--- title: "PEAKS 20周年更新 Xpro带来全新FAIMS数据分析算法" author: "" account: "" published_at: "2020-10-26T19:02:13+08:00" captured_at: "2026-08-24T11:50:16.802853+08:00" source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MTI5NDAzNg==&mid=100001167&idx=1&sn=3436ec6f1879e7e227a05c72b6422e08&chksm=6a5dd7345d2a5e22756b551e7af7ddfe244aee06169b2b0bdbf45250594ecfcddeb58d5347c5#rd" --- # PEAKS 20周年更新 Xpro带来全新FAIMS数据分析算法 PEAKS团队今年迎来了其20周年，进入中国也有10年了，让我们来看下最新Xpro 版本的更新内容吧。 - 完整支持各品牌质谱的离子淌度数据 - 谱图库检索功能支持 DIA, FAIMS DIA, SWATH和 diaPASEF - 新增谱图库浏览及编辑功能，支持第三方谱图库 - LFQ改进缺失值填充功能 - SILAC定量功能改进 - Peaks Studio和Online算法同步 - 详情请关注官方系列培训讲座，点击原文链接可直达报名链接。 另外PEAKS团队也发布了其在FAIMS数据分析中的最新研究进展： 首先让我们大致了解下什么是FAIMS - FAIMS (high-Field Asymmetric waveform Ion Mobility Spectrometry高磁场非对称波形离子淌度质谱)，能够基于离子在气相中的离子淌度差异进行分离。 - 离子在两块同心平行的电极间由载气捕获。在靠内部的电极上加上一个高频波形（DV)，外部电极作为接地就能捕获离子了。 ![图片 1](images/001.png) - 接着在电极上加上补偿电压compensation voltage (CV)来抵消DV的影响使得特定离子能够穿过FAIMS装置进入质谱 - 不同的补偿电压 CVs可以让不同的离子穿过FAIMS进入MS - 不同CV带来的一个直观效果就是能够分离不同电荷的离子 - 因此不同CV可以作为一维额外的分离，使得同一批进入质谱的肽段变得相对简单，从而提高鉴定效果。 ![图片 2](images/002.png) PEAKS对4D FAIMS数据的支持情况 PEAKS X PRO STUDIO 和PEAKS Online目前均完整支持FAIMS 4D数据： - FAIMS DDA - FAIMS DIA - FAIMS SILAC - FAIMS TMT - 多种补偿电压数据 对于FAIMS数据，PEAKS进行一系列特殊优化 FAIMS 算法特色 应用场景/具体功能 独立的CV组合到一起 提高分辨率和特征峰检测效果 每个MS/MS谱图对应多个Feature 提高蛋白定性深度 平行样品4D谱峰对齐 不同CV检测到的同一肽段信号强度进行加和提高定量精度 对于TMT，混合谱图将不进行定量 提高TMT定量准确性 FAIMS数据的提升情况比较 我们用了Pfammatter S. et al的数据进行了no-FAIMS和FAIMS，以及新旧版本PEAKS分析的对比 ![图片 3](images/003.png) ![图片 4](images/004.png) ![图片 5](images/005.png) 可以看到新版本的PEAKS X Pro在FAIMS数据的分析上得到了显著的提升。开启FAIMS也能够大大提升鉴定效果 新版本PEAKS X PRO和Online结果一致性比较 在新版本中我们致力于将Studio和Online的数据处理结果尽可能保持一致。 ![图片 6](images/006.png) 从上图可以看到，绝大多数鉴定结果在两款软件中是一摸一样的。 ![图片 7](images/007.png) 非标定量FAIMS的数据已实现了高度一致性和非常低的变异系数。 PEAKS 分析FAIMS DIA数据结果 我们进一步用Hela样本进行了FAIMS DIA采集，电压为-50 -70CV。并对比了谱图库检索和Direct DIA检索结果。 ![图片 8](images/008.png) 在新版本PEAKS STUDIO X PRO中提供了一套谱图库信息查看界面，支持PEAKS, OPENMS和Spectronaut谱图库。 PEAKS 分析FAIMS TMT,磷酸化数据 FAIMS能够降低谱图复杂度，必然能够提高翻译后修饰分析和TMT分析的效果 ![图片 9](images/009.png) 我们分析了TMT标记的磷酸化数据，可以看到2和3CV条件下的磷酸化肽段定量得到了最佳的结果。 如有您进一步咨询需求和采购意向。 欢迎和我们联系 www.omicsolution.com 若有任何疑问，欢迎邮件或来电咨询： marketing@omicsolution.com support@omicsolution.com +86-18221381405