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title: "OmicSolution Fasta Tool (v2025) 用户操作手册"
author: "gemini3"
account: "gemini3"
published_at: "2025-12-22T16:18:31+08:00"
captured_at: "2026-08-26T17:13:27.062264+08:00"
source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s/cbmu_El3NiZElOLz43MKYg"
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# OmicSolution Fasta Tool (v2025) 用户操作手册
1. 系统准备与启动

在开始之前，请确保您的运行环境满足以下条件：

●环境：Windows 系统。准备好您的spectronaut license，需要激活软件用。

●网络：若需使用 UniProt 在线注释功能，请保持较高速的U niProt网站互联网连接，否则谨慎点击。

●依赖：若需进行 Spectronaut 格式转换，需本地拥有 Spectronaut 安装目录下的 DLL 文件（v20.3+）。

2. 核心工作流详解

第一步：数据导入与基础设置 (Input & Settings)

启动程序后，主界面分为上下两部分。此步骤旨在加载原始数据并指定结果存储位置。

操作指南：

1.FASTA File: 点击 `Browse...` 选择您的 `.fasta` 或 `.fa` 序列文件。

2.Output Dir: 点击 `Select Dir...` 选择分析结果和临时文件的输出目录（建议为空文件夹）。

3.Start Analysis: 设置完成后，点击此按钮开始初步解析。

![图片 1](images/001.png)

第二步：解析规则智能匹配 (Rule Selection)

点击“Start Analysis”后，系统会自动扫描文件头（Header），并弹出一个规则选择窗口。这是本工具的智能核心，确保元数据（Accession, Gene 等）被正确提取。

操作指南：

1.Rule Match Overview: 观察列表中的规则。

*绿色 (Perfect)：匹配率 100%，推荐选择。

*黄色 (Partial)：部分匹配。

*红色 (Not Recommended)：匹配率低。

2.Preview: 点击下方 `✅ Success Examples` 标签页，检查 Accession, Description, Gene 等字段是否提取正确。

3.Confirm: 选中最佳规则，点击 `Confirm & Apply` 进入高级分析面板。

![图片 2](images/002.png)

![图片 3](images/003.png)

第三步：高级分析面板 - 全库浏览 (Advanced Analysis - Full DB)

进入高级分析面板，默认为"1. All Sequences"标签页。这里展示了 FASTA 文件的全貌。

功能模块：

●Search (DB): 在顶部输入框输入蛋白 ID 或描述关键词，点击 `Search` 进行全库过滤。

●分页控制: 底部提供翻页功能（Prev/Next），可调整 `Page Size` (如 20/50/100) 以优化浏览体验。

●序列详情 (右侧面板):

* 单击列表中任一蛋白，右侧将显示完整序列。

*Mode 选择: 下拉菜单提供多种着色模式。例如选择"Enzyme"模式，可直观看到 Trypsin 酶切位点（绿色）和 Proline 阻断位点（红色）。

![图片 4](images/004.png)

![图片 5](images/005.png)

序列可视化切换

第四步：候选列表筛选与管理 (Candidate Management)

在实际研究中，我们往往只关注特定的几十或几百个蛋白。此模块用于构建您的“关注列表”。

操作指南：

1.添加候选: 在 "1. All Sequences" 列表中选中感兴趣的蛋白（支持按住 Ctrl/Shift 多选），并可反复查询添加到一起分析，点击顶部 `⬇ Add Selected to Candidates`。

2.管理候选: 切换到"2. Candidate List"标签页，查看已选蛋白。如需移除，选中后点击 `✖ Remove Selected`。

![图片 6](images/006.png)

第五步：理化性质计算与 UniProt 深度注释 (Calc & Enrichment)

这是本工具最强大的分析功能，将简单的序列转化为丰富的数据表。

功能说明：

●针对候选列表 (推荐): 在 Candidate List 页面，点击 `▶ Calculate & Export Candidates`。

* 系统会询问是否开启 UniProt 联网查询。选择 `Yes` 后，系统将自动抓取Function（功能）、Subcellular Location（亚细胞定位）等信息。tip：分析过程可能会跳回主窗口，请自行点击后台窗口切回浏览界面。

*结果: 生成包含 MW, pI, GRAVY 及 UniProt 注释的 CSV 文件。

●针对全库 (慎用): 点击顶部 `Export Full DB` 仅导出理化性质；或点击 `C alculate&e x p o r t Full DB + UniProt Info` 导出全量注释（数据量大时耗时较长）。

![图片 7](images/007.png)

![图片 8](images/008.png)

![图片 9](images/009.png)

也可以导入之前注释的表格重新可视化

![图片 10](images/010.png)

第六步：数据可视化 (Visualization)

数据不再是枯燥的数字，通过图表直观展示分布规律。

操作指南：

1. 在 Candidate List 或全库操作区，点击 `Visualize Candidates` 或 `Full DB Charts`。

2.选择图表类型:

*基础指标: 分子量 (MW)、等电点 (pI)、亲/疏水性 (GRAVY) 分布直方图。

*生物学分类: Subcellular Location（Top 10 定位统计）、Keywords（关键词云统计）。

点击S ave all charts则自动保存所有图片到导出目录

![图片 11](images/011.png)

![图片 12](images/012.png)

U n i P r o t包含这两类信息的情况

![图片 13](images/013.png)

导出结果表格，单蛋白J S O N注释放在cache目录下，可复用

![图片 14](images/014.png)

表格内容和软件中一致。

第七步：Spectronaut 格式转换 (Spectronaut Conversion)

完成分析后，如果需要进行 DIA 建库，可使用此模块生成标准输入文件。

操作指南：

1. 回到主界面"2. Spectronaut Conversion"区域。

2.DLL Path: 点击 `Browse DLL`，定位到 Spectronaut 安装目录下的核心 DLL 文件（通常需 v20.3 以上版本）。

3.Run Conversion: 点击按钮。

* 工具会自动生成 JSON 格式的 Parsing Rule。

* 调用底层接口完成转换，在输出目录生成 `_SpectronautParsed` 文件夹。

3. 常见问题 (Tips)

●Q: 为什么 UniProt 查询速度慢？

* A: 首次查询需要访问欧洲服务器。工具内置了缓存机制，同一 Accession 第二次查询时将瞬间完成。

●Q: 文件太大（>250k 序列）怎么办？

* A: 为保证性能，工具会自动禁用全库实时预览，但仍支持全库理化性质的后台计算与导出。

●Q: 找不到 DLL 文件？

* A: 请在 Spectronaut 安装根目录（Program Files）下查找，确保安装的是完整版软件。