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title: "IPA-功能疾病分析简介"
author: "omicsolution"
account: "omicsolution"
published_at: "2023-03-11T16:19:01+08:00"
captured_at: "2026-08-24T11:50:16.380086+08:00"
source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MTI5NDAzNg==&mid=100001916&idx=1&sn=cb10e5a792e331fb13c9a5d5386878f8&chksm=6a5ddac75d2a53d145e3e800e66e915a448f06b464bf9a70ad503c0adba1dd18038935b1a3cf#rd"
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# IPA-功能疾病分析简介
1说明

该模块分析差异蛋白参与调控的生物功能/毒理功能及作用效应。p-value和z-score算法原理如下：

![图片 1](images/001.png)

因此：我们首先认为z-score>2或<-2且p<1 e-5的结果是有显著意义的。其次p特别小或者z值略小于2或大于-2如1.9这样的结果也是有一定意义可以考虑作为备选分析对象。

2结果内容

l结果表格

l柱状总结图

l效应热图

3结果Function相关表格

![图片 2](images/002.png)

l参数说明：

C ategory：功能大类名称；p-Value：该功能显著性评估，越低表明越相关，通常是个范围，因为一类功能里的不同详细子类pvalue会有所差异；Molecules：可能被调控的靶基因列表及对应数量。

l（另外，很多生物功能与分子对应关系并不一定有表达量调控的关系或者该关系的量的调控还未被发现，那么IPA会将其归类为Affected，同样，IPA给出了所有功能被Affected的结果列表，用p-Value显著性评估展示。）

4柱状总结图

![图片 3](images/003.png)

l上图为统计柱状图。

5效应聚类热图

![图片 4](images/004.png)

l IPA可以将各个大类及其子类的z-score用橙色、蓝色代替，p-value用方块大小代替进行聚类图展示。

l各个小长方形代表子类功能，从属于大类功能的子类共同组成一个大长方形。如左上角C ell-to-cell signaling and interaction为大类功能，我们可以初步判断在该实验中大部分相关功能均发生抑制（蓝色越深代表对应小类功能越抑制）

6功能互作网络（手动）

l对于一个或多个感兴趣的功能/疾病，IPA可以生成对应互作网络图，并支持额外注释信息修改。

![图片 5](images/005.png)

7相应网络文献判别证据及其文献总结（手动）

相应网络均可以提供背景证据：

![图片 6](images/006.png)

提交数据集8个基因与已报道的结果一致。基于以上发现IPA预测该功能在本数据集中被抑制概率较高，z-score为-2.284分；Prediction列能看到IPA预测该基因与已知结果的结论，如F 2的下调与已知激活formation of focal adhesions现象相反，IPA预测其诱导该功能抑制。右侧Increase(1)表明有1篇相关文献报道了该发现。来源文献是：

THROMBIN [product of F2]protein increases assembly of focal adhesions from vascular smooth muscle cells.

10079099

Ishida T, Ishida M, Suero J, Takahashi M, Berk BC. Agonist-stimulated cytoskeletal reorganization and signal transduction at focal adhesions in vascular smooth muscle cells require c-Src. J Clin Invest. 1999 Mar;103(6):789-97.