01|真实高负载场景:4000+ 样本单细胞蛋白质组学数据集
本研究采用 Aurora Rapid 8 cm × 75 µm XT column 与 trap column,配合 Thermo Scientific Vanquish Neo UHPLC 和 Thermo Scientific Orbitrap Astral MS,对 4000+ 样本单细胞蛋白质组学数据集进行分析。
为持续监控系统状态,本实验在每约 60 次单细胞样本运行后插入一次 HeLa tryptic peptide digest QC(50 pg),并使用 144 SPD 方法进行质量控制;整个队列共完成 63 次 QC 运行。
实验设计与系统配置:Aurora® Rapid™ 8×75 XT column、HeatSync™ Column Heater、Vanquish Neo LC 与 Orbitrap Astral MS。
02|高通量下的稳定检测:蛋白质组与肽段数量可靠稳定
在 144 SPD 方法下,HeLa 50 pg QC 运行于整个 4000+ 样本队列中保持稳定识别能力:每次运行持续鉴定超过 3,000 个 unique protein groups 和超过 15,000 条 unique peptides。
这意味着在高通量梯度和长周期使用条件下,色谱系统仍能维持较高灵敏度与识别能力,为大规模蛋白质组学数据采集提供稳定基础。
高通量识别能力:routine HeLa QC runs 在 4000+ 样本队列中持续获得稳定识别结果。
03|背压稳定:长周期运行中的柱稳定性关键指标
背压是评估纳流 LC 系统稳定性和色谱柱状态的重要指标。本实验通过提取 QC 运行中的 5 分钟背压值进行监测,结果显示在 4000 次进样过程中背压保持稳定。
稳定背压反映出 Aurora Rapid8×75 XT column 在长时间使用中的稳定性与耐用性,有助于降低长周期实验中的方法漂移风险。
背压稳定性:4000 次进样期间,QC 样本背压值保持一致。
04|保留时间稳定:增强大队列结果的可比性
对于大队列蛋白质组学,保留时间漂移越小,越有利于跨批次峰识别、定量比对和下游统计分析。本次实验监测了在所有 QC 运行中都可检出的 10 条代表性肽段。
结果显示,这些肽段在 4000 次连续进样中的保留时间保持高度一致,漂移较小,体现了色谱重复性对高可信结果的重要支撑。
保留时间稳定性:10 条代表性肽段在 4000 次进样中的保留时间表现稳定。
05|QC 重复性与窄峰宽:让定量更有信心
63 次 HeLa QC 的蛋白强度定量相关性矩阵显示,平均 Pearson 相关系数超过 0.99,表明 QC 注射之间具有高度一致的定量表现。
同时,FWHM 中位数保持稳定且峰宽较窄,说明峰形尖锐、重复性良好。这对于需要长期运行和可靠定量的大规模工作流尤为关键。
QC 重复性与峰宽表现:平均 Pearson 相关性 >0.99,FWHM 保持稳定。
06|方法概览:稳定性来自系统级优化
本文中的色谱分离在 Thermo Scientific Vanquish Neo UHPLC 系统上完成,Aurora Rapi 8 cm × 75 µm XT column 设定为 50 °C,并采用反向冲洗 trap-and-elute 配置。
质谱采集使用 Thermo Scientific Orbitrap Astral MS;原始数据由 Spectronaut 20.2 分析。该组合为高通量、长周期单细胞蛋白质组学实验提供了系统级稳定性验证。
方法与产品场景:Aurora® Rapid™ 8×75 XT 与 HeatSync™ 柱温系统。
结语|面向大规模、高通量与纵向研究的可靠选择
在 4000+ 次进样的长周期运行中,Aurora Rapid8×75 XT column 可持续保持稳定背压、保留时间和检测灵敏度,并在 QC 注射中呈现高度可重复的蛋白质定量结果。
这一表现对于需要长期运行、批次一致性和可靠定量的单细胞蛋白质组学、大队列研究及纵向项目具有重要意义。