IonOpticks 的 Aurora Rapid 8×150 新品一体柱采用业内领先的 nanoZero®接口,实现高通量蛋白质组学即插即用轻而易举。Aurora Rapid8每天能够分析 50 到 100 多个样品,在联用Thermo Astral质谱仪时实现了卓越的肽段和蛋白质鉴定深度和稳定性。
本范例使用60SPD方法检测200ng HeLa标肽,对LC-MS性能和重现性进行每周质量控制(QC)。使用100 SPD 方法分析血浆样品,在两次 QC 进样之间运行大约 700 个血浆样品。
肽段和蛋白质的高通量分析:
用于LC-MS QC 的 HeLa 标肽用每天 60 个样品的方法进样和分离。该方法每次运行可重复鉴定超过 9300 种蛋白质,平均可鉴定 100000 种Unique肽。
图 1:多根色谱柱的蛋白质鉴定。使用Aurora Rapid 8 cm x 150 μm 色谱柱在Astral上,采用 60SPD 方法分离 HeLa 标肽 (200 ng)。
图2:不同色谱柱的肽段鉴定比较。使用Aurora Rapid 8 cm x 150 μm 色谱柱在Astral上,采用 60SPD 方法分离 HeLa 标肽(200 ng)。
跨多色谱柱具有高重现性
为了评估蛋白质定量在多个QC运行和色谱柱中的重现性,我们使用蛋白质强度来计算变异系数(CV)和Pearson相关矩阵,显示了极低的CV值。皮尔逊相关矩阵可视化进一步支持了这一点,显示出run之间的高度相关性(平均皮尔逊相关系数:0.98)。
图4:计算了来自257次QC进样的所有定量蛋白质强度的 Pearson 相关矩阵。
卓越的分离能力
下图显示了257次QC运行中极窄的半峰宽和稳定性。如此一致的性能表明色谱柱质量和优秀的重现性,这对于大队列分析非常重要。
图5:所有run的半峰宽:在Aurora Rapid 8 cm x 150 μm色谱柱上,从Hela标肽中鉴定出的所有肽的平均半峰宽(FWHM)
稳定的保留时间确保对结果的信心
通过散点图和直方图详细分析了保留时间的再现性,重点关注母离子保留时间的变化系数。散点图显示出高度的一致性,大多数数据点的CV值低于6%,CV中位数为2.52%,显示出母离子稳定的保留时间。此外,对16种选定肽进行的为期4个月的实验显示平均保留时间稳定,进一步证明了 IonOpticks 色谱柱的可靠性和精确度。
图 6:散点图和直方图分析了前驱体保留时间的变异系数:每个点代表所有 257 次 HeLa QC 运行中的单个母离子。该图显示,大多数数据点的CV值低于6%,中位CV为2.52,表明所有母离子的保留时间一致。
监控了16种肽在4个月内的平均保留时间
图7:4个月内稳定平均保留时间:在 Aurora Rapid 8 cm x 150 μm 色谱柱上选择16种肽,并评估其4个月内的平均保留时间。
总结
全新IonOpticks Aurora Rapid 8×150色谱柱实现了深度蛋白质和肽鉴定和高可靠性的大队列分析蛋白质定量稳定性。