PEAKS团队今年迎来了其20周年,进入中国也有10年了,让我们来看下最新Xpro 版本的更新内容吧。

  • 完整支持各品牌质谱的离子淌度数据

  • 谱图库检索功能支持 DIA, FAIMS DIA, SWATH和 diaPASEF 

  • 新增谱图库浏览及编辑功能,支持第三方谱图库

  • LFQ改进缺失值填充功能

  • SILAC定量功能改进

  • Peaks Studio和Online算法同步


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视频内容请通过页面中的“核对公众号原文”观看。


另外PEAKS团队也发布了其在FAIMS数据分析中的最新研究进展:

首先让我们大致了解下什么是FAIMS

  • FAIMS (high-Field Asymmetric waveform Ion Mobility Spectrometry高磁场非对称波形离子淌度质谱),能够基于离子在气相中的离子淌度差异进行分离。


  • 离子在两块同心平行的电极间由载气捕获。在靠内部的电极上加上一个高频波形(DV),外部电极作为接地就能捕获离子了。


  • 接着在电极上加上补偿电压compensation voltage (CV)来抵消DV的影响使得特定离子能够穿过FAIMS装置进入质谱

  • 不同的补偿电压 CVs可以让不同的离子穿过FAIMS进入MS

  • 不同CV带来的一个直观效果就是能够分离不同电荷的离子

  • 因此不同CV可以作为一维额外的分离,使得同一批进入质谱的肽段变得相对简单,从而提高鉴定效果。

PEAKS对4D FAIMS数据的支持情况
PEAKS X PRO STUDIO 和PEAKS Online目前均完整支持FAIMS 4D数据:
  • FAIMS DDA

  • FAIMS DIA

  • FAIMS SILAC

  • FAIMS TMT

  • 多种补偿电压数据

对于FAIMS数据,PEAKS进行一系列特殊优化

FAIMS 算法特色
应用场景/具体功能
独立的CV组合到一起
提高分辨率和特征峰检测效果
每个MS/MS谱图对应多个Feature
提高蛋白定性深度
平行样品4D谱峰对齐
不同CV检测到的同一肽段信号强度进行加和提高定量精度
对于TMT,混合谱图将不进行定量
提高TMT定量准确性

FAIMS数据的提升情况比较
我们用了Pfammatter S. et al的数据进行了no-FAIMS和FAIMS,以及新旧版本PEAKS分析的对比

可以看到新版本的PEAKS X Pro在FAIMS数据的分析上得到了显著的提升。开启FAIMS也能够大大提升鉴定效果


新版本PEAKS X PRO和Online结果一致性比较
在新版本中我们致力于将Studio和Online的数据处理结果尽可能保持一致。

从上图可以看到,绝大多数鉴定结果在两款软件中是一摸一样的。


非标定量FAIMS的数据已实现了高度一致性和非常低的变异系数。

PEAKS 分析FAIMS DIA数据结果
我们进一步用Hela样本进行了FAIMS DIA采集,电压为-50 -70CV。并对比了谱图库检索和Direct DIA检索结果。
在新版本PEAKS STUDIO X PRO中提供了一套谱图库信息查看界面,支持PEAKS, OPENMS和Spectronaut谱图库。


PEAKS 分析FAIMS TMT,磷酸化数据
FAIMS能够降低谱图复杂度,必然能够提高翻译后修饰分析和TMT分析的效果
我们分析了TMT标记的磷酸化数据,可以看到2和3CV条件下的磷酸化肽段定量得到了最佳的结果。


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