Pathways 模块显示通路分析结果。iPathwayGuide 中包含的通路是 KEGG 通路。
左侧是双向通路图和树状图（有关树状图的详细信息，请参阅 GO 分析）。下表显示了按 p 值和基因计数 (DE/ALL) 排序的通路。默认情况下，未应用任何校正因子，但可以通过从绘图和表格之间的微调器中选择校正因子来应用 FDR 和 Bonferroni 校正因子。单击窗口右上角的“显示说明”标签，可以显示当前所选通路的说明。可以通过单击双向图中的点或单击表中的链接来选择通路。
1）通路点状图（pathway plot）
通路点状图显示了 iPathwayGuide 影响分析(Impact Analysis)的独特特征，它解释了通路上 DE 基因的过表达over-representation（富集，enrichment）和通路的拓扑结构。x 轴检测使用经典过表达分析 (pORA) 获得的 p 值。 y 轴表示从通路中的总扰动累积 (pAcc) 获得的 p 值。
每个点代表一个通路。每个点的大小表示通路上的基因数量。图正下方的表格显示了每个通路的组合全局 p 值。
2） 通路图解（Pathway Diagram）
默认情况下，通路图显示所选 KEGG 通路 (LogFC) 上每个基因的表达量变化，用该通路的实验数据做的视图。
可以使用图表右上角的单选按钮选择总累积（Total Accumulation）和总扰动（Total Perturbation）（倍数变化 + 总累积）。
“总累积”表示基于记录的基因之间的相互作用，（上游基因的）表达变化对下游基因的影响的传播。
而测得的 LogFC + 总累积（Total Accumulation）的总和， 是通路的总扰动（Total Perturbation）。
v 注意：当只输入基因 ID 时，通路图中的基因是绿色的，并且没有选择倍数变化、累积或扰动的选项。
Coherent Cascades ：单击单选按钮可以显示相干级联（Coherent Cascades）。相干级联也属于通路，代表基因表达数据和通路图一致（即通路图显示基因 A 抑制基因 B 并且数据与该状态一致）。这些相干级联可以作为系统中所有观察到和计算出的扰动的假定机制。
v 请注意，通路上的一些基因图标可能代表相关基因的复合体。将鼠标悬停在所需基因上会激活一个弹出窗口，其中包含复合体中包含的基因列表，颜色代表了倍数变化（log2FC）累积（accumulation），或总扰动（total perturbation）。
3）通路图标
请参阅下面的 KEGG 通路图符号图例。
有关如何读取 KEGG 通路图像的其他信息，请访问
https://www.genome.jp/kegg/document/help_pathway.html
4）差异表达通路基因
对于每个通路，您可以看到差异表达基因的表达变化， 和整体表达的箱线图。单击任何一个基因条都会将您直接带到选择该基因的基因选项卡，在相应的基因选项卡中继续探索感兴趣的基因背景。
5）通路详情（Pathway Details）
单击通路模块右上角的“+”号以打开通路详细信息数据。单击通路图右侧的任何按钮来获取有关该通路的详细信息。Pathway Details 包括：
5.1 ）双向图Two-Way Plot
在双向图中，y 轴表示每个基因的检测倍数变化(LogFC)，而 x 轴表示累积 (accumulation)。累积是基因从上游基因接收到的扰动。如果单击通路上的基因，它也会在双向图中突出显示。
红色显示的基因有累积和测量的倍数变化。蓝色显示的基因只测量倍数变化。绿色的基因只有累积。黄色的基因是勾选的基因， 其余未测量和没有积累的基因以黑色显示。
5.2）基因表
基因表包含所选通路的基因列表。表格显示基因符号，Entrez 基因 id，倍数变化，累积和总扰动。
可以通过单击标题对下表的每一列进行排序。可以使用表格顶部的搜索栏搜索单个基因，并通过左列或通路图中的复选框进行选择。选中标题中的复选框将仅显示选定的基因。
5.3） Bootstrap 分布
Bootstrap 分布显示了基于所选通路的观测数据的预期累积扰动值的分布（这张图上，均值 = 0，标准偏差 = 1）。2,000 次迭代用于构建分布。红线表示观测值在预期结果分布中的位置。离均值越远，观测值就越不可能是偶然的；远离平均值的值在统计上显著。
5.4）药物、miRNA、SNP
药物、miRNA 和 SNP 表列出了已知与所选通路上的基因有关的内容。选择基因过滤列表以显示仅与该基因相关的项目。单击复选框将突出显示通路中的目标基因。
单击名称将显示该项目的其他信息。 miRNA 和 SNP 都可以过滤。对于 SNP，默认过滤器仅显示经过验证且具有临床意义的 SNP。
6）参考文献
提供了所选通路的相关参考文献。可以通过在过滤器栏中输入术语来过滤这些参考文献。