单击报告顶部的“Genes”选项卡。基因模块提供输入到分析中的每个基因的详细信息。可以通过单击火山图中的基因,或从下面的基因表中来选择基因。您还可以通过其官方 (HGNC) 基因符号或 Entrez 基因 ID 搜索基因。
选择一个基因后,会显示有关该基因的信息以及参考文献和与以下方面的关系: GO 生物过程、分子功能和细胞成分;KEGG 通路和药物;miRNA;单核苷酸多态性;疾病。单击与另一个模块相关的任何链接,您将进入相应分析。
如果您没有看到您感兴趣的基因被列出,您可以选择在火山图的右上角“show all genes”。这将显示用于生成分析的输入文件中的所有基因(显著和非显著)。从输入文件中加载所有基因可能需要几秒钟的时间。选择此选项时,将显示黑色和彩色点。红点(上)和蓝点(下)标识显著的 DE 基因,而黑点标识不显著的基因。请注意,火山图的比例限制为 10e6。
v 请注意,当“show all genes”按钮被激活时,实验数据(即gene symbol, Entrez ID, logFC, adjpv的制表符分隔文本文件)、火山图可使用基因页面上方的向下箭头符号下载。
当选择黑点时,与其他关系(如 GO 术语和通路)的链接将指向其外源数据库,因为该基因在分析中未DE(且未考虑)。
v iPathwayGuide 允许单独分析基因/蛋白质 ID,有或没有倍数变化或 p 值输入都可以。当输入具有倍数变化但没有 p 值的基因/蛋白质 ID 时,差异表达的基因显示为小提琴图(Violin Plot)而不是火山图。而当输入的基因/蛋白质 ID 既没有倍数变化又没有p 值时,差异表达的基因显示在表格中。