PEAKS团队今年迎来了其20周年,进入中国也有10年了,让我们来看下最新Xpro 版本的更新内容吧。
完整支持各品牌质谱的离子淌度数据
谱图库检索功能支持 DIA, FAIMS DIA, SWATH和 diaPASEF
新增谱图库浏览及编辑功能,支持第三方谱图库
LFQ改进缺失值填充功能
SILAC定量功能改进
Peaks Studio和Online算法同步
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FAIMS (high-Field Asymmetric waveform Ion Mobility Spectrometry高磁场非对称波形离子淌度质谱),能够基于离子在气相中的离子淌度差异进行分离。
离子在两块同心平行的电极间由载气捕获。在靠内部的电极上加上一个高频波形(DV),外部电极作为接地就能捕获离子了。

接着在电极上加上补偿电压compensation voltage (CV)来抵消DV的影响使得特定离子能够穿过FAIMS装置进入质谱
不同的补偿电压 CVs可以让不同的离子穿过FAIMS进入MS
不同CV带来的一个直观效果就是能够分离不同电荷的离子
因此不同CV可以作为一维额外的分离,使得同一批进入质谱的肽段变得相对简单,从而提高鉴定效果。

FAIMS DDA
FAIMS DIA
FAIMS SILAC
FAIMS TMT
多种补偿电压数据
对于FAIMS数据,PEAKS进行一系列特殊优化
| FAIMS 算法特色 | 应用场景/具体功能 |
| 独立的CV组合到一起 | 提高分辨率和特征峰检测效果 |
| 每个MS/MS谱图对应多个Feature | 提高蛋白定性深度 |
| 平行样品4D谱峰对齐 | 不同CV检测到的同一肽段信号强度进行加和提高定量精度 |
| 对于TMT,混合谱图将不进行定量 | 提高TMT定量准确性 |



可以看到新版本的PEAKS X Pro在FAIMS数据的分析上得到了显著的提升。开启FAIMS也能够大大提升鉴定效果



