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title: "SpectroMine功能升级历史（截止24.05）"
author: "omicsolution"
account: "omicsolution"
published_at: "2024-09-17T17:34:38+08:00"
captured_at: "2026-08-27T10:51:43.793585+08:00"
source_url: "https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI2MTI5NDAzNg==&mid=2247495105&idx=1&sn=b1eade1d234b5c42efffe87c61b4c9bd&chksm=ea5e3f7add29b66cdcf45e59a3642487d12654eaa8ae69292f600a13f6d9fb74402cbd6328a5#rd"
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# SpectroMine功能升级历史（截止24.05）
![图片 1](images/001.png)

[小更新 4.5.240625.52329]

- 修复了安装程序将 Spectromine 更新到错误版本的问题

[小更新 4.5.240404.52329］

- 修复了机器学习分数标准化的问题

[小更新 4.4.231122.52329］

- 修复了 DDApasef 数据的 FWHM 计算问题

[小更新 4.3.231110.52329］

- 修正了某些情况下的软件激活问题

[小更新 4.3.231018.52329］

- 修复了离线激活问题

[次要更新 4.2.230428.52329］

- 修复了许可证过期时系统启动崩溃的问题

[更新 4.1.230328.52329］

- 修复了高 DPI 系统中罕见的启动问题

- 修复 PTM 位点报告中的 PTM.Multiplicity 问题

- 对齐 PAP 鉴定图和报告列中报告的蛋白质组 (R.ProteinGroupIdentified)

- 修正了羟脯氨酸修饰的定义

- 修正了无法用相同搜索设置分析不同运行的错误

- 修正了在分析过程中尝试修改搜索设置时的崩溃问题

[SpectroMine 4 - 发行说明］

新功能

- DDA 数据搜索速度提高 40%

- 打开搜索档案的速度提高 30%

- 现在始终执行基于 MS1 的无标记定量

- 同胞 SILAC 通道定量

- 改进的 MS1 定量

- 在分析视角中浏览 MS1 XIC 图的速度大大加快

[更新 3.2.220222.52329］

- 修正了 PTM 与蛋白质组折叠变化图中使用错误比率值的错误

- 修正了 MS3 ILQ 实验中诊断峰检测的问题和崩溃现象

- 提高了在 MS2 Iontrap 数据上进行 DDA 搜索的稳健性

[更新 3.1.220117.52329］

- 删除了报告列名中的空格（“R.ResolutionEmpirical(MS1)”、“R.ResolutionEmpirical(MS2)”、“R.ResolutionEmpirical(MS3)”）。- 重命名报告列（“R.MS3 Used” > “R.IsMS3Used”)

- 添加了新的报告列（“PG.UniprotIdsUnique”、“PG.ProteinDescriptionsUnique”、"PEP.IsGeneSpecific）- 已添加对 “仅基因特异性 ”多肽过滤的量化支持

- 当取消选择 TopN 进行数量计算时，修正了汇总分数报告中的错误- 修复了肽前体级同位素数量报告（“PP.IsotopicQuantity”）中的错误[SpectroMine 3 - 发行说明］要查看所有更改，请访问此处：

https://biognosys.com/content/uploads/2021/11/SpectroMine3_ReleaseNotes.pdf

新功能

Pulsar 数据库搜索引擎- 免疫肽组学和多种修饰搜索速度提高 70%

- 标准搜索速度提高 25%

- 使用 Pulsar 提高了大型蛋白质数据库（> 2 GB）的性能

精确定量

- 改进了定量的默认设置

- 改进了 TMTpro 的杂质校正

- 改进了 turboTMT 支持 - 新的基于 MaxLFQ 的蛋白质定量 - 新的 TMTpro 18 复合物支持

全面的 PTM 分析 - 位点折叠计算 - 位点调控分析

- 新的 PTM 位点报告

改进免疫肽组学支持

- 免疫肽组学数据处理速度提高 50%

- 对已识别的 n-mers 进行分子图可视化

改进的深度学习增强功能

- 在文库生成过程中预测离子迁移率（1/K0）

- 改进非特异性肽段预测

新的分析后视角功能- 新增 PCA 分析

- 新增火山图自定义选择

- 新的基于运行的概览节点（每个通道的鉴定、肽段长度分布、肽基图和 ILQ NA 比率图）

- 新的馏分汇总节点（定量概述）- 新的 PTM 分析节点（基于 PTM 位点的差异分析图）

改进的用户体验和可视化- 改进的蛋白质覆盖图

- 支持 PTM- 多肽工具提示和高亮显示

- 可分离的视角和图谱，实现并排可视化

- 改进了图谱和树形过滤器选择

- 分析视角的快速操作栏

- 改进了带有可操作链接的警告信息

- 改进了分析日志的用户界面

改进的报告视角

- 分析分馏实验时新增分馏摘要报告

- 执行 PTM 定位时新增 PTM 位点级报告

[更新 2.8.210609.47784］

- 修正了更改 FASTA 文件中的蛋白质顺序会导致不同搜索结果的问题

- 改进大型 FASTA 文件的内存

- 在运行和实验级别添加了反映已使用搜索次数的列（“R.NumberOfSearches”、“E.TotalNumberOfSearches”）。

[更新 2.7.210226.47784］

- 为 MCP 提交添加了运行级别列（“R.AveragePPMToleranceMS1”、"R.AveragePPMToleranceMS2）

- 修复了 SpectroMine 在搜索 TMT Pro 数据时卡住的问题

[更新 2.6.210114.47784］

- 大幅提高了 TMTPro 报告离子匹配算法的性能

- 修复了非特定搜索校准参数的错误

- 用于创建搜索归档的 SpectroMine 版本现在会保存到归档中

[更新 2.5.201125.47784］

- 提高了搜索档案的加载性能- 修复了 PSM FDR 中大型搜索的内存泄漏问题

[更新 2.4.201022.47784］

- 改进报告列悬停

[更新 2.3.200924.47784］

- 修正终端修改的特异性

[更新 2.2.200909.47784］- 将搜索 PASEF 数据的速度最多提高 30

- 改进了片段丢失的 EASI-tag 定量方法

- 改进了 MS1 特征检测

- 修正了定量修饰的修饰特异性

[更新 2.1.200828.47784］

- 修正了 MS2 定量

[SpectroMine 2 - 发行说明］

要查看所有更改，请访问此处：

https://biognosys.com/spectromine2-releasenotes

改进鉴定

- 机器学习

- 利用深度学习预测保留时间和碎片率

提高性能

- MS2 索引可加快多次修改的搜索速度

- 改进临时文件夹管理

改进的 ILQ 支持

- ILQ 实验的缺失值估算

- 改进的 EASI 标记定量

- 针对 Thermo ILQ 的峰值-阈值和信号-干扰过滤器

- 从定量中排除单个命中蛋白质的选项

新工作流程

- 从文库而非 FASTA 文件进行搜索

- 支持 EThcD 片段

- 改进的离子迁移率支持

- 改进了对 MaxQuant.Live 数据的支持

可视化

- 已添加到分析视角：数量条图、片段强度预测- 分析后视角新增：消化效率、LFQBench

- 改进了分析和分析后视角中的绘图- 分析后视角中的 “多运行可视化 ”选项

其他功能

- SpectroMine 查看器现在可用于浏览已分析的实验

- 差异丰度的非配对 t 检验

[更新 1.0.200612.43655］

- 修正了上次更新后生成归档的错误

[更新 1.0.200605.43655］

- 在未指定条件设置时启用 CMD 行输出的数量

[更新 1.0.200514.43655］

- 为 ENTERPRISE 用户启用 CMD 行输出

[更新 1.0.200428.43655］

- 修正了从归档文件中加载绘图的问题

[更新 1.0.200228.43655］

- 修正了损坏的 TMT 修改

[更新 1.0.200217.43655]

- 添加 TMTPro 作为快捷方式

[主要更新 1.0.200131.43655］

- 添加了机器学习以改进识别

- 添加了对 timsTOF Pro 的支持

- 优化了 PTM 定位算法

[更新 1.0.21621.15］

- 蛋白质覆盖面板中的 “分配到其他蛋白质组 ”未着色

[更新 1.0.21621.14］

- 删除了不存在更新时的错误弹出窗口

1.0.21621.13] [更新 1.0.21621.13

- 改进了搜索空间生成过程中的错误捕捉和日志记录

- 在未指定条件时允许在报告中显示 TMT 数量

[更新 1.0.21621.12］

- 修复了读取非常旧的存档中的修改内容的问题

1.0.21621.11] [更新 1.0.21621.11

- 在 LFQ 计算设置中添加了多个选项 - 改进了 PRM 数据处理 - 修复了报告 DIA 数据 MS1 强度的错误

- 修复了从通用格式导入基因注释的问题

1.0.21621.10] [更新 1.0.21621.10

- 添加了 PTM 定位置信过滤器

- 改进了生成唯一搜索空间密钥的功能

[更新 1.0.21621.9］

- 改进了 DIA 数据的 PSM MS1 图

- 更精确的 S 值

- 将所有加密算法改为符合 FIPS 标准

[更新 1.0.21621.8］

- 改进了无标记定量的 XIC 构建

- 添加了无标记定量实验设置模式

- 为报告添加了 “在分析视角中过滤 ”过滤器

- 加载新数据时 MS1 XIC 图缩放重置

[更新 1.0.21621.7]

- 增加了添加同位素校正因子的可能性，用于等位标记量化

- 首次搜索后存储 DIA 数据的前体强度

- 修复了文库报告中扫描编号的报告问题

- 修复了光谱库生成中的内存泄漏问题

- 修复了 ILQ 归一化定量中的一个错误

- 使用档案中的修改来解析前体，以确保可从任何计算机读取带有自定义修改的档案

- 在未指定名称且实验仅由搜索档案组成时，使用日期-时间戳作为默认实验名称

- 修复了一个图形用户界面 Bug，在该 Bug 中，仅从搜索归档中查看实验设置会导致崩溃

- 在报告中添加了蛋白质组分子量

[更新 1.0.21621.6］

- 修复了读取搜索档案的问题

- 改进了关闭实验选项卡后的内存清理

- 修复了有 SILAC 类型标记和无 SILAC 类型标记的实验报告中的错误

- 修复了有 SILAC 类型标记和无 SILAC 类型标记的实验库生成问题

[更新 1.0.21621.5］

- 更新了搜索空间的生成，以考虑修饰的特异性（残基与末端）

- 将量化方法修饰的修饰定义改为末端修饰 - 修正了没有选定氨基酸的修饰不被视为非特异性修饰的问题 - 更新了从档案中解析修饰的方法

- 将实验 S 值限制在 0 和 1 之间

- 允许在实验设置期间多次选择运行或存档

[更新 1.0.21621.4］

- 修复了关闭实验选项卡时释放运行的问题

- 修正了在 SM 的一个打开实例中加载相同存档两次的问题

- 更改了两个 PSM 被视为不可区分时的定义

[更新 1.0.21621.3］

- 改进了分馏数据的调控分析

- 更改 PAP 的调控分析设置时不会重新触发管道

1.0.21621.2] [更新 1.0.21621.2

- 修正了 ILQ 实验的数量分布图

- 将剥离序列添加为主要数量组

- 修复了仅使用 iRT fasta 搜索运行的问题

- 改进了评分功能

1.0.21621.1] [更新 1.0.21621.1

- 修复了 psar 加载无法填充运行元数据的问题

[发行说明］

SpectroMine 1.0 的新功能 - 利用 MS1 信息搜索 DDA、DIA 和 PRM 数据 - 自动质量偏移和容差校准

- 多轮搜索 MS2 光谱

- PSM、肽段和蛋白质级 FDR

- 支持等位标记定量（ILQ）实验

- 大多数常见标签（TMT、iTRAQ、EASI-tag）的预设值

- 支持 MS2 和 SPS-MS3 定量

- 针对所有离子阱分辨率进行了优化

- 支持基于中性损失的碎片标记方法（如 EASI-tag）

- 支持分块实验设计

- 候选评估的丰度差异测试

- PTMs 位点定位

- 从运行文件和搜索档案生成谱库

- GO 富集和聚类