PEAKS团队今年迎来了其20周年,进入中国也有10年了,让我们来看下最新Xpro 版本的更新内容吧。

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另外PEAKS团队也发布了其在FAIMS数据分析中的最新研究进展:

首先让我们大致了解下什么是FAIMS


PEAKS对4D FAIMS数据的支持情况
PEAKS X PRO STUDIO 和PEAKS Online目前均完整支持FAIMS 4D数据:

对于FAIMS数据,PEAKS进行一系列特殊优化

FAIMS 算法特色
应用场景/具体功能
独立的CV组合到一起
提高分辨率和特征峰检测效果
每个MS/MS谱图对应多个Feature
提高蛋白定性深度
平行样品4D谱峰对齐
不同CV检测到的同一肽段信号强度进行加和提高定量精度
对于TMT,混合谱图将不进行定量
提高TMT定量准确性

FAIMS数据的提升情况比较
我们用了Pfammatter S. et al的数据进行了no-FAIMS和FAIMS,以及新旧版本PEAKS分析的对比

可以看到新版本的PEAKS X Pro在FAIMS数据的分析上得到了显著的提升。开启FAIMS也能够大大提升鉴定效果


新版本PEAKS X PRO和Online结果一致性比较
在新版本中我们致力于将Studio和Online的数据处理结果尽可能保持一致。

从上图可以看到,绝大多数鉴定结果在两款软件中是一摸一样的。


非标定量FAIMS的数据已实现了高度一致性和非常低的变异系数。

PEAKS 分析FAIMS DIA数据结果
我们进一步用Hela样本进行了FAIMS DIA采集,电压为-50 -70CV。并对比了谱图库检索和Direct DIA检索结果。
在新版本PEAKS STUDIO X PRO中提供了一套谱图库信息查看界面,支持PEAKS, OPENMS和Spectronaut谱图库。


PEAKS 分析FAIMS TMT,磷酸化数据
FAIMS能够降低谱图复杂度,必然能够提高翻译后修饰分析和TMT分析的效果
我们分析了TMT标记的磷酸化数据,可以看到2和3CV条件下的磷酸化肽段定量得到了最佳的结果。


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