若想系统性的了解DIA的各方面信息，您也可以在易算公众号中点击话题：

来全面了解。

实验准备

DIA定量可以替代大多数常规定量方法，包括LFQ，TMT/TMTpro，ITRAQ；能够替代大多数翻译后修饰定量方法，但不适用于分子量非常小的修饰定量，如经过PNGase F酶切的糖基化位点分析，大多数分子量变化在30Da以上的修饰分析不受影响。

初次尝试建议选择常见样品以便于对比和排查可能的问题。

比如：Hela细胞，小鼠肝脏/脑，血浆等常见易获取或容易对比他人结果的样品。如果需要充分尝试如Spectronaut软件各方面分析结果形式，建议准备至少2个不同状态的样品，每个状态至少3个生物学重复，以便进行差异分析。请注意，在相对短梯度（<90分钟）的实验中，DIA方法仅用于定性也可以实现比DDA方法更好的结果，尤其是复杂样品。

PS: 如果需要测试用标品以及iRT标肽，可以和易算联系。

液相及质谱准备

目前可以较好支持DIA/SWATH技术的质谱包括Thermo Fisher的Q-E系列，Fusion系列及最新型号，Bruker的Timstof Pro，Sciex的Triple Tof 5600，6600系列等。microflow，nano液相均可，DIA实验对此的要求和LFQ类似，稳定、色谱峰宽适中（FWHM 5-15s均可）。

质谱窗口设置，点击阅读原文后我们整理了常用Thermo仪器的DIAmethod文件，针对常见复杂样品和FWHM 10s上下进行了优化。您可以直接下载进行测试。其中包括经典的基于MS2水平定量的方法和Thermo 2019年发布的HRMS1的DIA方法，该方法可以参考相应文献：

Combining Precursor and Fragment Information for Improved Detection of Differential Abundance in Data Independent Acquisition

10.1074/mcp.RA119.001705

如果您暂时还没有采集数据，可以下载Hela DIA RAW DEMO目录下的6个Thermo 480 DIA数据学习和测试。

在向易算申请了Spectronaut试用license并下载原文链接中的安装包后即可自行练习。

下载页面如下图所示

软件使用

可以进入易算公众号菜单，产品资讯，蛋白质组软件，找到spectronaut培训视频或者上图中下载使用手册学习。

如果还有进一步问题，就直接和我们联系吧！

祝您变得更强！