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title: "OGP-复旦大学构建最大O-糖蛋白数据库"
author: "omicsolution"
account: "omicsolution"
published_at: "2021-04-17T09:47:06+08:00"
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# OGP-复旦大学构建最大O-糖蛋白数据库
OGP-复旦构建最大O-糖蛋白数据库

糖基化修饰是最广泛、最复杂、最重要的蛋白质翻译后修饰之一，在炎症反应、代谢异常、肿瘤发生发展和转移等生理和病理过程中都扮演着重要的角色。其中O-糖基化一直是研究的热点和难点。近年来随着O-糖蛋白鉴定技术的进步，特别是随着质谱检测技术的发展，产生了大量O-糖蛋白数据。然而，相应的O-糖蛋白数据库远远落后于已产生的数据，不利于有效的数据挖掘和检索。可以说，O-糖蛋白数据库的缺乏极大地阻碍了O-糖基化研究的发展。因此，急需一个O-糖基化数据库，提供全面的蛋白质O-糖基化信息，如蛋白序列、位点特异性O-糖链信息以及分析方法。这将有助于O-糖基化的研究。

复旦大学杨芃原,曹纬倩团队在Genomics Proteomics Bioinformatics（I F=7.1）的题为“OGP: A Repository of Experimentally Characterized O-Glycoproteins to Facilitate Studies on O-Glycosylation”的O-糖基化蛋白质数据库论文，该研究基于记录的位点数据，开发了一个O-糖基化位点预测工具并建立了基于OGP数据库和该预测工具的网站(http://www.oglyp.org/)。

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数据库介绍

O-glycoprotein repository （OGP）通过筛选、整合1998年至2018年SCI文献中经实验验证的O-糖蛋白数据和其它现有O-糖蛋白数据库而构建。OGP数据库包含蛋白序列、糖基化位点和位点特异性糖链等信息；此外用户还可方便的从检索结果中获得相应的文献来源和实验信息，如样品来源、酶解和富集策略、以及分析方法。数据库中记录的所有糖蛋白都可以快速地链接到该蛋白所在UniProt页面上，获得额外的信息。数据库规模与概况见下图。

![图片 1](images/001.png)

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O-糖基化位点预测

由于O-糖基化过程非常复杂，因此预测糖基化规律充满挑战。在本工作中，作者利用OGP数据库中记录的位点数据，基于随机森林算法建立了O-糖基化潜在位点预测模型。十折交叉验证表明，该预测模型可达91.5%的准确度。

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数据库网站界面

基于OGP的网站包括四个主要模块：统计分析、数据搜索、位点预测、数据提交。该网站的主页如下图所示。

![图片 2](images/002.png)

OGP是迄今为止收录规模最大、收录信息最详细的O-糖蛋白数据库。利用该网站可以有效地进行O-糖基化数据检索和挖掘，极大地方便了O-糖基化的研究。该数据库的规模和内容也将在OGP数据库的后续版本中不断扩展。目前，用户可从OGP网站自由下载基础版的OGP数据信息，包括所有O-糖蛋白和相应的O-糖基化位点。如果用户需要完整的数据库数据，可以通过电子邮件申请。申请方法点击原文链接

该工作受到了国家重点研发计划和国家自然科学基金委项目的资助；并受到复旦大学生物医学研究院公共技术平台蛋白质组学和生物信息学子平台的大力支持。

本文全文见 doi.org/10.1016/j.gpb.2020.05.003

易算生物与曹纬倩团队将深度合作推进糖基化技术的普及和应用。后续将进一步完善OGP数据库并整合入现有的易算云平台方便用户更好的使用和往下游深入分析O糖基化数据。

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