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title: "7.1 iPathwayGuide上游调控分析-Genes"
author: "omicsolution"
account: "omicsolution"
published_at: "2024-10-19T23:01:47+08:00"
captured_at: "2026-08-27T10:51:44.902621+08:00"
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# 7.1 iPathwayGuide上游调控分析-Genes
在我们的三个上游调控分子分析（基因、化学物/毒物/药物、miRNA）中，我们根据差异基因，来预测可能在您的实验中活跃的因素。此信息可用于了解哪些上游分子可能会影响特定条件或表型，可用来解释您实验中的激活机制。这三种调控分子的方法不同，所以我们分别描述方法。

根据DE 基因的实验数据，iPathwayGuide 预测在您的实验中可能作为上游调控因子活跃的基因（例如，寻找哪些分子会导致观察到的靶基因的差异表达）。Gene Upstream Regulators 模块使用实验数据中的 DE 基因来生成两个新的假设：上游调控分子在实验中可能被激活或抑制。

以下部分包含在上游调控分子模块中：

·上游调控摘要

·基因细节

·差异表达的靶基因

·网络分析

·参考文献

![图片 1](images/001.png)

调控分子类型

iPathwayGuide 根据下游观察到的差异基因表达情况，来预测上游调控分子的激活和抑制。您可以通过从“Regulator type”下方的选项中进行选择，在激活和抑制的上游调控分子之间切换。选项是“预测为激活”和“预测为抑制”（或非激活）。

计数视图

![图片 2](images/002.png)

p 值视图

计数视图（Counts view）：“Counts view”是一个条形图，显示每个预测调控分子下游的“consistent DE target genes”的计数。单击其中一个条，将选择上游调控分子，将条的颜色从橙色或浅绿色变为黄色。默认情况下，上游调控分子按p 值（显著性）排序。

P值视图（P-value view）：“P-value view”将每个上游调控分子显示为一个点。x 轴位置是基于 Z 分数的 p 值的对数，而 y 轴位置是基于“consistent DE target genes”数量的过表达p 值的对数。每个点的大小代表每个调控分子的一致 DE 基因的数量。选定的上游调控分子显示为黄色。

在绘图下方，您可以选择要应用的p 值校正。默认情况下，选择 FDR 校正，但您也可以选择应用 Bonferroni 校正或不校正。

![图片 3](images/003.png)

![图片 4](images/004.png)

汇总图下方显示了一个列出上游调控分子的表格。从左到右，该表包括：

•基因符号（gene symbol）

•基因ID（Entrez）

•实验中检测的LogFC（L ogFC）

•实验中找到的上游调控分子的p 值校正（对于检测的任何基因）(adjpv)

•与假设（预测的激活或抑制上游调控分子）一致的靶标数量除以 D E靶标总数（c onsistent(+)/DE targets）

•DE靶标总数除以检测到的靶标总数(measured targets(DE/all))

•p 值(p-value)

默认情况下，上游调控分子从最低p 值到最高 p 值排序。您还可以按任何其他列排序。单击其中一个列标题旁边的箭头将根据该列顺序对表格排序。

基因详情

基因详细信息提供所选上游调控分子的特定信息，包括其标题、标识符、Symbol、别名和摘要。该信息与”Genes”模块中的信息相同。

差异表达的靶基因

差异表达的靶基因图显示了与假设（取决于你所选的调控分子类型）一致的DE靶标基因，以及来自实验的检测倍数变化(logFC)。根据与调控分子一致的 目标DE的数量，您可能需要向右或向左滚动表格以查看所有基因。单击基因的任何一个条形图都会将您带到基因选项卡以获取有关该基因的其他信息。

![图片 5](images/005.png)

参考文献

为选定的上游调控分子提供了相关的参考文献。可以通过在搜索栏中输入作者、关键字等来过滤这些参考文献。