IPA进一步可以将转录调控因子的各个子网络所可能发挥的生物学功能进行聚类，找出共同的调控子-功能网络。原理如下：A参与的调控子-功能网络引入更多相似功能的调控子并将虽然有互作，但下游调控的生物学功能不一致的结果去除。

结果如下图示例

请注意，不是次实验数据都能够有此类分析结果，在差异基因数量较少或者结果相关性较差的情况下，本功能可能无法得出可信结果