1 分子节点

IPA图形结果中各个基因、蛋白、小分子均以不同的形状代表其分子类型，方便我们快速了解该分子的特性。

其中需要特别注意的是同心形状，上图中的第一个同心圆代表该分子来自于复合物或者蛋白家族，如果其他形状分子也有同心的情况，则可以类推为相应分子类型的多个分子组成的复合物或者家族。

2 相互作用类型

A relationship with an X over it indicates that the interaction does not occur. These relationships are only used in Disease pathways to indicate an interaction

that would normally happen in the absence of the disease, but does not happen in the disease context.

An arrow pointing from A to B signifies different actions for different circumstances, as described below:

For signaling pathways:

An arrow pointing from A to B signifies that A causes B to be activated (includes any direct interaction: e.g. binding, phosphorylation, dephosphorylation, etc).

For metabolic pathways:

An arrow pointing from A to B signifies that B is produced from A.

For ligands/receptors:

An arrow pointing from a ligand to a receptor signifies that the ligand binds the receptor and subsequently leads to activation of the receptor. This binding

event does not necessarily directly activate the receptor; activation of the receptor could be caused by events secondary to the ligand/receptor binding

event.

在网络图、通路图中，各个分子节点之间的连线代表了两者相互作用的类型和方向。

实线和虚线代表相关发现的证据类型，direct interaction表明A\B分子间的作用由酵母双杂交、免疫共沉淀等可以证明直接物理相互接触的实验方法所发现，虚线说明A\B间的关系属于非直接作用，比如仅仅存在逻辑上的隶属关系或者相关发现来自于如PCR、共表达组学实验等间接证据。

3 颜色

IPA中不同颜色均有其具体意义，参照以上官方说明。其中最主要需要您熟悉掌握并理解的是两对颜色：

红色：绿色。在任何图中只有节点才会有该两种颜色，其颜色来源于您提供的定量组学数据，在数据中定义为上调、激活、高表达的分子IPA将其渲染为红色，颜色越深表明其上调倍数在整个上传的数据集中上调排名越靠前；绿色相应代表的是下调、抑制、低表达的含义。换句话说红色绿色一定是来自于客户自己的数据，和数据库无关。

橙色和蓝色，在节点和相互作用连线都会出现，再加上黄色和灰色连线，其代表的是IPA将实验数据和其知识库中文献数据对比后得到的结论。我们可以将这个分析过程简单类比为开会投票。蓝色、橙色的节点我们可以理解为议题，其颜色代表的是投票的结果，连线颜色代表的是所连接的另一端分子投票情况。我们以下图为例：

橙色节点Metabolism of protein为议题，结果是赞成其activated。连线指向的另一端的所有分子均为我们所分析的数据集中与该议题相关的分子，这些分子颜色是实验检测到的上下调信息。连线颜色则代表的是橙色：赞成议题（激活），灰色：弃权（已有信息无法判断该分子能否激活或抑制metabolism of protein）；由于该议题在我们看到这张图时已经有了结论，也就是赞成该功能激活，因此黄色连线就是代表所有投反对票（反对激活，认为其应该受到抑制）的结果，由于结论已经是激活的，所以所有无法推出该结论的连线均标注为黄色以示区分（去掉所有橙色连线及其分子后，该图其实就会自动转换换色为蓝色连线，因为反对该分子激活的分子就占了多数了），下图就是对应了反过来的例子：