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title: "DIA 定量入门快速指南202102"
author: "沈诚频"
account: "沈诚频"
published_at: "2021-05-30T11:04:55+08:00"
captured_at: "2026-08-24T11:50:16.561004+08:00"
source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MTI5NDAzNg==&mid=100001615&idx=1&sn=558659136962946966ade480d79ff051&chksm=6a5dd5f45d2a5ce22779ae216f0fe32b9525485a94f7d927d8e61fa93834202e68352d7b400e#rd"
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# DIA 定量入门快速指南202102
![图片 1](images/001.png)

新年快乐

本文为初入DIA分析领域指南性说明。推荐初次尝试DIA定量或试用Spectronaut软件的研究者们参考。

![图片 2](images/002.png)

基础知识准备

以下内容为DIA/SWATH领域开创者Ruedi Aebersold教授2017年写的一篇入门指南的翻译，其中小部分内容在近年有所更新

DIA定量技术入门之一：DIA和SWATH-MS的“历史渊源”

DIA定量技术入门之二：SWATH-MS的“那些事”！

DIA定量技术入门之三：如何设计并建立SWATH-MS实验?

DIA定量技术入门之四：如何进行一次SWATH-MS检测?

DIA定量技术入门之五：数据分析算法介绍

若想系统性的了解DIA的各方面信息，您也可以在易算公众号中点击话题：

DIA蛋白质组学定量

来全面了解。

实验准备

DIA定量可以替代大多数常规定量方法，包括LFQ，TMT/TMTpro，ITRAQ；能够替代大多数翻译后修饰定量方法，但不适用于分子量非常小的修饰定量，如经过PNGase F酶切的糖基化位点分析，大多数分子量变化在30Da以上的修饰分析不受影响。

初次尝试建议选择常见样品以便于对比和排查可能的问题。

比如：Hela细胞，小鼠肝脏/脑，血浆等常见易获取或容易对比他人结果的样品。如果需要充分尝试如Spectronaut软件各方面分析结果形式，建议准备至少2个不同状态的样品，每个状态至少3个生物学重复，以便进行差异分析。请注意，在相对短梯度（<90分钟）的实验中，DIA方法仅用于定性也可以实现比DDA方法更好的结果，尤其是复杂样品。

PS: 如果需要测试用标品以及iRT标肽，可以和易算联系。

液相及质谱准备

目前可以较好支持DIA/SWATH技术的质谱包括Thermo Fisher的Q-E系列，Fusion系列及最新型号，Bruker的Timstof Pro，Sciex的Triple Tof 5600，6600系列等。microflow，nano液相均可，DIA实验对此的要求和LFQ类似，稳定、色谱峰宽适中（FWHM 5-15s均可）。

质谱窗口设置，点击阅读原文后我们整理了常用Thermo仪器的DIAmethod文件，针对常见复杂样品和FWHM 10s上下进行了优化。您可以直接下载进行测试。其中包括经典的基于MS2水平定量的方法和Thermo 2019年发布的HRMS1的DIA方法，该方法可以参考相应文献：

Combining Precursor and Fragment Information for Improved Detection of Differential Abundance in Data Independent Acquisition

10.1074/mcp.RA119.001705

如果您暂时还没有采集数据，可以下载Hela DIA RAW DEMO目录下的6个Thermo 480 DIA数据学习和测试。

在向易算申请了Spectronaut试用license并下载原文链接中的安装包后即可自行练习。

下载页面如下图所示

![图片 3](images/003.png)

![图片 4](images/004.png)

软件使用

可以进入易算公众号菜单，产品资讯，蛋白质组软件，找到spectronaut培训视频或者上图中下载使用手册学习。

如果还有进一步问题，就直接和我们联系吧！

祝您变得更强！