本文为初入DIA分析领域指南性说明。推荐初次尝试DIA定量或试用Spectronaut软件的研究者们参考。
以下内容为DIA/SWATH领域开创者Ruedi Aebersold教授2017年写的一篇入门指南的翻译，其中小部分内容在近年有所更新
DIA定量技术入门之一：DIA和SWATH-MS的“历史渊源”若想系统性的了解DIA的各方面信息，您也可以在易算公众号中点击话题：
DIA蛋白质组学定量来全面了解。
DIA定量可以替代大多数常规定量方法，包括LFQ，TMT/TMTpro，ITRAQ；能够替代大多数翻译后修饰定量方法，但不适用于分子量非常小的修饰定量，如经过PNGase F酶切的糖基化位点分析，大多数分子量变化在30Da以上的修饰分析不受影响。
初次尝试建议选择常见样品以便于对比和排查可能的问题。
比如：Hela细胞，小鼠肝脏/脑，血浆等常见易获取或容易对比他人结果的样品。如果需要充分尝试如Spectronaut软件各方面分析结果形式，建议准备至少2个不同状态的样品，每个状态至少3个生物学重复，以便进行差异分析。请注意，在相对短梯度（<90分钟）的实验中，DIA方法仅用于定性也可以实现比DDA方法更好的结果，尤其是复杂样品。
PS: 如果需要测试用标品以及iRT标肽，可以和易算联系。
目前可以较好支持DIA/SWATH技术的质谱包括Thermo Fisher的Q-E系列，Fusion系列及最新型号，Bruker的Timstof Pro，Sciex的Triple Tof 5600，6600系列等。microflow，nano液相均可，DIA实验对此的要求和LFQ类似，稳定、色谱峰宽适中（FWHM 5-15s均可）。
质谱窗口设置，点击阅读原文后我们整理了常用Thermo仪器的DIAmethod文件，针对常见复杂样品和FWHM 10s上下进行了优化。您可以直接下载进行测试。其中包括经典的基于MS2水平定量的方法和Thermo 2019年发布的HRMS1的DIA方法，该方法可以参考相应文献：
Combining Precursor and Fragment Information for Improved Detection of Differential Abundance in Data Independent Acquisition
10.1074/mcp.RA119.001705
如果您暂时还没有采集数据，可以下载Hela DIA RAW DEMO目录下的6个Thermo 480 DIA数据学习和测试。
在向易算申请了Spectronaut试用license并下载原文链接中的安装包后即可自行练习。
下载页面如下图所示