DIA到底靠不靠谱，能不能替代各类传统蛋白质组定量方法？

2020年9月3日，易算客户中国科学院分子细胞科学卓越创新中心曾嵘研究组及其合作单位，在Cancer Cell在线发表题为Integrated Omics of Metastatic Colorectal Cancer 的研究论文再次为DIA技术背书。

该研究利用了Spectronaut独有的Hybrid DIA方法，结合DDA分级/单针和DirectDIA建库，共收集了165个DDA和564个DIA数据混合构建了包含11510个protein group的蛋白质谱图库，以及143个磷酸化DDA加519个磷酸化DIA样本构建了65851条磷酸化肽、9977个磷酸化蛋白质谱图库，并进一步DIA定量覆盖了8450个蛋白质Group和47786个磷酸化位点。平均每个样品定量成功6000个PG，20000个磷酸化位点。

在评价DIA定量可靠性的测试中，作者发现蛋白质和磷酸化DIA定量的技术重复CV为10%，而临床实际样品的蛋白质定量CV约为40%，磷酸化位点定量CV约为60%。

那么对于我们来说该研究可以借鉴的蛋白质组检测方法是怎样的呢？我们整理如下作为参考：

以上DIA定量检测技术路线并没有特别难以重现的步骤，我们一般实验室在严格要求采样条件，严谨进行样品制备，控制色谱质谱质量后均能能够自我独立完成。

而且本文的DIA定量结果也进一步证明了易算所大力推荐的DIA定量技术路线的可靠性。我们将该研究的蛋白质组水平定量结果和今年发表的另一篇非标记定量研究结果A进行了对比：

我们可以看到，虽然研究A定量到了多达11120个蛋白Group，但其50%样品可差异定量数量仅为5968个PG，同时可以看到每对样品定量蛋白也远远少于本文DIA的定量结果。因此DIA定量技术在定量重复性、稳定性上远远高于非标记定量，missing value比例远低于非标定量技术。从而大大降低了我们对临床样品进行分析的难度并使得我们的蛋白质组学结果能够更好的和其他组学进行对接。

易算生物针对临床大样本蛋白质组定量检测也推出了更易入门、更易实现的全套整合方案。

我们的核心思路是：