--- title: "Matthias Mann带货，Spectronaut16重装上阵，挑战单针10000蛋白，30000磷酸化位点" author: "omicsolution" account: "omicsolution" published_at: "2022-06-07T23:32:55+08:00" captured_at: "2026-08-26T17:46:27.513346+08:00" source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s/rF3L0RmxqlQKbdpfekojsA" --- # Matthias Mann带货，Spectronaut16重装上阵，挑战单针10000蛋白，30000磷酸化位点 每年的ASMS都是质谱界的盛宴，我们也得加班加点的为大家带来最前沿的行业进展。不过首先，我们第一时间为大家带来期待已久的Spectronaut 16更新介绍。还在维保期的同仁们尽快更新，如果已经过了维保，也不用担心，联系我们获得更新测试，助你下定决心升级维保。 ![图片 1](images/001.png) 本期内容包括： - 更新介绍 - ASMS用户会议介绍 - Mann基于Spectronaut16最新蛋白质组和磷酸化蛋白质组结果（单针30000磷酸化位点） - 我司实际测试（单针逼近10000蛋白） 更新介绍 鉴定数量提升 - 新引入的机器学习方法有效提升鉴定量 - directDIA算法相对SN15提升最多17%母离子和10%protein groups - library DIA分析相对SN15提升最多25%母离子和15%protein groups - 新的directDIA流程可以直接嵌入library结果提升鉴定结果 ![图片 2](images/002.png) 在大量的不同类型样品、不同类型仪器的测试中，SN16均实现相对SN15结果的显著提升，并且其严谨的FDR控制算法确保增加的结果真实可靠。 ![图片 3](images/003.png) 无论是FAIMS还是DIAPASEF数据，Spectronaut16在不同梯度，尤其是超高通量分析中均比同类软件实现更好的结果。 ![图片 4](images/004.png) 另一个我们关注的重点领域是血浆DIA定量领域，Spectronaut16着重加强了血液蛋白定量的精确性，在3物种混合定量测试中（Human depleted Plasma 1:1, E. coli 1:0.4, S. cerevisiae 1:1.3），SN16不仅比SN15显著提升了定量蛋白数量，同时也大大提升了正确定量蛋白的数量。 - Pulsar搜索引擎： - 提升30%的directDIA和DDA检索速度 （35个DDA分级，HF X 60分钟梯度磷酸化STY+氧化可变修饰建库检索仅需3小时完成。（Intel Xeon 8272 26核，128GB内存）） - 改进机器学习和打分算法 - 深度学习算法增强 - 加入DeepXIC打分模型提升鉴定效率 - 全新Deep PSM打分模型提升spectrum centric分析效果 全新Post Analysis模块功能 - Ranked protein模块增加了定量的蛋白在不同样品中的分位数信息 - PCA图中加入主成分贡献条形图 ![图片 5](images/005.png) ![图片 6](images/006.png) 改进用户体验和可视化内容 - 参数设定界面更清晰合理 - 默认的定量q-value sparse参数被全新“Use Background Signal”替换 - Grid view界面增加按照实验分组区分的箱型图 - 增加质量偏差分布图 - 增加DIA采集方法可视化图 - 改进数据完整性可视化图，更容易展示有多少蛋白质，母离子在多少%的样品中被共同定量 ![图片 7](images/007.png) - library界面增加离子淌度1/k0分布图 - library界面右键导出增加肽段和母离子列表功能 新功能directDIA直接联用谱图库分析介绍 ASMS2022用户会议介绍 ![图片 8](images/008.png) Jesper V. Olsen教授将为我们带来题目为A Novel Hybrid-DIA Acquisition Strategy Combines Targeted and Discovery Proteomics的报告。Olsen课题组在Orbitrap Exploris 480上采用了一种新的混合DIA采集策略，用于细胞信号通路的同步靶向和发现式磷酸化蛋白质组学。混合 DIA 策略通过利用基于480开发的API将靶向和发现蛋白质组学的最佳效能结合，以动态插入DIA扫描，并准确触发预设的（磷酸化）肽靶标。混合 DIA 工作流程可实现标准 DIA 采集，同时分析 MS1 扫描中重标记（磷酸）肽的标记，然后触发重标记/内源性肽对的多重 （MSX） 靶向定量扫描。该策略可确保所选磷酸肽靶标的精确定量信息，同时在每个样品中仅进行一次MS运行即可分析全局磷酸化蛋白组。通过分析在不同激酶抑制剂存在下用EGF刺激的HeLa细胞磷酸蛋白质组，同时靶向列表中的>130条磷酸肽，评估它们从完整磷酸蛋白质组中提取定量信息的潜力，将杂交DIA与SureQuant和常规DIA进行基准测试。结果证明了结合靶向和发现蛋白质组学的力量，以最大化从磷酸化蛋白质组学实验中获得的信息，这在有限量的样品不允许多次MS运行的实验环境中具有高度相关性。 刘延盛教授为了了解哺乳动物细胞中蛋白质型重排和进化的分子基础，测量了对应的蛋白质组和磷酸蛋白质组。在本次报告中，刘教授将主要讨论如何利用DIA-MS和Spectronaut等尖端软件解决方案来分析两个有趣的生物学问题。首先是如何揭示控制十一个物种的哺乳动物细胞蛋白质型多样性和共同进化的定量原则。第二个是磷酸化蛋白质组学-DIA如何揭示结直肠癌细胞对广泛处方的抗糖尿病药物反应的异质性。 Mann基于Spectronaut16最新蛋白质组和磷酸化蛋白质组结果 在Matthias Mann最新发表的预印本文章：Rapid and in-depth coverage of the (phospho-)proteome with deep libraries and optimal window design for dia-PASEF 中向我们展示了最新版本Spectronaut在分析蛋白质组和磷酸化蛋白质组结果。 ![图片 9](images/009.png) 基于Mann开发的最新diAID优化DIA-PASEF方法，EvoSep 11分钟梯度实现了6285个PG，21分钟梯度实现了7285个PG的超高定量深度，并且进一步在肽段/母离子水平实现了相对于DIA-NN 28%的提升。 ![图片 10](images/010.png) 磷酸化蛋白质组结果进一步展示了Spectronaut16的惊人性能。在21分钟短梯度磷酸化DIA-PASEF定量得到超过30000个磷酸化位点以及6 0000种磷酸化肽。 该结果是短梯度磷酸化DIA定量的新一个高峰，已经远超过我们平时常用的长梯度定量及同类软件分析的结果。 我司实际测试 更新完毕软件后，我们加班加点通宵测试，为大家分享下初步的实际样品测试结果。 测试1：人肺组织 Exploris480 DIA分析，样品建库分级8frac，单针90分钟FAIMS双电压，其余均默认最严参数 结果：提升平均20%左右，单针接近9000蛋白。 ![图片 11](images/011.png) 测试2：小鼠器官 timsTOF Pro2，单针60分钟DIA-PASEF分析，其余均为默认最严参数 结果：汇总了17个器官后，总定量12582个蛋白，单一器官定量5339~9539个蛋白。相对于DIA-NN（开启mbr）有15%~70%提升。证明在复杂大队列样品中Spectronaut16的机器学习能力有着惊人的表现。 实验方法： - Ionopticks Aurora 3 全新一代色谱柱 - Mann的首选，PreOmics iST与Spectronaut强强联手打造DIA最佳上下游方案 ![图片 12](images/012.png) Spectronaut16与DIA-NN1.8 蛋白定量数对比 ![图片 13](images/013.png) 定量聚类高度一致 ![图片 14](images/014.png) 定量热图 测试3：牛血清 timsTOF Pro2 DIA-PASEF分析，单针60分钟，其余均为默认最严参数 结果：提升平均20%左右，胎牛血清去除高丰度前后提升300%定量蛋白数。 实验方法：易肽DeeP低丰度蛋白富集试剂盒 ![图片 15](images/015.png) 测试4：Hela timsTOF Pro2 DIA-PASEF分析，单针30分钟 ![图片 16](images/016.png) 从初步测试结果来看，新版本Spectronaut16对于目前主流质谱以及新的FAIMS,PASEF模式均能够实现大幅提升。 我们后续将为您持续更新测试结果以及ASMS2022其余精彩内容 欢迎继续关注我们给您带来的最新蛋白质组解决方案。 上海易算生物科技有限公司 转载请注明出处 若有任何疑问，欢迎邮件或来电咨询： marketing@omicsolution.com support@omicsolution.com +86-18221381405