Matthias Mann带货，Spectronaut16重装上阵，挑战单针10000蛋白，30000磷酸化位点

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每年的ASMS都是质谱界的盛宴，我们也得加班加点的为大家带来最前沿的行业进展。不过首先，我们第一时间为大家带来期待已久的Spectronaut 16更新介绍。还在维保期的同仁们尽快更新，如果已经过了维保，也不用担心，联系我们获得更新测试，助你下定决心升级维保。

本期内容包括：

更新介绍
ASMS用户会议介绍
Mann基于Spectronaut16最新蛋白质组和磷酸化蛋白质组结果（单针30000磷酸化位点）
我司实际测试（单针逼近10000蛋白）

更新介绍

鉴定数量提升

新引入的机器学习方法有效提升鉴定量

directDIA算法相对SN15提升最多17%母离子和10%protein groups
library DIA分析相对SN15提升最多25%母离子和15%protein groups
新的directDIA流程可以直接嵌入library结果提升鉴定结果

在大量的不同类型样品、不同类型仪器的测试中，SN16均实现相对SN15结果的显著提升，并且其严谨的FDR控制算法确保增加的结果真实可靠。

无论是FAIMS还是DIAPASEF数据，Spectronaut16在不同梯度，尤其是超高通量分析中均比同类软件实现更好的结果。
另一个我们关注的重点领域是血浆DIA定量领域，Spectronaut16着重加强了血液蛋白定量的精确性，在3物种混合定量测试中（Human depleted Plasma 1:1, E. coli 1:0.4, S. cerevisiae 1:1.3），SN16不仅比SN15显著提升了定量蛋白数量，同时也大大提升了正确定量蛋白的数量。

Pulsar搜索引擎：

提升30%的directDIA和DDA检索速度
（35个DDA分级，HFX 60分钟梯度磷酸化STY+氧化可变修饰建库检索仅需3小时完成。（Intel Xeon 8272 26核，128GB内存））
改进机器学习和打分算法

深度学习算法增强

加入DeepXIC打分模型提升鉴定效率
全新Deep PSM打分模型提升spectrum centric分析效果

全新Post Analysis模块功能

Ranked protein模块增加了定量的蛋白在不同样品中的分位数信息
PCA图中加入主成分贡献条形图

改进用户体验和可视化内容

参数设定界面更清晰合理
默认的定量q-value sparse参数被全新“Use Background Signal”替换
Grid view界面增加按照实验分组区分的箱型图
增加质量偏差分布图
增加DIA采集方法可视化图
改进数据完整性可视化图，更容易展示有多少蛋白质，母离子在多少%的样品中被共同定量
library界面增加离子淌度1/k0分布图
library界面右键导出增加肽段和母离子列表功能

新功能directDIA直接联用谱图库分析介绍

ASMS2022用户会议介绍

Jesper V. Olsen教授将为我们带来题目为A Novel Hybrid-DIA Acquisition Strategy Combines Targeted and Discovery Proteomics的报告。Olsen课题组在Orbitrap Exploris 480上采用了一种新的混合DIA采集策略，用于细胞信号通路的同步靶向和发现式磷酸化蛋白质组学。混合 DIA 策略通过利用基于480开发的API将靶向和发现蛋白质组学的最佳效能结合，以动态插入DIA扫描，并准确触发预设的（磷酸化）肽靶标。混合 DIA 工作流程可实现标准 DIA 采集，同时分析 MS1 扫描中重标记（磷酸）肽的标记，然后触发重标记/内源性肽对的多重（MSX）靶向定量扫描。该策略可确保所选磷酸肽靶标的精确定量信息，同时在每个样品中仅进行一次MS运行即可分析全局磷酸化蛋白组。通过分析在不同激酶抑制剂存在下用EGF刺激的HeLa细胞磷酸蛋白质组，同时靶向列表中的>130条磷酸肽，评估它们从完整磷酸蛋白质组中提取定量信息的潜力，将杂交DIA与SureQuant和常规DIA进行基准测试。结果证明了结合靶向和发现蛋白质组学的力量，以最大化从磷酸化蛋白质组学实验中获得的信息，这在有限量的样品不允许多次MS运行的实验环境中具有高度相关性。

刘延盛教授为了了解哺乳动物细胞中蛋白质型重排和进化的分子基础，测量了对应的蛋白质组和磷酸蛋白质组。在本次报告中，刘教授将主要讨论如何利用DIA-MS和Spectronaut等尖端软件解决方案来分析两个有趣的生物学问题。首先是如何揭示控制十一个物种的哺乳动物细胞蛋白质型多样性和共同进化的定量原则。第二个是磷酸化蛋白质组学-DIA如何揭示结直肠癌细胞对广泛处方的抗糖尿病药物反应的异质性。

Mann基于Spectronaut16最新蛋白质组和磷酸化蛋白质组结果

在Matthias Mann最新发表的预印本文章：Rapid and in-depth coverage of the (phospho-)proteome with deep libraries and optimal window design for dia-PASEF 中向我们展示了最新版本Spectronaut在分析蛋白质组和磷酸化蛋白质组结果。