亲爱的用户,PEAKS Studio 8.5已在2017年8月9日隆重推出,如您在2016年8月9日后购买使用了PEAKS Studio 8.0,可直接进行更新,下载地址详情请查看公司主页:

http://www.omicsolution.com/index.php/peaks/peaks-8-5/

您可以访问以下地址观看PEAKS STUDIO 8.5的更新专题视频:

http://www.bilibili.com/video/av13291952/



BSI(www.bioinfor.com)是世界领先的生物信息软件和服务公司,位于加拿大享有“硅谷”之称的安大略省滑铁卢市。在过去的十六年里,BSI为迅猛发展的基因组学,蛋白质组学和生物技术行业提供了世界领先的算法和软件解决方案及质谱分析服务。BSI的串联质谱数据分析平台PEAKS在质谱分析界保持技术和市场的领先地位。目前BSI的产品和服务在全球范围内拥有上千家用户,包括多家最著名生物制药公司,生命科学研究机构,标准化组织,以及哈佛,麻省理工,牛津,剑桥等著名大学。BSI拥有向制药和生物技术公司提供服务的许可和证明,其宗旨是全力为生物研究特别是生物制药行业提供完整的生物信息软件平台和咨询服务。


上海易算生物科技有限公司致力于蛋白质组学新技术、新方法在中国的推广和实践,是BSI的合作伙伴之一,目前代理BSI公司的抗体蛋白全长测序服务及相关软件。

更多信息请查看:http://www.omicsolution.com/index.php/antibodysequencing/


PEAKS STUDIO 8.5

新功能介绍


1
SILAC定量功能增强
  • 基于新的 SILAC pair feature detection 和 alignment 算法*,我们提升了SILAC定量的精确度和灵敏度

  • 加入比值为中心的定量方法 (如 super-SILAC)

  • 多组差异比较 (如时间序列定量)

  • 增加更多统计方法:

    • Paired t-test 用于两样本间比较分析*

    • Welch’s ANOVA 用于多组比较分析*

*  相关定量算法具体介绍请查阅:http://www.omicsolution.com/index.php/peaks/quantification-algorithms/


图1:PEAKS SILAC 定量结果与MaxQuant相当


2
Label Free定量功能改进
  • 自动选择丰度最强的前三名unique peptides进行LFQ

  • 增加LFQ定量精度:

    • 排除发生可变修饰的肽段*

    • 排除冗余肽段

  • 肽段列表中也提供了基于肽段水平的定量结果

  • 增加样本聚类和相关性视图

*  若鉴定结果里面存在一个没有修饰的肽段A,同时也存在一个有修饰的肽段A,这两个肽段不用于定量。如果只存在一个没有修饰的A或者是一个有修饰的A,这种情况下A会被拿来做定量分析。



图2:非标定量功能改进


3
PTM 分析功能改进

增加如下PTM分析功能:

  • 基于鉴定结果的PTM定量分析(图3): 多样本PTM比较;修饰和未修饰的MS2谱图比较

  • 基于定量分析节骨偶的PTM定量分析(图4): 基于A-score或峰强度过滤的可信PTM定量结果展示;基于蛋白水平归一化;PTM位点聚类;修饰肽及特征峰细节展示




图3:基于鉴定结果的PTM定量分析



图4:基于定量分析结果的PTM定量分析


4
分析结果比较界面改进

PEAKS Studio 8.5在鉴定结果中自动提供半定量分析数据(或者说丰度信息)。丰度信息包括spectral counting和MS1峰面积。


5
新增对EThcD数据分析的支持

分利用EThcD碎片信息增加肽段定性结果可靠性



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OmicSolution

Omicsolution致力于蛋白质组学新技术、新方法在中国的推广和实践。我们团队成员拥有超过10年的蛋白质组学信息技术、仪器技术和实验技术经验。与赛默飞世尔蛋白质组学团队紧密合作,为国内蛋白质组学实验室快速吸收、发展国际先进软硬件技术保驾护航。


同时我们拥有行业最先进的Thermo Scientific™ Q Exactive™质谱仪,Orbitrap Fusion™ Tribrid™质谱仪等分析平台,可满足客户的不同需求。


目前我们的团队成员来自于复旦大学蛋白质组学中心、中科院上海生命科学研究院等院校机构,从2005年起就从事蛋白质组学及信息学研究,我们的技术团队经验丰富、创新进取,紧跟学术界最新发展。


更多蛋白质组学技术信息请参阅我们的官方网站:

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