PEAKS® GlycanFinder 3.0 是一款具有糖结构分辨的，用于深入分析基于LC-MS/MS数据的糖蛋白质组学和糖组学的综合性软件。
整合糖蛋白组和糖组学的解决方案-完整糖肽和游离糖的定性定量。
具备结构分辨的N糖谱和O糖谱深度表征-优化的糖组学和糖蛋白组的可信糖结构分析。支持多O聚糖检索，新增谱图配对功能，提升糖肽鉴定的可信度。New！
新增InChorus功能支持跨软件结果比对-整合外部软件糖肽鉴定结果，可视化呈现共识结果与独特糖肽，支持直观筛选与导出。New！
糖基化位点全面剖析-通过多酶联合酶解实现糖基化位点的全景表征。
准确而灵活的发现和靶向定量方法-支持非标记和标记完整糖肽定量，新版本增加PRM靶向定量方法。
糖的从头测序-发现新的糖。
Glycan Network-破译功能性糖基的关联
仪器商中立-支持Orbitrap, timsTOF和zenoTOF数据
交互式可视化和报告导出-优化的图形用户界面（GUI），方便用户实现一系列验证、数据查看和导出结果的需求。
对于糖蛋白质组，PEAKS® GlycanFinder提供两个工作流来对N糖和O糖基化肽段进行定性和定量分析。Glycan Site Profiling工作流用于分析糖基化位点，结果可汇总展示多酶切质谱数据各自鉴定到的肽段。Glycan Sample Profiling工作流用于糖蛋白、糖肽和非糖肽水平的非标记和标记定量分析。
图1 完整糖肽分析工作流
为了确保糖蛋白组的更深入覆盖，Glycan Site Profiling工作流提供了位点异质性的详细视图，揭示了每个糖基化位点上不同糖型的分布和丰度。通过PEAKS特有的整合多个酶切样本的质谱数据，全面揭示每个糖基化位点的糖谱，提升可信度。
图2. 完整蛋白覆盖视图和糖型比例分布图
此外，PEAKS® GlycanFinder使用Charge Lookup策略提升糖肽定量分析的重现性，即使有些Feature存在MS2谱图缺失，也能确保所有检测到的糖肽Feature参与计算。
图3. Charge Lookup
为实现糖肽鉴定的最优性能，GlycanFinder整合了针对不同碎裂方法训练优化的算法，并兼容多种质谱平台。下图展示了GlycanFinder在来自不同仪器上对 IgG 中同一种糖肽的鉴定与注释结果。
来自不同仪器上对 IgG 中同一种糖肽的鉴定与注释结果
New! 在GlycanFinder 3.0中, 借助 EAD 碎裂开展的糖肽鉴定效果得到显著提升！针对EAD和EAciD碎裂方式，可通过利用y/b和c/z离子实现增强评分，从而提高检测灵敏度。
New!全面提升结构鉴定的可信度和灵敏度，糖肽鉴定结果中会给出GPSMs(glyco spectrum-peptide matches)的糖链结构置信度等级，这个置信度基于肽段和糖链的鉴定质量综合计算。用户可以根据这些置信度等级灵活地筛选糖肽。
完整糖肽数据库搜索现已支持自定义每条糖肽上O糖的位点数，最多可设置5个，实现准确的复杂糖肽鉴定和糖基化位点定位。
新增HCD-pd-EThcD混合谱数据分析，可实现糖链结构与糖基化位点的高置信度鉴定。GlycanFinder 3.0可分别显示同一条糖肽的HCD和EThcD的注释谱图，便于用户直观解析鉴定结果。
PEAKS® GlycanFinder 提供全面的糖组学分析方案，用于表征具有多种修饰的糖肽以及游离糖，以解决聚糖修饰带来的分析挑战。
在糖蛋白质组学研究中，不同分析软件对糖肽的鉴定结果往往存在差异，这会导致注释结果不一致或模糊不清。GlycanFinder 3.0全新的InChorus功能可以整合多个搜索软件的糖肽鉴定结果，在用户友好的界面中清晰展示共有和各自的糖肽鉴定结果。InChorus可自动提取其他搜库软件的数据，在单张谱水平上直观展示每个PSM的重叠情况，并提供直观的筛选和导出选项，用户能够更清晰地获得更高置信度的分析结果。
Glycan Sample Profiling工作流可以进行完整糖肽和糖蛋白的可靠鉴定和定量，支持非标记和报告离子定量方法。
>非标记定量（LFQ）：基于不同样本中肽段特征峰的相对丰度进行定量，并通过Match Between Runs对不同样本中同一肽段的特征峰进行匹配。
图4. Feature view of LFQ
>报告离子定量（RIQ）：基于不同标签产生的报告离子信号强度实现相对定量，支持商业化试剂iTRAQ/TMT或用户自定义标签。
图5. 报告离子定量的糖肽视图
用户可以通过PEAKS® GlycanFinder的Released Glycan Sample Profiling工作流将糖组和糖蛋白质组学串联起来，软件内置一些常见聚糖的修饰，也支持用户自定义，并可以进行游离糖的报告离子定量分析。
PEAKS® GlycanFinder支持糖基修饰和加合离子分析，以及糖的crossing ring碎片离子注释，因此使得糖谱注释和鉴定更加准确。
图6. 含Na加合物的游离糖鉴定
图7. 带有修饰的糖链鉴定
报告离子定量使得游离糖的定量更加准确，提升了糖定量的灵敏性和重现性，为不同样本间糖的组成和含量变化研究提供更加可靠的数据支持。同时，也可以设置糖链上的其他修饰基团。
图8. Released Glycan的RIQ结果
PRM 工作流可实现糖肽的靶向定量分析，根据用户自定义的transition list，提供目标糖肽的定量结果和MS2谱图注释。
图9. 糖肽靶向定量结果
Glycan Network展示了各种糖型之间的关联，每条边连接的两个糖之间仅有一个糖单元组成不同，因此可将具有共同核心结构的、末端不同的糖全面可视化。使用户能够清晰观察各糖链从共同核心结构向外延伸的糖基化分支模式。
图10.聚糖网络图
GlycanFinder特有功能
糖基化结构特异性 s-score
糖肽上的相关聚糖被赋予s-score（%），这表明在聚糖数据库中匹配的聚糖结构的置信度。
图11. 镜像图展示排名前二的聚糖候选
聚糖从头测序
当糖肽谱无法与数据库匹配时，PEAKS GlycanFinder将执行N-聚糖的从头测序。这可以帮助用户找到数据库中没有考虑到的其他聚糖结构。
PEAKS® GlycanFinder是一款具有糖结构分辨率的，用于深入分析的糖蛋白质组学和糖组学的综合性软件。PEAKS® GlycanFinder 3.0整合了完整糖肽和游离糖的分析方法，从LC-MS/MS数据中分析糖蛋白，并利用深度学习算法解决糖基化位点和聚糖结构的不确定性问题。PEAKS® GlycanFinder将peptide-based和glycan-based两个策略结合，并整合了聚糖从头测序技术，有助于加强N-link和O-link的定性和定量分析，从而对糖蛋白质组进行高可信度的全面分析。