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title: "IPA-network分析简介"
author: "omicsolution"
account: "omicsolution"
published_at: "2023-03-11T16:19:21+08:00"
captured_at: "2026-08-24T11:50:16.386084+08:00"
source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MTI5NDAzNg==&mid=100001907&idx=1&sn=cf9cf1d36d6268995d7e0458fafd1915&chksm=6a5ddac85d2a53deff56718a893b3b880e1703ca7e4fcfe23ca5f14b8f4a2d4a722ed28fee93#rd"
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# IPA-network分析简介
1说明

该模块分析差异蛋白或富集蛋白中可能相互作用网络，分析原理如下：

l将所有差异蛋白按照功能分类；

l聚焦于“种子”分子

l聚焦于和“种子”分子有密切互作的相关分子，并构建互作网络

l然后加入数据集中的非焦点分子

l加入Ingenuity 数据库中其他互作分子

![图片 1](images/001.png)

l对结果Networks进行打分排序

l Networks结果中可能包含较小的但有特定功能的网络。构建子网络可能会有较高的重要性。

l较大的细胞网络可能会因为预设网络规模太小导致被分割成多个网络。使用合并网络功能可以看到完整的大网络。

l Networks应该视作为“初始通路”，您在我们的帮助下根据自己研究的重点或对这些生物学功能的理解对网络进行修改。

2结果内容

l结果表格

l互作网络图（手动）

3结果举例

![图片 2](images/002.png)

l参数说明：Molecules in Network列出所有网络分子，其中红色箭头标识提交数据集中上调分子；绿色为下调分子；而细体的分子为IPA预测的可能存在相互作用的潜在未发现分子；Score为该网络富集度高低打分，一般大于30分认为该网络较为可信；Focus Molecules为参与该网络构建分子数量，IPA提供35, 70, 140个分子三种规模的相互作用网络分析，如您的数据集中在互作蛋白研究上，那么可以对这些参数进行修改优化以便得到更精确的网络；Top Functions为构建该相互作用网络的主要生物功能；

4互作网络图

l各个网络的互作网络图均可以根据需要进行输出,默认输出3 0分以上的网络，图中虚线连接的蛋白间作用为未经相互作用实验确证发生物理结合，而实线链接的蛋白为经过实验确证有物理相互接触的蛋白。

![图片 3](images/003.png)