iPathwayGuideMeta分析,比较一系列相关实验中的共同和不同。该模块也非常适合跨组学技术集合(例如,来自表达、蛋白质组学数据集的实验数据)。

 

目前,iPathwayGuide 支持在单个META分析中分析多达 5 组比较,也就是说,如果用韦恩图表示,你可以看到5个圈的韦恩图

 

如何查看现成的Meta结果?如何开启新的分析? 这是我们今天要讲的内容。

 

1)如果已经完成了Meta分析,怎么看结果? 请从下拉菜单中选择 Meta analysis”。

Meta分析的默认视图是基因。维恩图显示了多组比较的共有和特有基因。选择”基因”选项卡,显示维恩每个区域的基因数量。选择其他选项卡会将视图跳转到改分析的类型(例如,选择 miRNA 选项卡将显示预测的 miRNA).


选择一个或多个区域会将结果列表过滤到该选择。


当在右侧分析具有多个注释基因的实体(例如通路)时,会提供有关所选实体的信息,包括注释基因的相对表达值,不同的颜色代表了相应的比较.。


Meta 分析允许对基因、miRNA、GO 术语、通路、上游调控分子和疾病的比较进行相对排名比较。选择维恩图下方右下角相应按钮View rank diagram”,将替换为分析中包含的比较之间结果的相对排名。

 

这可能有助于评估比较之间实体的相对重要性。 例如,在这个由三种乳腺癌类型(Her2、Liminal A和Triple Negative)组成的数据集中,我们可以看到这些类型之间的路径的相对排名。

 

单击列头,整个结果将以该列的比较排序

差异表达图显示了每个比较中至少有一个基因在倍数变化和P值方面显著,所选实体的基因表达值。如果某个特定的比较没有条形图,那么该基因在该比较中是不显著的。

 

点击条形图,会出现该特定基因的附加信息。

 

与所有其他页面一样,可以通过点击下载箭头导出图和表。


此按钮将带您进入Meta报告填写表格。在这里,您可以提供标题、描述并选择待分析的比较。


只有与购买的报告的比较才能包含在构建meta报告中。通过展开每个报告并选择所需的比较,最多选择 5个要包含的比较。

Meta报告与单一比较报告一起出现在您的仪表盘(Dashboard)中。