞癌治疗敏感分子 - DIA+PRM宏蛋白组揭示茅台酒曲中的微生物群落组成和代谢特征 - 龙年巨献第一篇：浙江大学方群团队最新研究Nat Commun亮相 | PiSPA技术在单细胞蛋白质组领域实现3000+PG新高度 - 复旦乔亮团队与易算最新研究成果：宏蛋白组建库方法与应用 - 客户文章—小鼠空间脑图谱，一种快速微量磷酸化蛋白组学技术的空间分析 - 【案例重现】蛋白质组学分析揭秘细胞应对热扰动的秘密 —— PNAS案例研究的深入解读 - 客户案例｜PNAS 华东师范李迪教授团队开启纳米医学新篇章 - Nature Commun|复旦-易算携手发表磷酸化位点定位错误率估计算法 DeepFLR - NPJ BIOFILMS MICROBI|复旦-交大-易算最新合作成果：DIA如何跨过宏蛋白组的第一宇宙速度 - 如何深入糖蛋白组的数据挖掘 | Int J Mass Spectrom |复旦大学与易算共同开发在线平台GlycAP文章发表 - Frontier Oncology（IF 6.2）|复旦大学与易算发表蛋白组联合代谢组揭示了通路在子宫内膜癌中的作用 - EMBO Mol Med复旦-易算最新临床蛋白质组成果 | 准确率90% |利用蛋白分子标志物 + 机器学习对患者风险分层 - Nature Methods|中科院计算所曾文锋与复旦大学曹纬倩合作发展蛋白质位点特异性糖基化解析工具pGlyco3 - DIA技术最新应用：Cancer Cell发表易算客户结直肠癌转移研究 - NPJ-Biofilms and Microbiomes 易算与复旦、长海医院携手发表宏蛋白质DIA研究成果 - Nat Comm-易算与复旦携手发表DIA深度学习算法 我们相信，借助自动化工作站的高效处理、定制化试剂盒的精确适配以及先进的质谱技术，易算生物能够为广大科研工作者提供更加可靠的下游分析支持，让复杂的实验和数据，变得简单、高效、易懂。 ![图片 4](images/004.png) 联系我们 CONTACT US ![图片 5](images/005.webp) ![图片 6](images/006.webp) 上海易算生物科技有限公司，专注于利用LC-MS/MS和生物信息学技术，为客户提供高质量的研究方案。我们与国内顶尖的蛋白质组实验室紧密合作，开发最新的蛋白质组相关技术和产品。从DIA、PRM分析产品、单细胞及极微量蛋白质前处理，低丰度蛋白深度挖掘，糖蛋白质组，宏蛋白质组整体方案实验室落地方案等，易算均有国际前沿水平并在高分杂志上发表成果的技术产品。易算自研EasyPept AUTO自动化工作站能够将步骤复杂的质谱样本前处理流程，简化为一键式操作，实现对微量临床样本蛋白质组的智能化、高通量、高重复性分析，有效解决了手工效率低、蛋白质提取损失大、富集流程不理想、所需样本量大等问题。 在数据分析和国际软件方面，我们自主研发了EasyDIA综合数据处理平台，对液相系统、质谱仪器运行状态、定性结果、定量结果等多个方面进行质控，集成了质谱定量数据分析过程中所用的统计方法，支持分析结果的交互式或静态式的展示与下载功能，有利于支撑大队列的高效运转。我们还引入了国外先进的软件和产品，包括来自瑞士Biognosys公司、德国Bruker公司、德国PreOmics公司和澳大利亚IonOpticks公司等，为国内科研机构提供先进可靠的实验及软件解决方案。 ![图片 7](images/007.webp) ![图片 8](images/008.webp)