在我们的三个上游调控分子分析（基因、化学物/毒物/药物、miRNA）中，我们根据 DE 基因的模式预测可能在您的实验中活跃的因素。此信息可用于了解哪些上游组件可能会影响特定条件或表型。这些关系也可能代表您实验中活跃机制的新假设。这三种调控分子的方法不同，所以我们分别描述方法。

根据实验性 DE 基因数据，iPathwayGuide 预测 CTD 可能在您的实验中作为上游调控因子活跃（例如，假设会导致观察到的目标基因 DE）。CTD 上游调控分子模块使用实验数据中的 DE 基因来生成两个新假设：实验中可能存在（丰富）或不存在（不足）的上游调控分子。

CTD 分析有 5 个关键部分：

• CTD摘要

• CTD详情

• 差异表达的靶基因

• 网络分析

• 参考文献

查看

在 CTD 摘要部分，您可以通过单击图形顶部的标签在三种不同的视图之间进行选择。

· 显示树状图（树状图的详细信息在 GO 分析部分）

· 显示计数——类似于 GO、Pathways 等模块中的内容。

· 显示 p 值——类似于 GO、Pathways 等模块中的内容。

化学物/毒物/药物详细信息提供了 CTD 的描述以及指向比较毒物基因组学数据库的链接，以获取有关所选 CTD 的更多信息。

差异表达的靶基因

差异表达的目标基因图显示了所选 CTD 的目标 DE 基因以及实验的logFC变化。根据与所选 miRNA 相关联的 目标DE的数量，您可能需要向右或向左滚动表格以查看所有内容。单击基因的任何一个条形图都会将您带到基因选项卡以获取有关该基因的其他信息。

参考文献

为选定的 miRNA 提供了相关的参考文献。可以通过在过滤器栏中输入术语来过滤这些参考文献。