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title: "8.1 在iPathwayGuide中构建网络"
author: "omicsolution"
account: "omicsolution"
published_at: "2025-02-23T00:41:10+08:00"
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# 8.1 在iPathwayGuide中构建网络
网络分析模块提供了选择感兴趣基因的工具，通过三步来构建基因集的互作网络。怎么构建？分三步。

第1步：根据单一类型的注释（例如GO Biological Process）选择基因

选择基因集的第一个选项是使用注释（例如GO 术语、KEGG 通路、miRNA 目标）来识别具有您感兴趣的注释的基因。

![图片 1](images/001.png)

当模块打开时，您的实验中最多500 个 DE 基因将显示在条形图上。

您可以通过单击任何注释右侧的+ 号从一种注释类型移动到另一种注释类型，或单击表格左侧该注释类型的图标。您可以通过单击顶部的图标“expand all” 展开所有注释类型。

您可以通过单击页面顶部的(x) 来“清除所有选择”。

单击感兴趣的注释的复选框，或使用文本框按名称搜索。您可以显示任何给定注释类型的树状图，以识别具有共同基因的术语家族。树状图的详细信息包含在GO 分析中。统计显著性标准可以设置为“No Correction”、“False Discovery Rate”、“Bonferroni”、“Elim Pruning”（GO）和“Weight Pruning”（GO）。

第2步：确定您感兴趣的基因组的下一步是使用基因表微调列表。

您可以通过单击复选框添加和删除基因。您可以仅显示DE 基因、所有检测的基因或所有基因（检测的和未检测的）。单击“仅显示所选”框以将表格限制为您选择的基因。在文本框中键入以查找特定基因。基因可以按 Log(Fold Change) 或 p 值排序。

第3 步

在步骤1 和 2 中选择的基因组可能足以理解您的实验数据。但是，基于您的假设的注释可能会提供对您的理解很重要的链接机制。您可以将链接机制注释添加到您的通过选择机制类型（GO生物过程、分子功能、细胞成分或化学物/毒物/药物）。

![图片 2](images/002.png)

单击“Build network”--构建网络绿色按钮，您的网络将被可视化。

![图片 3](images/003.png)