SpectroMine 3一款强大且对用户友好的DDA蛋白质组学解决方案，它具有显著提高的处理速度以及适用于PTM分析和免疫肽组学等专业工作流程的新功能。SpectroMine 3拥有最强大的标记定量搜索引擎，支持最新的采集方法和标记试剂（TMTpro 18Plex）。
功能概述：
显著增快的搜索速度--全自动碎片离子索引，可通过多种可变肽修饰进行更快的搜素
最强大的搜索引擎--快速实现卓越的蛋白质覆盖
完整的DDA蛋白质组学解决方案--完全支持分级和蛋白质修饰位点报告
轻松进行标记定量--支持最新的标记试剂，包括TMTpro 18-plex
离子淌度支持--完全支持基于不同离子淌度的采集平台
谱图库搜索--通过基于谱图库的搜索深入分析蛋白质组
全新的可视化--全新改进的数据可视化方法
SpectroMine Viewe--使用免费的SpectroMine Viewer浏览谱图注释和分析结果
加速翻译后修饰的分析
分析具有复杂翻译后修饰 (PTM) 特征的生物样品对于理解许多生物过程非常重要。但是，检测额外的 PTM 会对处理时间产生严重影响。SpectroMine 3 旨在有效地处理这样巨大的搜索空间，与以前的版本相比，其速度有了令人印象深刻的改进。
在多个实验条件下同时分析多个 PTM 的计算成本特别高。添加修改会成倍地增加搜索空间的复杂性，造成大多数搜索引擎的处理时间显著增加，从而可能导致生产力到达瓶颈期。SpectroMine 3 经过优化，在快速搜索此类数据集的同时保持了出色的识别性能。
我们的示例显示了对已公布的SARS-CoV-2 病毒人类细胞培养实验富集磷酸肽数据集进行分析的关键指标。每个肽允许多达 5 个可变 PTM，包括磷酸化、氧化和乙酰化。SpectroMine 在处理速度和前体细胞的识别上优于其他搜索引擎（见图1）。由于对大型搜索空间进行了优化处理，最新版本的 SpectroMine 版使这种分析的速度提高了 70%。
图1
最强大的搜索引擎
Pulsar是我们业内领先且独立于质谱品牌的搜索引擎。SpectroMine将Pulsar的强大功能引入 DDA 蛋白质组学中，以实现深度蛋白质组覆盖和快速分析。
凭借用于索引保留时间 (iRT) 和碎片预测的高级深度学习模型，SpectroMine 实现了无与伦比的蛋白质组覆盖。我们使用协调搜索空间设置、蛋白质推断和错误发现率 (FDR) 控制测试了一系列软件产品。带有和不带有标记的数据集的结果表明，SpectroMine 为广泛的 DDA 实验提供了最多的识别和最快的处理时间（见图2）。
图2
SpectroMine 让您可以充分利用所有来自主要供应商的最新仪器，包括 FAIMS Pro 和 PASEF 离子淌度技术，提供了最先进的识别性能和较短的处理时间。
同时，SpectroMine 提供了一个直观的界面来确保数据的完整性并实现数据的共享。FDR 在肽谱匹配 (PSM)、肽和蛋白质水平受到严格控制，并且还提供广泛的质量控制可视化。为了让您得到有条理的结果，它们被保存在搜索档案中，让您可以访问带注释的原始数据，并可以轻松地通过免费的 SpectroMine Viewer与他人共享。
探索完整的DDA蛋白质组学解决方案
SpectroMine 提供了一个对用户友好的环境，通过提供广泛的数据浏览和结果报告选项，您只需几步即可获得 DDA 蛋白质组学结果。
该视频简要介绍了使用 SpectroMine 进行标记定量 (ILQ)。 我们产品支持团队的 Fabia Simona 演示了为分级样品设置 ILQ 分析的最重要的分析步骤。
您还将了解 SpectroMine 3 中的一些新功能，包括 PTM 位点分析、分数汇总和用户界面改进，这些改进使您的 DDA 数据分析比以往任何时候都更加方便。
轻松的标记定量
SpectroMine 为等压标记实验提供了一个完整的平台。借助适用于所有主要标记试剂的集成分析模板，您可以轻松掌握该领域的最新创新成果。
将DDA 与标记定量 (ILQ) 相结合是一种发现蛋白质组学工作流程，可在一次运行中同时对多个生物样品进行定量（见图3）。ILQ 通过深度蛋白质组覆盖提供高度精确和可重复的量化 [Muntel，2019]。
只需几个步骤，就可以快速有效地建立 ILQ 分析（见图3）。通过自动校准和智能默认设置，只需最少的用户输入即可获得最佳结果。
图3
对于样本数量超过报告多重性的实验，可以按区块/批次组织样本。SpectroMine 在这些区块中规范了实验范围。此外，用于评估标记效率的工作流程允许您快速纠正分析通道间与样品制备相关的差异。
定量结果可以直接在 SpectroMine 中查看，然后以定制报告格式或预打包模式导出，以便使用 MSstatsTMT 等外部工具进行下游处理。
SpectroMine 可以针对所有标记试剂进行配置，并带有以下预设：
TMT (TMT (6-plex, 10-plex and 11-plex)
TMTpro (16-plex and 18-plex)
iTRAQ (4-plex and 8-plex)
EASI-tag (6-plex)